locuspocus - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

locuspocus - calculați coordonatele locului pentru adnotarea genei dată

REZUMAT

locuspocus [Opțiuni] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

DESCRIERE

Opțiuni de bază:

-d|--depanare
imprimați mesaje detaliate de depanare pe terminal (eroare standard)

-h|--ajutor
imprimați acest mesaj de ajutor și ieșiți

-v|--versiunea
imprimați numărul versiunii și ieșiți

Analiza iLocus:

-l|--delta: INT
atunci când analizați loci de interval, utilizați următoarea deltă pentru a extinde și a include loci genei
regiuni de reglementare potențiale; implicit este 500

-s|--omite
atunci când enumerați loci de interval, excludeți neadnotat (și probabil incomplet)
iLoci la fiecare capăt al secvenței

-e|--numai
raportați numai fragmente iLocus incomplete la capetele neadnotate ale secvențelor
(complement de --omite)

-y|--skipiiloci
nu raportați iLoci intergenici

Opțiuni de rafinare:

-r|--rafina
în mod implicit, genele sunt grupate în același iLocus dacă au vreo suprapunere; 'rafina'
modul permite o manipulare mai nuanțată a genelor care se suprapun

-c|--cd-uri
utilizați CDS mai degrabă decât UTR-uri pentru a determina suprapunerea genelor; implică modul „rafinare”.

-m|--minosuprapune: INT
numărul minim de nucleotide două gene trebuie să se suprapună pentru a fi grupate în aceeași
iLocus; implicit este 1

Opțiuni de ieșire:

-n|--namefmt: STR
furnizați un șir de format în stil printf pentru a înlocui formatul de ID implicit pentru nou
create loci; implicit este „locus%lu” (locus1, locus2, etc) pentru loci și „iLocus%lu”
(iLocus1, iLocus2, etc) pentru interval loci; rețineți că șirul de format ar trebui să includă a
un singur specificator %lu care trebuie completat cu o valoare întreagă lungă fără semn

-i|--ilens: FIȘIER
creați un fișier cu lungimile fiecărui iLocus intergenic

-g|--genmap: FILE
tipăriți o mapare de la fiecare adnotare genică la locusul său corespunzător celui dat
fişier

-o|--fișier: FIȘIER
numele fișierului în care vor fi scrise rezultatele; implicit este terminal (standard
ieșire)

-T|--reteniide
păstrează ID-urile caracteristicilor originale din fișierele de intrare; conflictele vor apărea dacă sunt introduse
conține valori de identificare duplicate

-t|--transmap: FIȘIER
tipăriți o mapare de la fiecare adnotare de transcriere la locul său corespunzător la
fisierul dat

-V|--verbos
include toate subcaracteristicile locusului (gene, ARN-uri etc.) în ieșirea GFF3; Mod implicit
include numai caracteristici de locus

Opțiuni de intrare:

-f|--filtru: TIP
listă separată prin virgulă de tipuri de caracteristici de utilizat la construirea loci/iLoci; implicit este
„genă”

-p|--părinte: CT:PT
dacă o caracteristică de tip $CT există fără părinte, creați un părinte pentru această caracteristică
cu tipul $PT; de exemplu, mRNA:gene va crea o caracteristică genică ca părinte pentru
orice caracteristică ARNm de nivel superior; această opțiune poate fi specificată de mai multe ori

-u|--pseudo
corectează pseudogenele etichetate eronat

Utilizați locuspocus online folosind serviciile onworks.net