Aceasta este comanda load_genbankp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
load_genbank.pl - Încărcați o bază de date Bio::DB::GFF din fișierele GENBANK.
REZUMAT
% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
NOTĂ: Scriptul bp_genbank2gff.pl din distribuția BioPerl este același cu acest script.
DESCRIERE
Acest script încarcă o bază de date Bio::DB::GFF cu caracteristicile conținute fie într-un local
genbank sau o accesare care este preluată de la genbank. Diverse opțiuni de linie de comandă
vă permit să controlați ce bază de date să încărcați și dacă să permiteți o bază de date existentă
fi suprascris.
Acest script în prezent folosește doar MySQL, deși este o dovadă de principiu și ar putea ușor
fi extins pentru a lucra cu alte RDMS care sunt suportate de GFF prin adaptoare.
LINIE DE COMANDA OPŢIUNI
Opțiunile din linia de comandă pot fi abreviate la opțiuni cu o singură literă. de exemplu -d în loc de
--Bază de date.
--create Forțați crearea și inițializarea bazei de date
--dsn Sursa de date (implicit dbi:mysql:test)
--utilizator Nume de utilizator pentru autentificare mysql
--trece Parola pentru autentificare mysql
--proxy Server proxy de utilizat pentru acces la distanță
--file Argumentele care urmează sunt nume de fișiere Genbank/EMBL (implicit)
--accession Argumentele care urmează sunt numere de acces la genbank
--stdout Scrieți fișierul GFF convertit în stdout, mai degrabă decât să se încarce
Utilizați load_genbankp online folosind serviciile onworks.net
