Aceasta este comanda kmc_tools-intersect care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
kmc_tools-intersect - calculează intersecția a două baze de date KMC
REZUMAT
kmc_tools se intersectează <output
[parametri_ieșire]>
DESCRIERE
Baza de date de ieșire va conține numai k-meri care sunt prezenți în ambele seturi de intrare. The
valoarea contorului din baza de date de ieșire este egală cu valoarea inferioară a contorului din intrare.
OPŢIUNI
Pentru fiecare intrare există parametri suplimentari:
-ci
excludeți k-merii care apar mai puțin de ori
-cx
excludeți k-merii care apar mai mult decât ori
Pentru ieșire există parametri suplimentari:
-ci
excludeți k-merii care apar mai puțin de ori
-cx
excludeți k-merii care apar mai mult decât ori
-cs
valoarea maximă a unui contor
EXEMPLU
kmc -k28 fisier1.fastq kmers1 tmp
kmc -k28 fisier2.fastq kmers2 tmp
kmc_tools intersectează kmers1 -ci10 -cx200 kmers2 -ci4 -cx100 kmers1_kmers2_intersect -ci20 -cx150
Utilizați kmc_tools-intersect online folosind serviciile onworks.net