libscane - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

libscan - Căutări de diagnostic pentru familiile de proteine.

REZUMAT

libscan -modul listă -grib boolean -henik boolean -hmm boolean -sam boolean -pssm boolean
-sig boolean -hmm cale şir -hmmextn şir -hmmoutpath şir -hmmoutextn şir
-sampat şir -samextn şir -samoutpath şir -samotextn şir
-pssmpath şir -pssmextn şir -niter întreg -treier pluti -maxhit întreg
-pssoutpath şir -pssmoutextn şir -gbvpath şir -gbvextn şir
-gbvgapo pluti -gbvgape pluti -gbvoutpath şir -gbvoutextn şir
-hnfpath şir -hnfextn şir -hnfgapo pluti -hnfgape pluti -hnfoutpath şir
-hnfoutextn şir -sigpath şir -sigextn şir -term listă -sub matrixf
-siggapo pluti -siggape pluti -sigoutpath şir -sigoutextn şir -db seqset
-scopf infile

libscan -Ajutor

DESCRIERE

libscan este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul (grupurile) de comandă „Proteine: Structură 3D”.

OPŢIUNI

-modul listă
libscan rulează în unul dintre cele două moduri, fie (i) modul de căutare în baza de date, fie (ii) bibliotecă
modul ecran. În modul de căutare în baza de date, libscan citește unul sau mai multe directoare fiecare
conţinând un singur tip de element discriminator, tipurile permise sunt rare
semnătura secvenței, profilul Gribskov, profilul Henikoff sau modelul Markov ascuns. În
modul ecran bibliotecă, libscan citește un set de secvențe, ecranează fiecare secvență față de
bibliotecă (directoare ale elementelor de discriminare) și scrie un fișier de scanare a bibliotecii (din
familii cu cel mai mare punctaj) pentru fiecare. Valoare implicită: 2

-grib boolean
Valoarea implicită: N

-henik boolean
Valoarea implicită: N

-hmm boolean
Valoarea implicită: N

-sam boolean
Valoarea implicită: N

-pssm boolean
Valoarea implicită: Y

-sig boolean
Valoarea implicită: N

-hmm cale şir
Valoare implicită: ./lib/

-hmmextn şir
Valoare implicită: .hmm

-hmmoutpath şir
Valoare implicită: ./

-hmmoutextn şir
Valoare implicită: .hmmout

-sampat şir
Valoare implicită: ./

-samextn şir
Valoare implicită: .mod

-samoutpath şir
Valoare implicită: ./

-samotextn şir
Valoare implicită: .samout

-pssmpath şir
Valoare implicită: /data/structure/lib/pssm/

-pssmextn şir
Valoare implicită: .chk

-niter întreg
Valoare implicită: 1

-treier pluti
Valoare implicită: 100

-maxhit întreg
Valoare implicită: 1000

-pssoutpath şir
Valoare implicită: ./

-pssmoutextn şir
Valoare implicită: .pssmout

-gbvpath şir
Valoare implicită: ./

-gbvextn şir
Valoare implicită: .grib

-gbvgapo pluti
Valoare implicită: 10.0

-gbvgape pluti
Valoare implicită: 0.5

-gbvoutpath şir
Valoare implicită: ./

-gbvoutextn şir
Valoare implicită: .gribout

-hnfpath şir
Valoare implicită: ./

-hnfextn şir
Valoare implicită: .henik

-hnfgapo pluti
Valoare implicită: 10.0

-hnfgape pluti
Valoare implicită: 0.5

-hnfoutpath şir
Valoare implicită: ./

-hnfoutextn şir
Valoare implicită: .henikout

-sigpath şir
Valoare implicită: ./

-sigextn şir
Valoare implicită: .sig

-term listă
Valoare implicită: 1

-sub matrixf
Valoare implicită: EBLOSUM62

-siggapo pluti
Valoare implicită: 10.0

-siggape pluti
Valoare implicită: 0.5

-sigoutpath şir
Valoare implicită: ./

-sigoutextn şir
Valoare implicită: .sigout

-db seqset
În modul de căutare în baza de date, libscan scanează fiecare element de discriminare împotriva unei secvențe
a stabilit. În modul ecran bibliotecă, libscan citește un set de secvențe și ecranizează fiecare secvență
față de bibliotecă (directoare de elemente de discriminare) Valoare implicită: 49142.vdhf

-scopf infile
În oricare dintre modurile, un „fișier de clasificare scop” este necesar ca sursă de familie
date de clasificare. Un fișier de clasificare scop conține clasificare și alte date
pentru domeniile din baza de date scop. Fișierul este în format embl și este generat
prin scopparse. Informațiile despre secvența domeniului pot fi adăugate la fișier utilizând scopseqs.
Valoare implicită: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

Utilizați libscane online folosind serviciile onworks.net