hmmemit - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

hmmemit - mostre de secvențe dintr-un profil HMM

REZUMAT

hmmemit [Opțiuni] hmmfile

DESCRIERE

hmmemit eșantioane de program (emite) secvențe din profilul HMM(e) în hmmfile, și
le scrie la ieșire. Secvențele de eșantionare pot fi utile pentru o varietate de scopuri,
inclusiv crearea de pozitive sintetice adevărate pentru benchmark-uri sau teste.

Implicit este eșantionarea unei secvențe nealiniate din modelul de probabilitate de bază, care
înseamnă că fiecare secvență constă dintr-un domeniu de lungime completă. Alternativ, cu -c
opțiunea, puteți emite o secvență de consens simplă a majorității; sau cu -a opțiune, tu
poate emite o aliniere (caz în care, probabil că doriți să setați -N la altceva
decât implicit de 1 secvență per model).

Ca o altă opțiune, cu -p opțiunea puteți eșantiona o secvență dintr-o secvență complet configurată
Profil de căutare HMMER. Aceasta înseamnă eșantionarea unei „secvențe omoloage” după definiția HMMER,
inclusiv secvențe de flancare neomolog, aliniamente locale și domenii multiple per
secvență, în funcție de modelul de lungime și modul de aliniere ales pentru profil.

hmmfile poate conține o bibliotecă de HMM-uri, caz în care fiecare HMM va fi folosit pe rând.

poate fi „-” (liniuță), ceea ce înseamnă că citiți această intrare de la stdin mai degrabă decât un dosar.

COMUNĂ OPŢIUNI

-h Ajutor; imprimați un scurt memento cu privire la utilizarea liniei de comandă și toate opțiunile disponibile.

-o Direcționați secvențele de ieșire către fișier , mai degrabă decât să stdout.

-N Eşantion secvențe pe model, mai degrabă decât doar una.

OPŢIUNI CONTROLUL CE LA EMITE

Valoarea implicită este eșantionarea N secvențe din modelul de bază. Alternativ, puteți alege
una (și doar una) dintre următoarele alternative.

-a Emiteți o aliniere pentru fiecare HMM din hmmfile mai degrabă decât eșantionarea nealiniată
secvențe pe rând.

-c Emiteți o secvență de consens cu reguli de pluralitate, în loc să eșantionați o secvență din
distribuția de probabilitate a profilului HMM. Secvența consens este formată din
selectând reziduul de probabilitate maximă la fiecare stare de potrivire.

-C Emiteți o secvență de consens de regulă de pluralitate mai îndrăzneață decât -c opțiune. Dacă maximul
reziduul de probabilitate are p minl arătați-l ca o literă mică „orice” reziduu (n sau x); dacă
p >= minl și Minu arătați-l ca reziduu minuscul; iar dacă p >= Minu arata ca
un reziduu cu majuscule. Setările implicite ale Minu și minl sunt ambele 0.0, care
mijloace -C oferă aceeași ieșire ca -c cu excepția cazului în care setezi și tu Minu și minl la ceea ce tu
vrei.

-p Eșantionați secvențe nealiniate din profilul de căutare implicit, nu din nucleu
model. Modelul de bază constă numai din stările omoloage (între început
și stările finale ale unui model HMMER Plan7). Profilul include N neomolog,
Stările C și J, configurația algoritmului local/glocal și uni/multihit și
model de lungime țintă. Prin urmare, secvențele prelevate dintr-un profil pot include
secvențe neomoloage precum și secvențe omoloage și pot conține mai mult de una
segment de secvență omoloagă. În mod implicit, profilul este în modul local cu mai multe lovituri și
lungimea secvenței țintă este configurată pentru L=400.

OPŢIUNI CONTROLUL EMISIE DIN PROFILURILE

Aceste opțiuni necesită să fi setat -p opțiune.

-L Configurați modelul de lungime a secvenței țintă a profilului pentru a genera o lungime medie de
aproximativ mai degrabă decât valoarea implicită de 400.

--local
Configurați profilul pentru alinierea locală cu mai multe lovituri.

--unilocal
Configurați profilul pentru alinierea locală unihit (Smith/Waterman).

--glocal
Configurați profilul pentru alinierea glocală cu mai multe lovituri.

--uniglocal
Configurați profilul pentru alinierea glocală unihit.

OPŢIUNI CONTROLUL EXTRAVAGANT CONSENS EMISIE

Aceste opțiuni necesită să fi setat -C opțiune.

--minl
Setează minl pragul pentru afișarea reziduurilor slab conservate ca litere mici. (0 <=
x <= 1)

--minut
Setează Minu pragul pentru afișarea reziduurilor puternic conservate ca majuscule. (0
<= x <= 1)

ALTE OPŢIUNI

--samanta
Seed generatorul de numere aleatorii cu , un întreg >= 0. Dacă este diferit de zero, orice
simulările stocastice vor fi reproductibile; aceeași comandă va da același
rezultate. Dacă este 0, generatorul de numere aleatoare este însămânțat în mod arbitrar și
simulările stocastice vor varia de la o rulare la alta a aceleiași comenzi. Implicit
este 0: folosește o sămânță arbitrară, atât de diferită hmmemit rularile vor genera diferite
probe.

Utilizați hmmemit online folosind serviciile onworks.net