Aceasta este comanda masai_mapper care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
masai_mapper - Masai Mapper
REZUMAT
masai_mapper [OPȚIUNI]
DESCRIERE
Masai este un cartografier rapid și precis, bazat pe semințe aproximative și multiple
dare înapoi.
Vedea http://www.seqan.de/projects/masai pentru mai multe informatii.
(c) Copyright 2011-2012 de Enrico Siragusa.
-h, --Ajutor
Afișează acest mesaj de ajutor.
--versiune
Afișează informații despre versiune
Opțiuni de cartografiere:
-mm, --mod-mapping STR
Selectați modul de mapare. Unul dintre toate, cel mai bun și cel mai bun. Implicit: orice-cel mai bun.
-mb, --bloc de cartografiere NUM
Numărul maxim de citiri care trebuie mapate simultan. În intervalul [10000..inf]. Mod implicit:
2147483647.
-e, --erori NUM
Număr maxim de erori per citire. În intervalul [0..32]. Implicit: 5.
-sl, --lungimea semințelor NUM
Lungimea minimă a semințelor. În intervalul [10..100]. Implicit: 33.
-ng, --fără goluri
Nu aliniați citirile cu goluri.
Opțiuni pentru indexul genomului:
-x, --index STR
Selectați tipul de index al genomului. Unul dintre esa, sa, qgram și fm. Implicit: sa.
-xp, --index-prefix STR
Specificați un nume de prefix pentru indexul genomului. Implicit: utilizați prefixul numelui fișierului genomului.
Opțiuni de ieșire:
-o, --fisier de iesire FILE
Specificați un fișier de ieșire. Implicit: utilizați prefixul numelui fișierului de citire. Tipuri de fișiere valide
sunt: raw și sam.
-nc, --fara-trabuc
Nu scoateți șir de trabuc. Acest lucru afectează numai ieșirea SAM.
Opțiuni de depanare:
-nv, --nu-verificare
Nu verificați loviturile de semințe.
-nd, --fără gunoi
Nu aruncați rezultatele.
-nm, --nu-multiplu
Dezactivați backtracking multiplu.
VERSIUNE
Versiunea masai_mapper: 0.7.1 [14053] Ultima actualizare 2013-05-16
Utilizați masai_mapper online folosind serviciile onworks.net
