Aceasta este comanda gt-chseqids care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gt-chseqids - Schimbați ID-urile secvenței prin maparea dată într-un fișier de mapare.
REZUMAT
gt chseqids [opțiune...] fișier_mapping [fișier_GFF3]
DESCRIERE
-fel [da|nu]
sortați caracteristicile GFF3 după modificarea ID-urilor secvenței (consumul de memorie este
proporțional cu dimensiunea fișierului de intrare) (implicit: nu)
-v [da|nu]
fie verbos (implicit: nu)
-o [nume de fișier]
redirecționează rezultatul către fișierul specificat (implicit: nedefinit)
-gzip [da|nu]
scrieți fișierul de ieșire comprimat gzip (implicit: nu)
-bzip2 [da|nu]
scrieți fișierul de ieșire comprimat bzip2 (implicit: nu)
-forta [da|nu]
forțați scrierea în fișierul de ieșire (implicit: nu)
-Ajutor
afișați ajutor și ieșiți
-versiune
afișați informații despre versiune și ieșiți
Format de fișier pentru mapping_file:
Fișierul de mapare furnizat definește un tabel de mapare numit „chseqids”. Acesta cartografiază
intrările secvențe-region date în fișierul GFF3 altor nume. Poate fi definit ca
urmează:
chseqids = {
chr1 = „seq1”,
chr2 = „seq2”
}
Când se utilizează acest exemplu, toate codurile de secvență „chr1” vor fi modificate în „seq1” și toate
ID-urile secvenței „chr2” la „seq2”.
RAPORTAREA GANDACI
Raportați erori la[e-mail protejat]>.
Utilizați gt-chseqids online folosind serviciile onworks.net
