macs2_bdgdiff - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

macs2_bdgdiff - Analiză bazată pe model pentru secvențierea ChIP

DESCRIERE

utilizare: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG

[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [--outdir OUTDIR] (--o-prefix OPREFIX | -o OFILE OFILE OFILE)

facultativ argumente:
-h, --Ajutor
afișați acest mesaj de ajutor și ieșiți

--t1 T1BDG
MACS pileup bedGraph pentru starea 1. Incompatibil cu callpeak --SPMR ieșire.
NECESARE

--t2 T2BDG
MACS pileup bedGraph pentru starea 2. Incompatibil cu callpeak --SPMR ieșire.
NECESARE

--c1 C1BDG
MACS control lambda bedGraph pentru starea 1. Incompatibil cu callpeak --SPMR
ieșire. NECESAR

--c2 C2BDG
MACS control lambda bedGraph pentru starea 2. Incompatibil cu callpeak --SPMR
ieșire. NECESAR

-C A TĂIA CALEA, --a tăia calea A TĂIA CALEA
limită logLR. IMPLICIT: 3 (raport de probabilitate=1000)

-l MINLEN, --min-len MINLEN
Lungimea minimă a regiunii diferențiale. Încercați o valoare mai mare pentru a elimina regiunile mici.
IMPLICIT: 200

-g MAXGAP, --max-gap MAXGAP
Distanță maximă pentru a îmbina regiunile diferențiale din apropiere. Luați în considerare un decalaj mai larg pentru larg
semne. Distanța maximă trebuie să fie mai mică decât lungimea minimă (-g). IMPLICIT: 100

--d1 DEPTH1, --adâncime1 ADÂNCIME1
Adâncimea secvenței (numărul de citiri neredundante în milioane) pentru condiția 1. Va fi
folosit împreună cu --d2. Vezi descrierea pentru --d2 mai jos pentru cum să le atribuiți.
Implicit: 1

--d2 DEPTH2, --adâncime2 ADÂNCIME2
Adâncimea secvenței (numărul de citiri neredundante în milioane) pentru condiția 2. Va fi
folosit împreună cu --d1. DEPTH1 și DEPTH2 vor fi folosite pentru a calcula scalarea
factor pentru fiecare probă, pentru a reduce eșantionul mai mare la nivelul celui mai mic.
De exemplu, în timp ce comparăm 10 milioane condiția 1 și 20 milioane condiția 2, utilizați
--d1 10 --d2 20, apoi valoarea acumulată în bedGraph pentru condiția 2 va fi împărțită la
2. Implicit: 1

--outdir EXTERIOR
Dacă este specificat, toate fișierele de ieșire vor fi scrise în acel director. Implicit: the
directorul de lucru curent

--o-prefix OPREFIX
Prefixul fișierului de ieșire. Fișierele reale vor fi denumite PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed și PREFIX_common.bed. Se exclud reciproc cu -o/--ofile.

-o OFILE OFILE OFILE, --ofile OFILE OFILE OFILE
Nume de fișiere de ieșire. Trebuie să dea trei argumente în ordine: 1. fișier pentru regiuni unice în
starea 1; 2. dosar pentru regiuni unice în starea 2; 3. dosar pentru regiuni comune
in ambele conditii. Notă: se exclud reciproc cu --o-prefix.

Utilizați macs2_bdgdiff online folosind serviciile onworks.net