hhsearch - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

hhsearch - căutați o bază de date de HMM-uri cu o aliniere a interogării sau interogați HMM

REZUMAT

hhsearch -i întrebare -d Baza de date [Opțiuni]

DESCRIERE

HHsearch versiunea 2.0.16 (ianuarie 2013) Căutați într-o bază de date de HMM-uri cu o aliniere a interogării sau
interogare HMM (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser Soding,
J. Detectarea omologiei proteinelor prin comparație HMM-HMM. Bioinformatics 21:951-960 (2005).

-i
introduceți/interogați alinierea secvenței multiple (a2m, a3m, FASTA) sau HMM

-d
Baza de date HMM cu HMM-uri concatenate în format hhm, HMMER sau a3m, SAU, dacă fișierul are
extensia prieten, listă de nume de fișiere HMM, una pe linie. Mai multe dbs, HMM-uri sau pal
fișiere cu -d ' ...'

poate fi „stdin” sau „stdout” peste tot.

producție opţiuni:
-o
scrieți rezultatele în format standard în fișier (implicit= )

-Ofas
scrieți aliniamente perechi ale potrivirilor semnificative în format FASTA Analog pentru
ieșire în format a3m, a2m și psi (de ex -Oa3m)

-oa3m
scrieți MSA de potriviri semnificative în format a3m Analog pentru ieșire în a2m, psi,
și formatul hhm (de ex -ohhm)

-e [0,1]
Limită de valoare E pentru includerea în aliniere multiplă (def=0.001)

-seq
max. numărul de secvențe de interogări/șabloane afișate (def=1) Atenție la depășiri! Toate
aceste secvențe sunt stocate în memorie.

-contra arată secvența consens ca secvență principală a interogării MSA

-nocons
nu afișează secvența consensului în alinieri (implicit=arată)

-nopred
nu afișează structura secundară prezisă în aliniamente (implicit=arată)

-nodssp
nu afișează structura DSSP 2ndary în aliniamente (implicit=arată)

-ssconf
arătați confidențe pentru structura secundară prezisă în aliniamente

-p
probabilitate minimă în rezumatul și lista de aliniere (def=20)

-E
valoarea E maximă în rezumatul și lista de aliniere (def=1E+06)

-Z
numărul maxim de rânduri în lista rezumată a rezultatelor (def=500)

-z
numărul minim de rânduri în lista rezumată a rezultatelor (def=10)

-B
numărul maxim de aliniamente în lista de alinieri (def=500)

-b
numărul minim de aliniamente în lista de alinieri (def=10)

-aliw [40,..[
numărul de coloane pe linie din lista de aliniere (def=80)

-dbstrlen
lungimea maximă a șirului bazei de date care urmează să fie tipărită în fișierul hhr

Interogarea filtrului alinierea secvenței multiple

-id [0,100] identitate maximă de secvență perechi (%) (def=90)

-dif [0,inf[
filtrați MSA selectând cele mai diverse seturi de secvențe, păstrând cel puțin atâtea
secvențe în fiecare bloc MSA de lungime 50 (def=100)

-cov [0,100] acoperire minimă cu interogare (%) (def=0)

-qid [0,100] identitate de secvență minimă cu interogare (%) (def=0)

-qsc [0,100] scor minim pe coloană cu interogare (def=-20.0)

-neff [1,inf]
diversitatea țintă de aliniere (implicit=dezactivată)

Intrare aliniere format:
-M a2m folosește A2M/A3M (implicit): majuscule = Potrivire; minuscule = Inserare; '-' = Șterge; '.' =
goluri aliniate la inserții (pot fi omise)

-M primul
utilizați FASTA: coloanele cu reziduuri în prima secvență sunt stări de potrivire

-M [0,100]
utilizați FASTA: coloanele cu mai puțin de X% lacune sunt stări de potrivire

-Etichete NU neutralizați etichetele His-, C-myc-, FLAG și secvența de recunoaștere a tripsinei pentru
distribuția de fundal

HMM-HMM aliniere opţiuni:
-norealign
NU realiniați hit-urile afișate cu algoritmul MAC (def=realiniere)

-Mact [0,1[
prag de probabilitate posterior pentru realinierea MAC (def=0.350) Controale parametrilor
lăcomie de aliniere: 0:global >0.1:local

-glob/-loc
utilizați modul de aliniere global/local pentru căutare/clasare (def=local)

-alt
să apară la aceste multe alinieri alternative semnificative (def=2)

-vit utilizați algoritmul Viterbi pentru căutare/clasare (implicit)

-Mac utilizați algoritmul Maximum Accuracy (MAC) pentru căutare/clasare

-redirecţiona
utilizați probabilitatea înainte pentru căutare

-excl
excludeți pozițiile de interogare din aliniere, de exemplu, „1-33,97-168”

-schimb [-1,1]
compensarea scorului (def=-0.03)

-corr [0,1]
ponderea termenului pentru corelațiile de pereche (def=0.10)

-sc scorul de aminoacizi (tja: șablon HMM la coloana j) (def=1)

0 = log2 Sum(tja*qia/pa) (pa: frecvențe de fundal aa)

1 = log2 Suma(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )

2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta: frecvențe av. aa în șablon)

3 = log2 Sum(tja*qia/qa) (qa: frecvențe av. aa în interogare)

5 corecție locală a compoziției aminoacizilor

-ssm {0,...,4}
0: fără scor ss 1,2: scor ss după sau în timpul alinierii [implicit=2] 3,4: ss
punctaj după sau în timpul alinierii, prezis vs. prezis

-ssw [0,1] ponderea scorului ss comparativ cu scorul coloanei (def=0.11)

-ssa [0,1] Matrice de substituție SS = (1-ssa)*I + ssa*matrice-de-substituție-full-SS
[def=1.00)

Decalaj costa opţiuni:
-gapb [0,inf[
Amestec de pseudonumăr de tranziție (def=1.00)

-gapd [0,inf[
Combinație de pseudonumăr de tranziție pentru decalaj deschis (implicit=0.15)

-gape [0,1.5]
Amestec de pseudonumăr de tranziție pentru decalajul extins (def=1.00)

-gapf ]0,inf]
factor de creștere/reducere a penalității de deschidere a decalajului pentru ștergere (def=0.60)

-gapg ]0,inf]
factor de creștere/reducere a penalizării de deschidere a gap-ului pentru inserții (def=0.60)

-gaf ]0,inf]
factor de creștere/reducere a decalajului extinde penalitatea pentru ștergeri (def=0.60)

-gapi ]0,inf]
factor de creștere/reducere a decalajului extinde penalizare pentru inserții (def=0.60)

-exq [0,inf[ penalizare (biți) pentru golurile de capăt aliniate la reziduurile de interogare (def=0.00)

-egt [0,inf[ penalizare (biți) pentru golurile de capăt aliniate la reziduurile șablonului (def=0.00)

Pseudoconte (buc) opţiuni:
-pcm {0,...,3}
dependența de poziție a amestecului de computer „tau” (modul computer, implicit = 2) 0: nu se numără pseudo:
tau = 0 1: constant tau = a 2: dependent de diversitate: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: numărul de secvențe efective în MSA local în jurul coloanei i)
3: pseudonumărări constante de diversitate

-pca [0,1] amestec de pseudonumăr total (def=1.0)

-pcb [1,inf[ Valoarea pragului Neff pentru -pcm 2 (def=1.5)

-pcc [0,3] extincție exponent c pentru -pcm 2 (def=1.0)

Specific contextului pseudo-numărări:
-nocontxt
utilizați matrice de substituție în loc de pseudonumărări specifice contextului

-contxt fișier de context pentru calcularea pseudonumărărilor specifice contextului
(implicit=./data/context_data.lib)

-cslib
fișier de stare a coloanei pentru prefiltrarea rapidă a bazei de date (implicit=./data/cs219.lib)

-csw [0,inf] greutatea poziției centrale în modul pseudocount cs (def=1.6)

-csb [0,1] parametru de scădere a greutății pentru poziții în modul cs pc (def=0.9)

Altele opţiuni:
-CPU
numărul de procesoare de utilizat (pentru SMP-uri cu memorie partajată) (implicit=1)

-v
mod verbos: 0: fără ieșire pe ecran 1: doar avertismente 2: verbos

-maxres
numărul maxim de coloane HMM (def=15002)

-maxmem [1,inf[ memorie maximă disponibilă în GB (def=3.0)

-scoruri scrieți scorurile pentru toate comparațiile pe perechi în fișier

-calm {0,...,3} calibrare empirică a scorului 0:interogare 1:șablon 2:ambele

implicit 3: estimarea bazată pe rețea neuronală a parametrilor EVD

Exemplu: hhsearch -i a.1.1.1.a3m -d scop70_1.71.hhm

Utilizați hhsearch online folosind serviciile onworks.net