gtf2gff3p - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gtf2gff3 - Convertește fișierele formatate GTF în fișiere GFF3 valide

VERSIUNE

Acest document descrie versiunea 0.1

REZUMAT

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

DESCRIERE

Acest script va converti fișierele formatate GTF în fișiere formatate GFF3 valide. Se va mapa
valoarea din coloana 3 (coloana \"tip\") la SO valid, dar pentru că mulți termeni non-standard
poate apărea în acea coloană în fișierele GTF, puteți edita fișierul de configurare pentru a le furniza pe al dvs
Caracteristica GTF la maparea SO. Scriptul va construi, de asemenea, modele de gene din exoni, CDS și
alte caracteristici date în fișierul GTF. În prezent este testat pe Ensemble și Twinscan
GTF și ar trebui să funcționeze pe orice alte fișiere care urmează aceleași specificații. Da
nu funcționează pe GTF din browserul de tabel UCSC, deoarece acele fișiere folosesc același ID pentru genă
și transcript, deci este imposibil să grupați mai multe transcrieri la o genă. Vezi
CITEȘTE-MA care a venit cu scriptul pentru mai multe informații.

OPȚIUNI:

--cfg
Furnizați numele fișierului pentru un fișier de configurare. Consultați fișierul de configurare furnizat împreună cu acesta
script pentru detalii de format. Utilizați acest fișier de configurare pentru a modifica comportamentul
scenariu. Dacă nu este dat niciun fișier de configurare, acesta caută ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg în această ordine.

--Ajutor
Furnizați un mesaj de ajutor detaliat în stilul paginii de manual și apoi ieșiți.

DIAGNOSTIC

„EROARE: Atribute lipsă sau non-standard: parse_attributes”
O linie din fișierul GTF nu avea niciun atribut, sau coloana de atribute era
imposibil de analizat.

„EROARE: Caracteristica genei non-transcripție nu este acceptată. Vă rugăm să contactați autorul pentru asistență:
build_gene"
Acest avertisment indică faptul că o linie a fost omisă deoarece conținea o non-transcriere
caracteristică genetică, iar codul nu este echipat în prezent pentru a gestiona acest tip de caracteristică.
Probabil că nu este prea greu de adăugat, așa că contactați-mă dacă primiți această eroare și o faceți
doresc să aibă aceste caracteristici acceptate.

„EROARE: Trebuie să aibă cel puțin exoni sau CDS-uri pentru a construi o transcriere: build_trnsc”
Unele caracteristici aveau un transcript_id și totuși nu existau exoni sau CDS-uri asociate cu
acel transcript_id, așa că scriptul nu a reușit să creeze o transcriere.

„EROARE: conflict seq_id: validate_and_finish_trnsc”
S-au găsit două caracteristici în aceeași transcriere care nu au același seq_id.

„EROARE: conflict sursă: validate_and_finish_trnsc”
Am găsit două caracteristici în aceeași transcriere care nu au aceeași sursă.

„EROARE: tip conflict: validate_and_finish_trnsc”
S-au găsit două caracteristici în cadrul aceleiași transcrieri care se așteptau să le partajeze
tip și totuși nu au făcut-o.

„EROARE: conflict de componente: validate_and_finish_trnsc”
Am găsit două caracteristici în aceeași transcriere care nu împărtășesc aceeași componentă.

„EROARE: conflict seq_id: validate_and_build_gene”
S-au găsit două caracteristici în cadrul aceleiași gene care nu au același seq_id.

„EROARE: conflict sursă: validate_and_build_gene”
Am găsit două caracteristici în cadrul aceleiași gene care nu au aceeași sursă.

„EROARE: conflict de componente: validate_and_build_gene”
S-au găsit două caracteristici în cadrul aceleiași gene care nu împărtășeau aceeași componentă.

„EROARE: conflict gene_id: validate_and_build_gene”
S-au găsit două caracteristici în cadrul aceleiași gene care nu au același gene_id.

„FATAL: Nu se poate deschide fișierul GTF: nume_fișier pentru citire.”
Nu se poate deschide fișierul GTF pentru citire.

„FATAL: Aveți nevoie de exoni sau CDS-uri pentru a construi transcrieri: process_start”
O caracteristică start_codon a fost adnotată și totuși nu existau exoni sau CDS-uri asociați
cu acel transcript_id, așa că scriptul a eșuat.

„FATAL: Cod netestat în process_start. Contactați autorul pentru asistență.”
Scriptul este scris pentru a deduce un codon de pornire pe baza prezenței unui UTR de 5’, dar noi
Nu aveam un exemplu de GTF de acest tip când am scris codul, așa că am omorât mai degrabă procesul
decât să rulați cod netestat. Contactați autorul pentru asistență.

„FATAL: set de caracteristici nevalid: process_start”
Am încercat să luăm în considerare toate modalitățile posibile de a deduce un codon de început sau de a deduce un non-
codificarea genei și totuși am eșuat. Combinația ta de caracteristici genetice nu face
sens pentru noi. Nu ar trebui să primiți niciodată această eroare și, dacă o faceți, ne-am dori foarte mult să vedem
fișierul GTF care l-a generat. Vă rugăm să contactați autorul pentru asistență.

„FATAL: Aveți nevoie de exoni sau CDS-uri pentru a construi transcrieri: process_stop”
O caracteristică stop_codon a fost adnotată și totuși nu existau exoni sau CDS-uri asociate cu
acel transcript_id, așa că scriptul a eșuat.

„FATAL: Cod netestat în process_stop. Contactați autorul pentru asistență.”
Scriptul este scris pentru a deduce un codon de oprire pe baza prezenței unui UTR de 3', dar noi
Nu aveam un exemplu de GTF de acest tip când am scris codul, așa că am omorât mai degrabă procesul
decât să rulați cod netestat. Contactați autorul pentru asistență.

„FATAL: set de caracteristici nevalid: process_stop”
Am încercat să luăm în considerare toate modalitățile posibile de a deduce un codon stop sau de a deduce un non-
codificarea genei și totuși am eșuat. Combinația ta de caracteristici genetice nu face
sens pentru noi. Nu ar trebui să primiți niciodată această eroare și, dacă o faceți, ne-am dori foarte mult să vedem
fișierul GTF care l-a generat. Vă rugăm să contactați autorul pentru asistență.

„FATAL: set de caracteristici nevalid: process_exon_CDS_UTR”
Am încercat să luăm în considerare toate modalitățile posibile de a deduce exoni, CDS și UTR și totuși am
a eșuat. Combinația ta de caracteristici genetice nu are sens pentru noi. Tu chiar
ar trebui să primească vreodată această eroare și, dacă o faceți, ne-am dori foarte mult să vedem fișierul GTF care
l-a generat. Vă rugăm să contactați autorul pentru asistență.

„FATAL: este necesară referința la matrice: sort_features.”
Un utilizator nu ar trebui să poată declanșa această eroare. Aproape sigur indică a
bug software. Vă rugăm să contactați autorul.

„FATAL: Nu se poate determina firul în: sort_feature_types.”
Acest lucru poate indica faptul că fișierul dvs. GTF nu indică firul pentru caracteristicile care
cere asta. De asemenea, poate indica o eroare software. Vă rugăm să contactați autorul.

„FATAL: Referința hash necesară: sort_feature_types.”
Un utilizator nu ar trebui să poată declanșa această eroare. Aproape sigur indică a
bug software. Vă rugăm să contactați autorul.

„FATAL: Valoarea nevalidă a fost transmisă la componenta: componenta”.
Acest lucru poate indica faptul că fișierul dvs. GTF nu indică firul pentru caracteristicile care
cere asta. Luați în considerare utilizarea parametrului DEFAULT_STRAND în fișierul de configurare. Aceasta poate
indica, de asemenea, o eroare software. Vă rugăm să contactați autorul.

CONFIGURARE AND MEDIUL

Un fișier de configurare este furnizat împreună cu acest script. Scenariul va căuta asta
fișier de configurare în ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg sau /etc/gtf2gff3.cfg în această ordine.
Dacă fișierul de configurare nu este găsit în una dintre acele locații și nu este furnizat unul
prin indicatorul --cfg, va încerca să aleagă câteva valori implicite sănătoase, dar chiar ar trebui să le furnizați
fisierul de configurare. Vedeți fișierul de configurare furnizat în sine, precum și README
care a venit cu acest pachet pentru format și detalii despre fișierul de configurare.

DEPENDENȚE

Acest script necesită următoarele pachete perl care sunt disponibile de la CPAN
(www.cpan.org).

Getopt::Lung; utilizați Config::Std;

INCOMPATIBILITĂȚI

Nu au fost raportate.

Utilizați gtf2gff3p online folosind serviciile onworks.net