hhmake - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

hhmake - construiți un HMM dintr-o aliniere de intrare sau convertiți între formatul HMMER și HHsearch
format

REZUMAT

hhmake -i fişier [Opțiuni]

DESCRIERE

HHmake versiunea 2.0.16 (ianuarie 2013) Creați un HMM dintr-o aliniere de intrare în A2M, A3M sau
Format FASTA sau convertiți între formatul HMMER (.hmm) și formatul HHsearch (.hhm). Remmert
M, Biegert A, Hauser A și Soding J. HHblits: Secvență de proteine ​​iterativă rapidă fulgerătoare
căutarea după alinierea HMM-HMM. Nat. Methods 9:173-175 (2011). (C) Johannes Soeding,
Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser

-i
alinierea interogării (A2M, A3M sau FASTA) sau interogarea HMM

producție opţiuni:
-o
Fișierul HMM în care urmează să fie scris (implicit= )

-a
Fișierul HMM pentru a fi adăugat

-v
mod verbos: 0: fără ieșire pe ecran 1: doar avertismente 2: verbos

-seq
max. numărul de secvențe de interogări/șabloane afișate (def=10) Atenție la depășiri! Toate
aceste secvențe sunt stocate în memorie.

-contra faceți o secvență de consens secvența principală a interogării MSA

-Yam
utilizați acest nume pentru HMM (implicit: utilizați numele primei secvențe)

Interogarea filtrului alinierea secvenței multiple

-id [0,100] identitate maximă de secvență perechi (%) (def=90)

-dif [0,inf[
filtrați MSA selectând cele mai diverse seturi de secvențe, păstrând cel puțin atâtea
secvențe în fiecare bloc MSA de lungime 50 (def=100)

-cov [0,100] acoperire minimă cu interogare (%) (def=0)

-qid [0,100] identitate de secvență minimă cu interogare (%) (def=0)

-qsc [0,100] scor minim pe coloană cu interogare (def=-20.0)

-neff [1,inf]
diversitatea țintă de aliniere (implicit=dezactivată)

Intrare aliniere format:
-M a2m folosește A2M/A3M (implicit): majuscule = Potrivire; minuscule = Inserare; '-' = Șterge; '.' =
goluri aliniate la inserții (pot fi omise)

-M primul
utilizați FASTA: coloanele cu reziduuri în prima secvență sunt stări de potrivire

-M [0,100]
utilizați FASTA: coloanele cu mai puțin de X% lacune sunt stări de potrivire

Pseudoconte (buc) opţiuni:
-pcm Dependența de poziție 0-2 a amestecului PC „tau” (modul PC, implicit=0)

0: nu se numără pseudo:
tau = 0

1: constantă
tau = a

2: dependent de diversitate: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: numărul de
secvențe efective în MSA local în jurul coloanei i) 3: pseudonumărări de diversitate constantă

-pca [0,1] amestec de pseudonumăr total (def=1.0)

-pcb [1,inf[ Valoarea pragului Neff pentru -pcm 2 (def=1.5)

-pcc [0,3] extincție exponent c pentru -pcm 2 (def=1.0)

-pre_pca [0,1]
PREFILTER pseudocount amestec (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ pragul PREFILTER pentru Neff (def=1.8)

Specific contextului pseudo-numărări:
-nocontxt
utilizați matrice de substituție în loc de pseudonumărări specifice contextului

-contxt fișier de context pentru calcularea pseudonumărărilor specifice contextului
(implicit=./data/context_data.lib)

-cslib
fișier de stare a coloanei pentru prefiltrarea rapidă a bazei de date (implicit=./data/cs219.lib)

Exemplu: hhmake -i test.a3m

Utilizați hhmake online folosind serviciile onworks.net