Aceasta este comanda de neșters care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
indelebil - simulator puternic și flexibil al evoluției biologice
REZUMAT
de neșters
Nicio opțiune nu poate fi transmisă prin linia de comandă.
DESCRIERE
de neșters poate simula evoluția nucleotidelor, aminoacizilor sau codonului multipartiționat
seturi de date prin procesele de inserare, ștergere și înlocuire în continuu
timp. Toate modelele evolutive comune sunt acceptate.
Documentația completă pentru de neșters este disponibil sub
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.
CONFIGURARE
de neșters citește setările pentru o rulare de simulare dintr-un fișier numit control.txt în
directorul curent. Fișierul este împărțit în blocuri, fiecare bloc controlând unul
aspect particular al simulării. Blocurile pot conține alte subblocuri. Comentariile pot
fi dat în stil C sau C++. Dacă de neșters este executat fără un fișier de control prezent, an
este generat un fișier exemplu.
[TIP] tip
Fiecare fișier de control trebuie să înceapă cu a TIP bloc. Tipurile posibile sunt NUCLEOTIDE,
AMINO ACID, și CODON.
[SETĂRI]
Acest bloc specifică preferințele utilizatorului neesențiale, cum ar fi tipurile de fișiere de ieșire și
formate, semințele pentru generatorul de numere aleatoare și dacă să ieșiți detaliat
rapoarte.
[MODEL] numele modelului
Acest bloc începe un nou model evolutiv care va fi folosit pentru simulare. The
parametrii anumiți, inclusiv modelele de substituție, ratele de indel și site-ul de codon
modelele sunt controlate prin submodele. numele modelului poate fi orice nume la alegere.
[COPAC] Treename newick
Acest bloc este folosit pentru a specifica un arbore-ghid cu numele dat nume de copac.
Distanțele evolutive sunt reprezentate ca lungimi de ramuri pentru arborele în NEWICK
format.
[RAMURI]
Aceste blocuri sunt folosite pentru a simula procese nestaționare și neomogene.
Diferite modele pot fi specificate pe diferite ramuri ale arborelui de ghidare permițând
ramurile sa aiba modele diferite de substitutie, distributie de lungime indel, rata
eterogenitate, compoziție de bază etc.
[PARTIȚII] partitionname
În timpul fiecărei rulări pot fi simulate mai multe partiții de secvențe. Pentru fiecare partiție
trebuie specificate arborele-ghid, modelul evolutiv și lungimea secvenței.
[EVOLUA]
În cadrul acestui bloc pot fi generate mai multe replici ale unei partiții.
DREPTURI DE AUTOR
Copyright © 2010 William Fletcher Licență GPLv3+: GNU GPL versiunea 3 sau ulterioară.
Acesta este software gratuit: sunteți liber să îl schimbați și să îl redistribuiți. NU ESTE GARANTIE,
în măsura permisă de lege. Textul complet al licenței este disponibil la
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
MULȚUMIRI
William Fletcher și Ziheng Yang (2009). INDELible: un simulator flexibil de biologie
Evoluția secvenței, Molecular Biologie și Evoluția, 26(8): 1879-1888.
Folosiți online de neșters folosind serviciile onworks.net
