Aceasta este comanda de potrivire care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
potrivire - Waterman-Eggert alinierea locală a două secvențe
REZUMAT
potrivitor -secventa secvenţă -secventa secvenţă [-fișier de date matrice] [-alternative întreg]
[-gapopen întreg] [-gapeextend întreg] -outfile alinia
potrivitor -Ajutor
DESCRIERE
potrivitor este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul (grupurile) de comenzi „Aliniere:Local”.
OPŢIUNI
Intrare secțiune
-secventa secvenţă
-secventa secvenţă
-fișier de date matrice
Acesta este fișierul matricei de scoring folosit la compararea secvențelor. Implicit este
fișierul „EBLOSUM62” (pentru proteine) sau fișierul „EDNAFULL” (pentru secvențe nucleice). Aceste
fișierele se găsesc în directorul „date” al instalării EMBOSS.
Suplimentar secțiune
-alternative întreg
Aceasta setează numărul de rezultate alternative. Implicit doar cel mai mare
este afișată alinierea punctajului. O valoare de 2 vă oferă alte aliniamente rezonabile. În
unele cazuri, de exemplu proteine multidomeniu ale cADN-ului și comparații ale ADN-ului genomic,
pot exista și alte aliniamente interesante și semnificative. Valoare implicită: 1
-gapopen întreg
Penalizarea decalajului este scorul luat atunci când este creat un decalaj. Cea mai bună valoare depinde
asupra alegerii matricei de comparaţie. Valoarea implicită de 14 presupune că utilizați
Matricea EBLOSUM62 pentru secvențele de proteine sau o valoare de 16 și matricea EDNAFULL pentru
secvențe de nucleotide. Valoare implicită: @($(acdprotein)? 14 : 16)
-gapeextend întreg
Penalizarea pentru lungimea decalajului sau extinderea decalajului se adaugă la penalitatea de decalaj standard pentru
fiecare bază sau reziduu din gol. Așa sunt penalizate intervalele de timp. De obicei o vei face
așteptați câteva intervale lungi, mai degrabă decât multe lacune scurte, deci penalizarea extinderii decalajului
ar trebui să fie mai mică decât penalizarea decalajului. O excepție este cazul în care există una sau ambele secvențe
citiri unice cu posibile erori de secvențiere, caz în care v-ați aștepta la multe
goluri de bază unică. Puteți obține acest rezultat setând penalitatea de decalaj la zero (sau foarte
scăzut) și folosind penalizarea de extindere a decalajului pentru a controla scorul decalajului. Valoare implicită:
@($(acdprotein)? 4 : 4)
producție secțiune
-outfile alinia
Utilizați matchre online folosind serviciile onworks.net
