mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - Înregistrare neliniară a unei serii de imagini 2D.

REZUMAT

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid -i -o [Opțiuni]

DESCRIERE

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid Acest program rulează înregistrarea non-rigidă a unei serii de
imaginile date într-un set de imagini. Toate imaginile sunt înregistrate la o referință definită de utilizator
imagine.

OPŢIUNI

Fișier-IO
-i --in-file=(intrare, obligatorie); şir
set de date de perfuzie de intrare

-o --out-file=(ieșire, obligatorie); şir
set de date de perfuzie de ieșire

--out-filebase=reg
nume de fișier bazae pentru fișierele înregistrate, tipul de fișier este dedus din imagine
tip de fișier în setul de date de intrare.

Înscriere
-k --skip=0
Omite imagini la începutul seriei Omite imagini la începutul
serialul

-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
Optimizator folosit pentru minimizare

-l --mg-levels=3
niveluri cu mai multe rezoluțiiniveluri cu mai multe rezoluții

-f --transForm=spline
tipul de transformare tipul de transformare Pentru pluginurile acceptate vezi
PLUGINE: imagine 2d/transform

-r --ref=-1
cadru de referință (-1 == folosiți imaginea din mijloc) cadru de referință (-1 == folosiți
imagine din mijloc)

Ajutor & Informație
-V --verbose=avertisment
verbozitatea rezultatelor, mesaje tipărite de nivel dat și priorități mai mari.
Prioritățile acceptate începând de la cel mai de jos nivel sunt:
info ‐ Mesaje de nivel scăzut
urmări ‐ Urmărirea apelului de funcție
eşua ‐ Raportați eșecurile testelor
de avertizare - Avertizări
eroare - Raportează erori
depana - Ieșire de depanare
mesaj ‐ Mesaje normale
fatal ‐ Raportați numai erori fatale

--drepturi de autor
tipăriți informații despre drepturile de autor

-h --ajutor
imprimați acest ajutor

-? --utilizare
imprimați un scurt ajutor

--versiune
tipăriți numărul versiunii și ieșiți

Prelucrare
--fire=-1
Numărul maxim de fire de execuție de utilizat pentru procesare, acest număr ar trebui să fie mai mic
sau egal cu numărul de nuclee de procesor logic din mașină. (-1:
estimare automată). Numărul maxim de fire de execuție de utilizat pentru procesare, Aceasta
numărul trebuie să fie mai mic sau egal cu numărul de nuclee de procesor logic în
Mașina. (-1: estimare automată).

PLUG-URI: 1d/splinebc

oglindă Condiții la limită de interpolare spline care se oglindesc pe graniță

(fara parametri)

repeta Condiții la limită de interpolare spline care repetă valoarea la limită

(fara parametri)

zero Condiții la limită de interpolare spline care presupun zero pentru valorile din afara

(fara parametri)

PLUG-URI: 1d/splinekernel

bspline Crearea nucleului B-spline, parametrii acceptați sunt:

d = 3; int în [0, 5]
Gradul spline.

omoms Crearea nucleului OMoms-spline, parametrii acceptați sunt:

d = 3; int în [3, 3]
Gradul spline.

PLUG-URI: imagine 2d/cost

lncc corelație încrucișată normalizată locală cu suport de mascare., parametrii acceptați
sunt:

w = 5; uint în [1, 256]
jumătate de lățime a ferestrei utilizată pentru evaluarea crucii localizate
corelație.

lsd Măsurarea distanței pe cele mai mici pătrate

(fara parametri)

mi Informații reciproce bazate pe parzen spline., parametrii acceptați sunt:

tăiat = 0; plutește în [0, 40]
Procentul de pixeli de tăiat la intensități mari și scăzute de eliminat
valori aberante.

mbins = 64; uint în [1, 256]
Numărul de casete de histograme utilizate pentru imaginea în mișcare.

mkernel = [bspline:d=3]; fabrică
Nucleu spline pentru imaginea în mișcare parzen hinstogram. Pentru plug-in-uri acceptate
vezi PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64; uint în [1, 256]
Numărul de casete de histograme utilizate pentru imaginea de referință.

rkernel = [bspline:d=0]; fabrică
Nucleu spline pentru imaginea de referință parzen hinstogram. Pentru conectorul acceptat-
ins vezi PLUGINS:1d/splinekernel

CCN corelație încrucișată normalizată.

(fara parametri)

ngf Această funcție evaluează asemănarea imaginii pe baza gradientului normalizat
câmpuri. Sunt disponibile diverse nuclee de evaluare, parametrii acceptați sunt:

eval = ds; dict
subtipul pluginului. Valorile acceptate sunt:
sq ‐ pătratul diferenței
ds ‐ pătratul diferenței de scară
punct ‐ nucleul de produs scalar
trece ‐ nucleu de produs încrucișat

SSD Costul imaginii 2D: suma diferențelor pătrate, parametrii acceptați sunt:

autothresh = 0; plutește în [0, 1000]
Utilizați mascarea automată a imaginii în mișcare luând doar valori de intensitate
în considerare care sunt mai mari decât pragul dat.

normă = 0; bool
Setați dacă valoarea ar trebui să fie normalizată în funcție de numărul de pixeli ai imaginii.

ssd-automask
Costul imaginii 2D: suma diferențelor pătrate, cu automascare bazată pe date
pragurile, parametrii acceptați sunt:

rthresh = 0; dubla
Valoarea intensității pragului pentru imaginea de referință.

sthresh = 0; dubla
Valoarea intensității pragului pentru imaginea sursă.

PLUG-URI: Imagine 2d/cost complet

imagine Funcția generalizată a costului de similitudine a imaginii care gestionează și rezoluția multiplă
prelucrare. Măsura reală a asemănării este dat un parametru suplimentar.,
parametrii acceptați sunt:

costa = ssd; fabrică
Nucleul funcției de cost. Pentru pluginuri acceptate, consultați PLUGINS:2dimage/cost

depana = 0; bool
Salvați rezultatele intermediare pentru depanare.

ref =(intrare, șir)
Imagine de referință.

src =(intrare, șir)
Imagine de studiu.

greutate = 1; pluti
ponderea funcției de cost.

labelimage
Funcția de cost de similaritate care mapează etichetele a două imagini și gestionează etichetele-
păstrând procesarea multi-rezoluție., parametrii acceptați sunt:

depana = 0; int în [0, 1]
scrieți distanța care se transformă într-o imagine 3D.

maxlabel = 256; int în [2, 32000]
numărul maxim de etichete de luat în considerare.

ref =(intrare, șir)
Imagine de referință.

src =(intrare, șir)
Imagine de studiu.

greutate = 1; pluti
ponderea funcției de cost.

imagine mascata
Funcția generalizată a costului de similitudine a imaginilor mascate care gestionează, de asemenea, mai multe
procesarea rezoluției. Măștile furnizate ar trebui să fie umplute cu densitate în regiuni
procesare cu rezoluție multiplă, deoarece altfel informațiile despre mască se pot pierde
la reducerea scalarii imaginii. Masca de referință și masca transformată a
imaginile de studiu sunt combinate prin AND binar. Este dată măsura reală a asemănării
este un parametru suplimentar, parametrii acceptați sunt:

costa = ssd; fabrică
Nucleul funcției de cost. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: imagine 2d/cost mascat

ref =(intrare, șir)
Imagine de referință.

ref-mască =(intrare, șir)
Mască imagine de referință (binară).

src =(intrare, șir)
Imagine de studiu.

src-mask =(intrare, șir)
Mască de studiu de imagine (binară).

greutate = 1; pluti
ponderea funcției de cost.

PLUG-URI: 2dimage/io

bmp Suport de intrare/ieșire a imaginii 2D BMP

Extensii de fișiere recunoscute: .BMP, .bmp

Tipuri de elemente acceptate:
date binare, nesemnate pe 8 biți, nesemnate pe 16 biți

pool de date IO virtuală către și de la pool-ul de date intern

Extensii de fișiere recunoscute: .@

dicom Imagine 2D io pentru DICOM

Extensii de fișiere recunoscute: .DCM, .dcm

Tipuri de elemente acceptate:
semnat pe 16 biți, nesemnat pe 16 biți

exr un plugin 2dimage io pentru imagini OpenEXR

Extensii de fișiere recunoscute: .EXR, .exr

Tipuri de elemente acceptate:
32 de biți nesemnat, 32 de biți în virgulă mobilă

jpg un plugin 2dimage io pentru imagini jpeg în scala de gri

Extensii de fișiere recunoscute: .JPEG, .JPG, .jpeg, .jpg

Tipuri de elemente acceptate:
8 biți nesemnat

png un plugin 2dimage io pentru imagini png

Extensii de fișiere recunoscute: .PNG, .png

Tipuri de elemente acceptate:
date binare, nesemnate pe 8 biți, nesemnate pe 16 biți

crud Suport pentru ieșire de imagini RAW 2D

Extensii de fișiere recunoscute: .RAW, .raw

Tipuri de elemente acceptate:
date binare, semnate pe 8 biți, nesemnate pe 8 biți, semnate pe 16 biți, nesemnate pe 16 biți,
semnat pe 32 de biți, nesemnat pe 32 de biți, virgulă mobilă 32 de biți, virgulă mobilă 64
pic

TIF Suport de intrare/ieșire a imaginii TIFF 2D

Extensii de fișiere recunoscute: .TIF, .TIFF, .tif, .tiff

Tipuri de elemente acceptate:
date binare, nesemnate pe 8 biți, nesemnate pe 16 biți, nesemnate pe 32 de biți

vista un plugin 2dimage io pentru imagini Vista

Extensii de fișiere recunoscute: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipuri de elemente acceptate:
date binare, semnate pe 8 biți, nesemnate pe 8 biți, semnate pe 16 biți, nesemnate pe 16 biți,
semnat pe 32 de biți, nesemnat pe 32 de biți, virgulă mobilă 32 de biți, virgulă mobilă 64
pic

PLUG-URI: 2dimage/maskedcost

lncc corelație încrucișată normalizată locală cu suport de mascare., parametrii acceptați
sunt:

w = 5; uint în [1, 256]
jumătate de lățime a ferestrei utilizată pentru evaluarea crucii localizate
corelație.

mi Informații reciproce bazate pe parzen spline cu mascare, parametrii acceptați sunt:

tăiat = 0; plutește în [0, 40]
Procentul de pixeli de tăiat la intensități mari și scăzute de eliminat
valori aberante.

mbins = 64; uint în [1, 256]
Numărul de casete de histograme utilizate pentru imaginea în mișcare.

mkernel = [bspline:d=3]; fabrică
Nucleu spline pentru imaginea în mișcare parzen hinstogram. Pentru plug-in-uri acceptate
vezi PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64; uint în [1, 256]
Numărul de casete de histograme utilizate pentru imaginea de referință.

rkernel = [bspline:d=0]; fabrică
Nucleu spline pentru imaginea de referință parzen hinstogram. Pentru conectorul acceptat-
ins vezi PLUGINS:1d/splinekernel

CCN corelație încrucișată normalizată cu suport de mascare.

(fara parametri)

SSD Suma pătratelor diferențelor cu mascarea.

(fara parametri)

PLUG-URI: Imagine 2d/transformare

afine Transformare afină (șase grade de libertate), parametrii acceptați sunt:

imgboundary = oglinda; fabrică
condiţiile limită de interpolare a imaginii. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu interpolator de imagini. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinekernel

rigid Transformări rigide (adică rotație și translație, trei grade de
libertate)., parametrii acceptați sunt:

imgboundary = oglinda; fabrică
condiţiile limită de interpolare a imaginii. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu interpolator de imagini. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinekernel

putrezire-centru = [[0,0]]; 2dfvector
Centrul de rotație relativ, adică <0.5,0.5> corespunde centrului
dreptunghi de sprijin.

rotaţie Transformări de rotație (adică rotație în jurul unui centru dat, un grad de
libertate)., parametrii acceptați sunt:

imgboundary = oglinda; fabrică
condiţiile limită de interpolare a imaginii. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu interpolator de imagini. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinekernel

putrezire-centru = [[0,0]]; 2dfvector
Centrul de rotație relativ, adică <0.5,0.5> corespunde centrului
dreptunghi de sprijin.

spline Transformare în formă liberă care poate fi descrisă printr-un set de coeficienți B-spline
și un nucleu B-spline subiacent., parametrii acceptați sunt:

anizorat = [[0,0]]; 2dfvector
rata coeficientului anizotrop în pixeli, valorile nepozitive vor fi
suprascris cu valoarea „rata”...

imgboundary = oglinda; fabrică
condiţiile limită de interpolare a imaginii. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu interpolator de imagini. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinekernel

nucleu = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu spline de transformare.. Pentru plug-in-uri suportate vezi
PLUGINE: 1d/splinekernel

penalizare = ; fabrică
Termen de penalizare de transformare. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 2dtransform/splinepenalty

rată = 10; plutește în [1, inf)
rata coeficientului izotrop în pixeli.

Traduceți Doar traducere (două grade de libertate), parametrii acceptați sunt:

imgboundary = oglinda; fabrică
condiţiile limită de interpolare a imaginii. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu interpolator de imagini. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinekernel

vf Acest plug-in implementează o transformare care definește o traducere pentru fiecare
punct al grilei care definește domeniul transformării., susținut
parametrii sunt:

imgboundary = oglinda; fabrică
condiţiile limită de interpolare a imaginii. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabrică
nucleu interpolator de imagini. Pentru pluginuri acceptate, consultați
PLUGINE: 1d/splinekernel

PLUG-URI: 2dtransform/splinepenalty

divcurl penalizare divcurl la transformare, parametrii acceptați sunt:

răsuci = 1; plutește în [0, inf)
greutate penalizare pe buclă.

div = 1; plutește în [0, inf)
ponderea penalizării pe divergență.

normă = 0; bool
Setați la 1 dacă penalizarea ar trebui să fie normalizată în raport cu imaginea
mărimea.

greutate = 1; plutește în (0, inf)
greutatea energiei de penalizare.

EXEMPLU

Înregistrați seria de perfuzie dată în segment.set prin optimizarea unui spline bazat
transformare cu o rată de coeficient de 16 pixeli folosind Informații reciproce și penalizare
transformarea prin utilizarea divcurl cu o pondere de 2.0.

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid -i segment.set -o registered.set
-f spline:rate=16,penalty=[divcurl:weight=2.0] imagine:cost=mi,weight=2.0

AUTOR(i)

Gert Wollny

DREPTURI DE AUTOR

Acest software este Copyright (c) 1999‐2015 Leipzig, Germania și Madrid, Spania. Este vorba
FĂRĂ ABSOLUT NU GARANȚIE și o puteți redistribui conform termenilor GNU
LICENȚĂ PUBLICĂ GENERALĂ Versiunea 3 (sau ulterioară). Pentru mai multe informații rulați programul cu
opțiunea „--copyright”.

Utilizați online mia-2dmyoset-all2one-nonrigid folosind serviciile onworks.net