Aceasta este comanda make_das_confp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
make_das_conf.pl - Creați fișiere de configurare GBrowse din sursele DAS
REZUMAT
% make_das_conf.pl http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16 > /usr/local/apache/conf/gbrowse.conf/ucsc.conf
DESCRIERE
Acest script generează un fișier de configurare neprevăzut potrivit pentru răsfoirea unui DAS la distanță
Server.
Pentru a utiliza acest script, dați-i adresa URL a unui server DAS. Dacă îl îndreptați către adresa URL de bază DAS
(fără numele sursei de date), ca în „http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das", se va
tipăriți o listă de surse de date valide la ieșirea standard. Dacă îi oferiți o adresă URL DAS completă,
ca în "http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16", va imprima o configurație gbrowse
fişier la ieşirea standard.
Probabil că veți dori să modificați fișierul de configurare după ce îl generați. În
în special, veți dori să personalizați tipurile de glif asociate fiecărei piese și
ajustați lista de exemple oferite în instrucțiuni (în mod implicit, acest script folosește
lista completă a punctelor de intrare, care poate fi destul de lungă).
De asemenea, rețineți că acest script creează un set de agregatoare care pot fi sau nu
corect. Luați în considerare cazul unui server DAS care utilizează structura canonică pentru a
ARNm îmbinat:
metoda principala: ARNm
subpărți: 5'-UTR, CDS, 3'-UTR
Acest script de conversie va genera următorul set de agregatoare:
ARNm{ARNm}
5'-UTR{5'-UTR}
CDS{CDS}
3'-UTR{3'-UTR}
De asemenea, va genera un total de patru piste, câte una pentru ARNm și fiecare dintre părțile sale.
Acest lucru este, desigur, incorect. Veți dori să le consolidați într-un singur
agregator:
ARNm{5'-UTR, 3'-UTR, CDS/ARNm}
Utilizați make_das_confp online folosind serviciile onworks.net
