hmmfetch - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

hmmfetch - preia profilul HMM(e) dintr-un fișier

REZUMAT

hmmfetch [Opțiuni]
(preluează HMM numit )

hmmfetch -f [Opțiuni]
(preluează toate HMM-urile enumerate în )

hmmfetch --index [Opțiuni]
(indexuri pentru preluare)

DESCRIERE

Preluează rapid unul sau mai multe HMM-uri de profil de la un (o bază de date mare Pfam, pt
exemplu).

Pentru viteza maximă, ar trebui să fie indexat mai întâi, folosind hmmfetch --index.
index este un fișier binar numit .ssi. Cu toate acestea, acest lucru este opțional, iar recuperarea va fi
încă funcționează din fișiere neindexate, deși mult mai lent.

Modul implicit este de a prelua un singur profil după nume sau acces, numit .
De exemplu:

% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045

Cu -f opțiune, a în schimb, este citită o listă cu una sau mai multe chei.
Primul câmp delimitat de spații albe de pe fiecare linie fără comentarii care nu este goală din
este folosit ca , iar toate datele rămase pe linie sunt ignorate. Acest lucru permite o varietate
de fișiere de date delimitate de spații albe pentru a fi utilizate ca s.

Atunci când se utilizează -f și , dacă hmmfile a fost indexat, cheile sunt preluate în
ordinea în care apar în fişier cheie, dar dacă hmmfile nu este indexat, cheile sunt preluate în
ordinea în care apar în hmmfile. Acesta este un efect secundar al unei implementări care permite
mai multe chei pentru a fi preluate chiar dacă este un flux nerebobinabil, ca a
conductă de intrare standard.

În utilizare normală (fără --index or -f Opțiuni), poate fi „-” (liniuță), ceea ce înseamnă
citire intrare de la stdin mai degrabă decât un dosar. Cu --index opțiune, nu poate
fi '-'; nu are sens să indexezi un flux de intrare standard. Cu -f opțiune,
oricare or (dar nu ambele) poate fi „-”. Este adesea deosebit de util
a citi de la intrarea standard, deoarece aceasta permite utilizarea comenzii arbitrare
invocări de linie pentru a crea o listă de nume sau accesări HMM, apoi aduceți-le pe toate într-o nouă listă
fișier, doar cu o singură comandă.

În mod implicit, HMM-urile preluate sunt tipărite la ieșire standard în format HMMER3.

OPŢIUNI

-h Ajutor; imprimați un scurt memento cu privire la utilizarea liniei de comandă și toate opțiunile disponibile.

-f Al doilea argument de linie de comandă este a în loc de un singur .
primul câmp de pe fiecare linie a este folosit ca o recuperare (un nume HMM
sau aderare). Liniile goale și liniile de comentariu (care încep cu un caracter #) sunt
ignorat.

-o Ieșiți HMM(e) în fișier în loc de la ieșirea standard.

-O Ieșiți HMM-uri în fișierele individuale numite în loc de ieșire standard. Cu
il -f opțiunea, acest lucru poate duce la crearea multor fișiere.

--index
În loc să preluați unul sau mai multe profiluri de la , indexați pentru
recuperări viitoare. Aceasta creează o .ssi fișier index binar.

Utilizați hmmfetch online folosind serviciile onworks.net