Aceasta este comanda HPCmapper care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
HPCmapper - generează un script pentru a mapa citirile
REZUMAT
HPCmapper [-vb] [-kint(20)] [-wint(6)] [-hint(50)] [-tint] [-Mint]
[-edublu (.85)][-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-murmări]+ [-dalint(4)] [-gradint(25)]
ref:db|baraj citește:db|dam [primul:int[-ultimul:int]]
DESCRIERE
HPCmapper scrie un script shell UNIX la ieșirea standard care constă dintr-o secvență de
comenzi care „cartează” efectiv fiecare citire din DB citește față de un set de referință de
secvențe din DB ref, înregistrând toate aliniamentele locale găsite în secvența fișierelor
ref.citeşte.1.las, ref.citeşte.2.las, și așa mai departe, unde ref.citeşte.k.las conţine aliniamentele
intre toate ref iar al k'-lea bloc al citește. Parametrii sunt exact la fel ca
pentru HPCdaligner(1) cu excepția faptului că -k, -h, și -e valorile implicite sunt setate corespunzător pentru
cartografierea, iar -A și -I opțiunile nu au sens ca ref și citește sunt de așteptat să fie
seturi de date distincte.
Dacă numerele întregi primul și ultimul lipsesc, atunci scriptul produs este pentru fiecare bloc din
baza de date citește. Dacă primul este prezent atunci HPCmapper produce un script care compară
blocuri primul prin ultimul (ultimul = primul dacă nu este prezent) împotriva DAM ref.
Utilizați HPCmapper online folosind serviciile onworks.net
