GWAMA - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

GWAMA - Metaanaliza Asociației Genom-Wide

REZUMAT

GWAMA [Opțiuni]

DESCRIERE

Software-ul GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) realizează metaanaliză a
rezultatele studiilor GWA ale fenotipurilor binare sau cantitative. Efect fix și aleatoriu
meta-analizele sunt efectuate atât pentru SNP-uri genotipizate direct, cât și pentru SNP-uri imputate, folosind estimări
a cotelor alelice și a intervalului de încredere de 95% pentru trăsăturile binare și estimări ale
mărimea efectului alelic și eroarea standard pentru fenotipurile cantitative. GHAMA poate fi utilizat
pentru analiza rezultatelor tuturor modelelor genetice diferite (multiplicative, aditive,
dominant, recesiv). Software-ul încorporează facilități de captare a erorilor pentru a identifica
erori de aliniere a catenei și inversarea alelelor și efectuează teste de eterogenitate a
efectele dintre studii.

OPŢIUNI

-i, --filelist=nume de fișier
Specificați fișierele rezultate ale studiilor. Implicit = gwama.in

-o, --ieșire=fileroot
Specificați rădăcina fișierului pentru rezultatul analizei. Implicit = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)

-r, --Aleatoriu
Utilizați corecția cu efect aleatoriu. Implicit = dezactivat

-gc, --control_genomic
Utilizați controlul genomic pentru ajustarea fișierelor rezultate ale studiilor. Implicit = dezactivat

-gco, --ieșire_control_genomic
Utilizați controlul genomic pe rezumatul metaanalizei (adică rezultatele metaanalizei sunt
corectat pentru gc). Implicit = dezactivat

-qt, --cantitativ
Selectați versiunea de trăsătură cantitativă (coloanele BETA și SE). Implicit = trăsătură binară

-m, --Hartă=nume de fișier
Selectați numele fișierului pentru harta marcatorului.

-t, --prag=0-1
Pragul valorii p pentru afișarea direcției în direcțiile rezumate ale efectului. Implicit =
1

--no_alele
Nu au fost date informații despre alele. Ne așteptăm mereu la același EA.

--indel_alleles
Etichetele alelelor pot conține mai mult de o singură literă. Fără verificări.

--sex Efectuați o analiză diferențiată în funcție de gen și de eterogenitate de gen (metoda descrisă în
lucrare Magi, Lindgren & Morris 2010). Informațiile despre sex trebuie furnizate în fișierul listei de fișiere.
(a doua coloană după numele fișierelor este fie M, fie F).

--marker_nume
Antet alternativ la numele markerului col.

--name_strand
Antet alternativ la coloana toroane.

--name_n
Antet alternativ la dimensiunea eșantionului col.

--name_ea
Antet alternativ pentru coloana alelelor de efect.

--name_nea
Antet alternativ la coloana alelelor fără efect.

--name_eaf
Antet alternativ pentru a efectua coloana frecvență alelelor.

--name_beta
Antet alternativ la coloana beta.

--name_se
Antet alternativ la std. a greșit. col.

--nume_sau
Antet alternativ la coloana SAU.

--name_or_95l
Antet alternativ la coloana OR 95L.

--name_or_95u
Antet alternativ la coloana OR 95U.

-h, --Ajutor
Imprimați acest ajutor.

-v, --versiune
Tipăriți numărul versiunii GWAMA. Această pagină de manual trebuie să fie insuficientă. Vă rugăm să utilizați
opțiune de ajutor pentru o reamintire rapidă a opțiunilor gwama sau accesați pagina de pornire
cu documentația online sau manualul descărcabil.

Utilizați GWAMA online folosind serviciile onworks.net