Aceasta este comanda kmer-mask care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
kmer-mask - mască și set de filtru de secvențe de nucleotide în funcție de conținutul kmer
REZUMAT
kmer-mask {-roman|-confirmat} [-mdb mer-bază de date] [-Domnișoară mer-size] [-edb există-bază de date] [-m
dimensiune minimă] [-e mărime extinsă] [-pragul scăzut l] [-pragul înalt h] [-t fire] [-v] [-h
histograma] [-promova|-retrograda|- arunca] -1 in.1.rapidq [-2 in.2.rapidq] -o prefix-ieșire
DESCRIERE
Mască și filtrează setul de secvențe (se presupune că sunt citite) în funcție de conținutul kmer. Mascarea poate fi
făcut pentru a păstra secvența nouă care nu este în baza de date sau pentru a păstra secvența confirmată prezentă
în baza de date. Filtrarea va segrega secvențele complet, parțial sau nemascate.
OPŢIUNI
-mdb mer-bază de date
incarcare mascarea kmeri din meryl(1) mer-bază de date
-Domnișoară mer-size
-edb există-bază de date
salva mascarea kmers la an existăDB(1) dosar există-bază de date pentru reporniri mai rapide
-1 in.1.rapidq
-2 in.2.rapidq
input citește fișierele în format fastq, fastq.gz, fastq.bz2 sau fastq.xz. Al doilea este
opțional, dar încurcă clasificarea de ieșire dacă nu este prezentă.
-o afară
prefix pentru citirile de ieșire
afară.complet mascat.[12].rapidq
citește cu bazele sub „pragul scăzut” reținute
afară.parţial mascat.[12].rapidq
citește între ele
afară.reţinut.[12].rapidq
citește cu mai mult decât bazele „limită înaltă” reținute
afară.arbătut.[12].rapidq
citește cu statut conflictual
-m dimensiune minimă
ignora accesările bazei de date sub atât de mulți kmeri consecutivi (0)
-e extinde-dimensiune
extinde accesările bazei de date peste mulți kmeri lipsă (0)
-roman RETAIN secvența nouă nu este prezentă în baza de date
-confirmat
RETAIN secvența confirmată prezentă în baza de date
-promova
promovați citirea mai puțin REȚINUT la statutul de citit mai REȚINUT
read1=completmask și read2=partiallymasked -> ambele sunt parțial mascate
-retrograda
retrogradați cât mai mult RETAINED citire la statutul de mai puțin RETAINED citire
read1=complet mascat și read2=partiallymasked -> ambele sunt complet mascate
- arunca
elimina perechile cu stare conflictuală (DEFAULT) read1=completmasked și
read2=partiallymasked -> ambele sunt aruncate
Statistici on stderr, număr of Secvențele cu sumă REȚINUT:
-pragul scăzut t
(0.3333)
-pragul înalt t
(0.6667)
-h histograma
scrieți o histogramă a cantității de secvență REȚINUTĂ
-t t utilizare t fire de calcul
-v arata progresul
Utilizați kmer-mask online folosind serviciile onworks.net
