mauveToXMFA - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

addUnalignedIntervals - parte a pachetului mauveAligner
alignmentProjector - parte a pachetului mauveAligner
backbone_global_to_local - parte a pachetului mauveAligner
bbAnalyze - parte a pachetului mauveAligner
createBackboneMFA - parte a pachetului mauveAligner
getAlignmentWindows - parte a pachetului mauveAligner
getOrthologList - parte a pachetului mauveAligner
makeBadgerMatrix - parte a pachetului mauveAligner
mauveToXMFA - parte a pachetului mauveAligner
mfa2xmfa - parte a pachetului mauveAligner
projectAndStrip - parte a pachetului mauveAligner
randomGeneSample - parte a pachetului mauveAligner
scoreAlignment - parte a pachetului mauveAligner
stripGapColumns - parte a pachetului mauveAligner
stripSubsetLCBs - parte a pachetului mauveAligner
toGrimmFormat - parte a pachetului mauveAligner
toMultiFastA - parte a pachetului mauveAligner
toRawSequence - parte a pachetului mauveAligner
uniqueMerCount - parte a pachetului mauveAligner
uniquifyTrees - parte a pachetului mauveAligner
xmfa2maf - parte a pachetului mauveAligner

DESCRIERE

Aceste instrumente aparțin pachetului mauveAligner. Ele nu sunt documentate în mod explicit dar
imprimă un rezumat care se repetă aici.

addUnalignedIntervals interval dosar> <ieșire interval dosar>

alignmentProjector xmfa> <ieșire xmfa> <mfa urm intrare> <mfa urm ieșire> <listă of
secv la include, pornire at 0>

backbone_global_to_local <xmfa dosar> <coloana vertebrală dosar> <ieșire dosar>

bbAnaliză <xmfa dosar> <ghid copac> <coloana vertebrală secvpos dosar> <coloana vertebrală cu dosar> <adnotat
urm index> <ieșire dosar>

indexul secv. adnotat începe de la 0.

createBackboneMFA interval dosar> <ieșire AMF nume>

getAlignmentWindows <XMFA aliniere> < fereastra lungime> < fereastra schimbare suma> <bază producție
nume de fișier>

getOrthologList getOrthologList xmfa> <coloana vertebrală urm dosar> <referință genom> <CDS
ortolog nume de fișier> <CDS aliniere de bază nume>

makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <ieșire bursuc dosar> <LCB coordona dosar>

mauveToXMFA mauveToXMFA <Mov Aliniere intrare> <XMFA ieșire>

mfa2xmfa <MFA aliniere intrare> <XMFA aliniere ieșire> [Nealiniat FastA ieșire]

proiectAndStrip xmfa> <ieșire xmfa> ...

Identificatorii de secvență numerică încep de la 0.

randomGeneSample xmfa> <coloana vertebrală urm dosar> <probă genom> <număr of gene>
<ieșire de bază nume> [Aleatoriu sămânță]

scorAlignment <corect aliniere> <calculat aliniere> [evoluat secvenţă fişier] [slagan]

stripGapColumns XMFA> <ieșire XMFA>

stripSubsetLCB-uri xmfa> bbcols> <ieșire xmfa> [min AML pentru tine] [min genomuri]
[la întâmplare subprobă la X kb]

la GrimmFormat <Mov Alinierea> <genomul 1 b.c lungimi>... N b.c lungimi>

toMultiFastA interval dosar> <ieșire de bază nume>

toRawSequence succesiune> <ieșire dosar>

unicMerCount < Sortat Mer Lista>

uniquifyTrees <nexus intrare dosar> <nexus producție dosar>

Toți arborii din fișierul de intrare trebuie să aibă același număr de taxoni și același taxon
etichete

xmfa2maf <xmfa intrare> <maf ieșire>

Utilizați mauveToXMFA online folosind serviciile onworks.net