maskfeate - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

maskfeat - Scrieți o secvență cu caracteristici mascate

REZUMAT

maskfeat -secvenţă seqall [-Tip şir] [-pentru a reduce comutare] -maskchar şir -outseq seqout

maskfeat -Ajutor

DESCRIERE

maskfeat este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul (e) de comenzi „Editare, tabele de caracteristici”.

OPŢIUNI

Intrare secțiune
-secvenţă seqall

Suplimentar secțiune
-Tip şir
În mod implicit, orice caracteristică din tabelul de caracteristici cu un tip care începe „repeat” este mascată.
Puteți seta ca acesta să fie orice tip de caracteristică pe care doriți să-l mascați. Vedea
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ pentru o listă a tipurilor de caracteristici EMBL și a se vedea
Anexa A a manualului de utilizare Swissprot în http://www.expasy.org/sprot/userman.html
pentru o listă a tipurilor de caracteristici Swissprot. Tipul poate fi wildcard folosind „*”. Dacă
doriți să mascați mai multe tipuri, separați numele lor cu spații sau virgule, de exemplu:
*UTR repetare* Valoare implicită: repetare*

-pentru a reduce comutare
Regiunea poate fi „mascata” prin conversia caracterelor secvenței în minuscule, unele
programele non-EMBOSS, de exemplu fasta, pot interpreta aceasta ca o regiune mascata. Secvența este
neschimbat în afară de schimbarea cazului. Poate doriți să vă asigurați că întreaga secvență
este cu majuscule înainte de a masca regiunile specificate în minuscule utilizând
steag '-cina'. Valoarea implicită: N

-maskchar şir
Caracter de folosit la mascare. Implicit este „X” pentru secvențele de proteine, „N” pentru nucleic
secvente. Dacă caracterul masca este setat să fie caracterul SPAȚIU sau un caracter nul,
apoi secvența este „mascata” prin schimbarea acesteia în litere mici, la fel ca în cazul
steag „-minuscule”. Valoare implicită: @($(acdprotein)?X:N)

producție secțiune
-outseq seqout

Utilizați maskfeate online folosind serviciile onworks.net