mia-2dmyomilles - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

mia-2dmyomilles - Rulați o înregistrare a unei serii de imagini 2D.

REZUMAT

mia-2dmyomilles -i -o [Opțiuni]

DESCRIERE

mia-2dmyomilles Acest program este utilizat pentru a rula o versiune modificată a ICA bazată pe
abordarea de înregistrare descrisă în Milles et al. „Corectarea mișcării complet automatizată în
Secvențe de imagini RM de perfuzie miocardică de primă trecere', Trans. Med. Imagistica., 27(11),
1611-1621, 2008. Modificările includ extragerea mișcării cvasi-periodice în liberă
seturi de date dobândite prin respirație și opțiunea de a rula în schimb înregistrarea afină sau rigidă
numai pentru optimizarea traducerilor.

OPŢIUNI

Fișier-IO
-i --in-file=(intrare, obligatorie); şir
set de date de perfuzie de intrare

-o --out-file=(ieșire, obligatorie); şir
set de date de perfuzie de ieșire

-r --registered=
bază de nume de fișier pentru fișierele înregistrate

--save-references=
salvați imaginile de referință sintetice în această bază de fișiere

--save-cropped=
salvați imaginea decupată setată în acest fișier

--save-feature=
salvați imaginile de caracteristici rezultate din ICA și unele imagini intermediare
utilizat pentru segmentarea RV-LV cu baza numelui de fișier dat în fișiere PNG.
Salvați, de asemenea, coeficienții amestecului inițial cel mai bun și al amestecării finale IC
matrice.

Ajutor & Informație
-V --verbose=avertisment
verbozitatea rezultatelor, mesaje tipărite de nivel dat și priorități mai mari.
Prioritățile acceptate începând de la cel mai de jos nivel sunt:
info ‐ Mesaje de nivel scăzut
urmări ‐ Urmărirea apelului de funcție
eşua ‐ Raportați eșecurile testelor
de avertizare - Avertizări
eroare - Raportează erori
depana - Ieșire de depanare
mesaj ‐ Mesaje normale
fatal ‐ Raportați numai erori fatale

--drepturi de autor
tipăriți informații despre drepturile de autor

-h --ajutor
imprimați acest ajutor

-? --utilizare
imprimați un scurt ajutor

--versiune
tipăriți numărul versiunii și ieșiți

ICA
-C --componente=0
Componente ICA 0 = estimare automată Componente ICA 0 = automată
evaluare

--normaliza
CI normalizate

--no-fără-mecanism
nu îndepărtați media din curbele de amestecare

-g --ghici
utilizați estimarea inițială pentru perfuzia miocardică

-s --segscale=1.4
segmentați și scalați caseta de decupare în jurul segmentului LV (0=fără segmentare) și
scalați caseta de decupare în jurul LV (0=fără segmentare)

-k --skip=0
săriți peste imaginile de la începutul seriei, așa cum sunt pentru celelalte
modalități săriți imaginile de la începutul seriei, așa cum sunt pentru celelalte
modalități

-m --max-ica-iter=400
numărul maxim de iterații în ICAnumărul maxim de iterații în ICA

-E --segmethod=caracteristici
Metoda de segmentare
delta-vârf ‐ diferența imaginilor de îmbunătățire a vârfului
caracteristici ‐ imagini caracteristice
caracteristică delta ‐ diferența dintre imaginile caracteristice

Prelucrare
--fire=-1
Numărul maxim de fire de execuție de utilizat pentru procesare, acest număr ar trebui să fie mai mic
sau egal cu numărul de nuclee de procesor logic din mașină. (-1:
estimare automată). Numărul maxim de fire de execuție de utilizat pentru procesare, Aceasta
numărul trebuie să fie mai mic sau egal cu numărul de nuclee de procesor logic în
Mașina. (-1: estimare automată).

Înscriere
-c --cost=ssd
criteriul de înregistrare

-O --optimizer=gsl:opt=simplex,step=1.0
Optimizer folosit pentru minimizareOptimizer folosit pentru minimizare Pentru
pluginurile acceptate vezi PLUGINS:minimizer/singlecost

-f --transForm=rigid
tipul de transformare tipul de transformare Pentru pluginurile acceptate vezi
PLUGINE: imagine 2d/transform

-l --mg-levels=3
niveluri cu mai multe rezoluțiiniveluri cu mai multe rezoluții

-R --reference=-1
Referință globală la care trebuie aliniată toată imaginea. Dacă este setată la non-negativ
valoare, imaginile vor fi aliniate la aceste referințe și rezultatul decupat
data imaginii va fi injectată în imaginile originale. Pleacă la -1 dacă tu
nu-ti pasa. În acest caz, toate imaginile vor fi înregistrate într-o poziție medie de
referința globală la care trebuie să fie aliniată toată imaginea. Dacă este setată la a
valoare nenegativă, imaginile vor fi aliniate la aceste referințe, iar
data imaginii decupate va fi injectată în imaginile originale. Părăsi
la -1 dacă nu-ți pasă. În acest caz, toate imaginile care vor fi înregistrate la a
poziţia medie a mişcării

-P --pase=2
permise de înregistrare permise de înregistrare

PLUG-URI: 1d/splinebc

oglindă Condiții la limită de interpolare spline care se oglindesc pe graniță

(fara parametri)

repeta Condiții la limită de interpolare spline care repetă valoarea la limită

(fara parametri)

zero Condiții la limită de interpolare spline care presupun zero pentru valorile din afara

(fara parametri)

PLUG-URI: 1d/splinekernel

bspline Crearea nucleului B-spline, parametrii acceptați sunt:

d = 3; int în [0, 5]
Gradul spline.

omoms Crearea nucleului OMoms-spline, parametrii acceptați sunt:

d = 3; int în [3, 3]
Gradul spline.

PLUG-URI: Imagine 2d/transformare

afine Transformare afină (șase grade de libertate), parametrii acceptați sunt:

imgboundary = oglinda; fabrică
condiţiile limită de interpolare a imaginii. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu interpolator de imagini. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinekernel

rigid Transformări rigide (adică rotație și translație, trei grade de
libertate)., parametrii acceptați sunt:

imgboundary = oglinda; fabrică
condiţiile limită de interpolare a imaginii. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu interpolator de imagini. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinekernel

putrezire-centru = [[0,0]]; 2dfvector
Centrul de rotație relativ, adică <0.5,0.5> corespunde centrului
dreptunghi de sprijin.

rotaţie Transformări de rotație (adică rotație în jurul unui centru dat, un grad de
libertate)., parametrii acceptați sunt:

imgboundary = oglinda; fabrică
condiţiile limită de interpolare a imaginii. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu interpolator de imagini. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinekernel

putrezire-centru = [[0,0]]; 2dfvector
Centrul de rotație relativ, adică <0.5,0.5> corespunde centrului
dreptunghi de sprijin.

spline Transformare în formă liberă care poate fi descrisă printr-un set de coeficienți B-spline
și un nucleu B-spline subiacent., parametrii acceptați sunt:

anizorat = [[0,0]]; 2dfvector
rata coeficientului anizotrop în pixeli, valorile nepozitive vor fi
suprascris cu valoarea „rata”...

imgboundary = oglinda; fabrică
condiţiile limită de interpolare a imaginii. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu interpolator de imagini. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinekernel

nucleu = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu spline de transformare.. Pentru plug-in-uri suportate vezi
PLUGINE: 1d/splinekernel

penalizare = ; fabrică
Termen de penalizare de transformare. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 2dtransform/splinepenalty

rată = 10; plutește în [1, inf)
rata coeficientului izotrop în pixeli.

Traduceți Doar traducere (două grade de libertate), parametrii acceptați sunt:

imgboundary = oglinda; fabrică
condiţiile limită de interpolare a imaginii. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu interpolator de imagini. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinekernel

vf Acest plug-in implementează o transformare care definește o traducere pentru fiecare
punct al grilei care definește domeniul transformării., susținut
parametrii sunt:

imgboundary = oglinda; fabrică
condiţiile limită de interpolare a imaginii. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu interpolator de imagini. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinekernel

PLUG-URI: 2dtransform/splinepenalty

divcurl penalizare divcurl la transformare, parametrii acceptați sunt:

răsuci = 1; plutește în [0, inf)
greutate penalizare pe buclă.

div = 1; plutește în [0, inf)
ponderea penalizării pe divergență.

normă = 0; bool
Setați la 1 dacă penalizarea ar trebui să fie normalizată în raport cu imaginea
mărimea.

greutate = 1; plutește în (0, inf)
greutatea energiei de penalizare.

PLUG-URI: minimizator/cost unic

gdas Coborâre în gradient cu corectare automată a mărimii pasului, parametrii acceptați sunt:

ftolr = 0; dubla în [0, inf)
Opriți dacă modificarea relativă a criteriului este mai jos..

max-pas = 2; dubla in (0, inf)
Dimensiunea maximă absolută a pasului.

maxiter = 200; uint în [1, inf)
Criteriul de oprire: numărul maxim de iterații.

pas min = 0.1; dubla in (0, inf)
Dimensiune minimă absolută a pasului.

xtola = 0.01; dubla în [0, inf)
Opriți dacă norma inf a modificării aplicate lui x este sub această valoare..

gdsq Coborâre în gradient cu estimarea pasului pătratic, parametrii acceptați sunt:

ftolr = 0; dubla în [0, inf)
Opriți dacă modificarea relativă a criteriului este mai jos..

gtola = 0; dubla în [0, inf)
Opriți dacă norma inf a gradientului este sub această valoare.

maxiter = 100; uint în [1, inf)
Criteriul de oprire: numărul maxim de iterații.

scară = 2; dubla in (1, inf)
Scalarea dimensiunii pasului de rezervă fixă.

pas = 0.1; dubla in (0, inf)
Mărimea pasului inițial.

xtola = 0; dubla în [0, inf)
Opriți dacă norma inf a x-update este sub această valoare.

GSL Plugin de optimizare bazat pe optimizatoarele multimin ale Bibliotecii științifice GNU
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, parametrii acceptați sunt:

eps = 0.01; dubla in (0, inf)
Optimizatoare bazate pe gradient: opriți când |grad| < eps, simplex: opriți când
dimensiune simplex < eps..

proces = 100; uint în [1, inf)
numărul maxim de iterații.

opta = gd; dict
Optimizator specific care trebuie utilizat.. Valorile acceptate sunt:
bfgs ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (cea mai eficientă versiune)
cg-fr ‐ Algoritmul de gradient conjugat Flecher-Reeves
gd ‐ Coborâre în gradient.
simplex ‐ Algoritmul Simplex al lui Nelder și Mead
cg-pr ‐ Algoritmul de gradient conjugat Polak-Ribiere

pas = 0.001; dubla in (0, inf)
dimensiunea inițială a pasului.

tol = 0.1; dubla in (0, inf)
un parametru de toleranță.

nlopt Algoritmi de minimizare folosind biblioteca NLOPT, pentru o descriere a
optimizatori vă rugăm să vedeți „http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', parametrii acceptați sunt:

ftola = 0; dubla în [0, inf)
Criteriul de oprire: modificarea absolută a valorii obiective este mai jos
această valoare.

ftolr = 0; dubla în [0, inf)
Criteriul de oprire: modificarea relativă a valorii obiective este mai jos
această valoare.

superior = inf; dubla
Limită superioară (egale pentru toți parametrii).

local-opt = niciunul; dict
algoritm local de minimizare care poate fi necesar pentru principal
algoritm de minimizare.. Valorile acceptate sunt:
gn-orig-direct-l ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (implementare originală,
părtinitoare local)
gn-direct-l-noscal ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (nescalate, părtinitoare local)
gn-isres ‐ Strategie îmbunătățită de evoluție a clasamentului stocastic
ld-tnewton ‐ Newton trunchiat
gn-direct-l-rand ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (părtinitoare local, randomizat)
ln-newuoa ‐ Optimizare neconstrânsă fără derivate prin iterativ
Aproximație cuadratică construită
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (nescalate, local
părtinitoare, randomizată)
gn-orig-direct ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (implementare originală)
ld-tnewton-precond ‐ Newton trunchiat precondiționat
ld-tnewton-repornire ‐ Newton trunchiat cu repornirea cu cea mai abruptă coborâre
gn-direct ‐ Împărțirea dreptunghiurilor
ln-neldermead ‐ Algoritmul simplex Nelder-Mead
ln-cobyla ‐ Optimizare constrânsă PRIN Aproximare Lineară
gn-crs2-lm ‐ Căutare aleatoare controlată cu mutație locală
ld-var2 ‐ Variabilă-Metrică cu memorie limitată deplasată, rangul 2
ld-var1 ‐ Variabilă-Metrică cu memorie limitată deplasată, rangul 1
ld-mma ‐ Metoda de mutare a asimptotelor
ld-lbfgs-nocedal - Nici unul
ld-lbfgs ‐ BFGS cu stocare redusă
gn-direct-l ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (părtinitoare local)
nici unul ‐ nu specificați algoritmul
ln-bobyqa ‐ Optimizare limitată de legaturi fără derivate
ln-sbplx ‐ Varianta subplex a lui Nelder-Mead
ln-newuoa-legat ‐ Optimizare fără derivate limitate de legături de
Aproximație cuadratică construită iterativ
ln-praxis ‐ Optimizare locală fără gradient prin axa principală
Metodă
gn-direct-noscal ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (nescalate)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Newton trunchiat precondiționat cu
repornirea la cea mai abruptă coborâre

LOWER = -inf; dubla
Limită inferioară (egal pentru toți parametrii).

maxiter = 100; int în [1, inf)
Criteriul de oprire: numărul maxim de iterații.

opta = ld-lbfgs; dict
algoritmul principal de minimizare. Valorile acceptate sunt:
gn-orig-direct-l ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (implementare originală,
părtinitoare local)
g-mlsl-lds ‐ Conectare unică pe mai multe niveluri (secvență cu discrepanță scăzută,
necesită optimizare și limite bazate pe gradient local)
gn-direct-l-noscal ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (nescalate, părtinitoare local)
gn-isres ‐ Strategie îmbunătățită de evoluție a clasamentului stocastic
ld-tnewton ‐ Newton trunchiat
gn-direct-l-rand ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (părtinitoare local, randomizat)
ln-newuoa ‐ Optimizare neconstrânsă fără derivate prin iterativ
Aproximație cuadratică construită
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (nescalate, local
părtinitoare, randomizată)
gn-orig-direct ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (implementare originală)
ld-tnewton-precond ‐ Newton trunchiat precondiționat
ld-tnewton-repornire ‐ Newton trunchiat cu repornirea cu cea mai abruptă coborâre
gn-direct ‐ Împărțirea dreptunghiurilor
auglag-eq ‐ Algoritm lagrangian crescut cu constrângeri de egalitate
afară
ln-neldermead ‐ Algoritmul simplex Nelder-Mead
ln-cobyla ‐ Optimizare constrânsă PRIN Aproximare Lineară
gn-crs2-lm ‐ Căutare aleatoare controlată cu mutație locală
ld-var2 ‐ Variabilă-Metrică cu memorie limitată deplasată, rangul 2
ld-var1 ‐ Variabilă-Metrică cu memorie limitată deplasată, rangul 1
ld-mma ‐ Metoda de mutare a asimptotelor
ld-lbfgs-nocedal - Nici unul
g-mlsl ‐ Conectare unică pe mai multe niveluri (necesită optimizare locală și
limite)
ld-lbfgs ‐ BFGS cu stocare redusă
gn-direct-l ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (părtinitoare local)
ln-bobyqa ‐ Optimizare limitată de legaturi fără derivate
ln-sbplx ‐ Varianta subplex a lui Nelder-Mead
ln-newuoa-legat ‐ Optimizare fără derivate limitate de legături de
Aproximație cuadratică construită iterativ
auglag ‐ Algoritm lagrangian crescut
ln-praxis ‐ Optimizare locală fără gradient prin axa principală
Metodă
gn-direct-noscal ‐ Împărțirea dreptunghiurilor (nescalate)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Newton trunchiat precondiționat cu
repornirea la cea mai abruptă coborâre
ld-slsqp ‐ Programare secvenţială pătratică cu cele mai mici pătrate

pas = 0; dubla în [0, inf)
Dimensiunea inițială a pasului pentru metodele fără gradient.

opri = -inf; dubla
Criteriu de oprire: valoarea funcției scade sub această valoare.

xtola = 0; dubla în [0, inf)
Criteriul de oprire: modificarea absolută a tuturor valorilor x este sub aceasta
valoare.

xtolr = 0; dubla în [0, inf)
Criteriul de oprire: modificarea relativă a tuturor valorilor x este sub aceasta
valoare.

EXEMPLU

Înregistrați seria de perfuzie dată în „segment.set” utilizând estimarea automată ICA.
Omite două imagini la început și, în caz contrar, folosește parametrii impliciti. Depozitați
rezultă „registered.set”.

mia-2dmyomilles -i segment.set -o registered.set -k 2

AUTOR(i)

Gert Wollny

DREPTURI DE AUTOR

Acest software este Copyright (c) 1999‐2015 Leipzig, Germania și Madrid, Spania. Este vorba
FĂRĂ ABSOLUT NU GARANȚIE și o puteți redistribui conform termenilor GNU
LICENȚĂ PUBLICĂ GENERALĂ Versiunea 3 (sau ulterioară). Pentru mai multe informații rulați programul cu
opțiunea „--copyright”.

Utilizați mia-2dmyomilles online folosind serviciile onworks.net