mia-3dmotioncompica-nonrigid - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

mia-3dmotioncompica-nonrigid - Înregistrarea neliniară a unei serii de imagini 3D.

REZUMAT

mia-3dmotioncompica-nonrigid -i -o [Opțiuni]

DESCRIERE

mia-3dmotioncompica-nonrigid Acest program implementează o versiune 3D a mișcării
algoritm de compensare descris în Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ,
„Compensarea automată a mișcării a datelor de perfuzie miocardică dobândite prin respirație liberă de
folosind Independent Component Analysis”, Medical Image Analysis, 2012,
DOI:10.1016/j.media.2012.02.004.

OPŢIUNI

Fișier-IO
-i --in-file=(intrare, obligatorie); io
introduceți imagini de fișiere numerotate consecutiv (nameXXXX.ext) Pentru acceptat
tipurile de fișiere vezi PLUGINS:3dimage/io

-o --out-file=(ieșire, obligatorie); io
numele imaginii de ieșire (ca șir în format C care include un %04d pentru a defini
numerotarea fișierelor) Pentru tipurile de fișiere acceptate, consultați PLUGINS:3dimage/io

--save-refs=
salvați imaginile de referință, șirul dat este folosit ca bază de nume de fișier, the
modelul numeric urmează imaginile de intrare, iar formatul de ieșire este întotdeauna
"vista"

--save-regs=
salvați imaginile înregistrate intermediare, șirul dat este folosit ca nume de fișier
de bază, modelul numeric urmează imaginile de intrare, iar formatul de ieșire este
mereu "vista"

--save-coeffs=
salvați matricea de amestecare într-un fișier text

--save-features=
salvați imaginile caracteristice ca PNG

Ajutor & Informație
-V --verbose=avertisment
verbozitatea rezultatelor, mesaje tipărite de nivel dat și priorități mai mari.
Prioritățile acceptate începând de la cel mai de jos nivel sunt:
info ‐ Mesaje de nivel scăzut
urmări ‐ Urmărirea apelului de funcție
eşua ‐ Raportați eșecurile testelor
de avertizare - Avertizări
eroare - Raportează erori
depana - Ieșire de depanare
mesaj ‐ Mesaje normale
fatal ‐ Raportați numai erori fatale

--drepturi de autor
tipăriți informații despre drepturile de autor

-h --ajutor
imprimați acest ajutor

-? --utilizare
imprimați un scurt ajutor

--versiune
tipăriți numărul versiunii și ieșiți

ICA
-C --componente=0
Componente ICA 0 = estimare automată Componente ICA 0 = automată
evaluare

--nu-normaliza
nu IC-uri normalizate

--no-fără-mecanism
nu îndepărtați media din curbele de amestecare

-k --skip=0
săriți peste imaginile de la începutul seriei, de exemplu, pentru că așa cum sunt ele din altele
modalități săriți imaginile de la începutul seriei, de exemplu, pentru că pe măsură ce acestea
sunt de alte modalitati

-m --max-ica-iter=400
numărul maxim de iterații în ICAnumărul maxim de iterații în ICA

Prelucrare
--fire=-1
Numărul maxim de fire de execuție de utilizat pentru procesare, acest număr ar trebui să fie mai mic
sau egal cu numărul de nuclee de procesor logic din mașină. (-1:
estimare automată). Numărul maxim de fire de execuție de utilizat pentru procesare, Aceasta
numărul trebuie să fie mai mic sau egal cu numărul de nuclee de procesor logic în
Mașina. (-1: estimare automată).

Înscriere
-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
Optimizator folosit pentru minimizare

-a --start-c-rate=32
start coefcinet rate în spini, devine împărțit la --c-rate-divider cu
fiecare rata de coeficient de trecere în coloane, este împărțită la --c-rate-divider
cu fiecare trecere

--c-rate-divider=4
cofficient rate divider for each passcofficient rate divider for each pass

-d --start-divcurl=20
începe greutatea divcurl, este împărțită la --divcurl-divider la fiecare trecere
greutatea divcurl, este împărțită la --divcurl-divider la fiecare trecere

--divcurl-divider=4
divcurl greutate scalare cu fiecare noua trecere divcurl greutate scalare cu fiecare
noua trecere

-w --imagecost=image:greutate=1,cost=ssd,
costul imaginii

-l --mg-levels=3
niveluri cu mai multe rezoluțiiniveluri cu mai multe rezoluții

-P --pase=3
permise de înregistrare permise de înregistrare

PLUG-URI: 3dimage/io

analiza Analizați imaginea 7.5

Extensii de fișiere recunoscute: .HDR, .hdr

Tipuri de elemente acceptate:
8 biți nesemnat, 16 biți semnat, 32 de biți semnat, 32 de biți în virgulă mobilă,
virgulă mobilă 64 de biți

pool de date IO virtuală către și de la pool-ul de date intern

Extensii de fișiere recunoscute: .@

dicom Seria de imagini Dicom ca 3D

Extensii de fișiere recunoscute: .DCM, .dcm

Tipuri de elemente acceptate:
semnat pe 16 biți, nesemnat pe 16 biți

hdf5 HDF5 3D imagine IO

Extensii de fișiere recunoscute: .H5, .h5

Tipuri de elemente acceptate:
date binare, semnate pe 8 biți, nesemnate pe 8 biți, semnate pe 16 biți, nesemnate pe 16 biți,
semnat pe 32 de biți, nesemnat pe 32 de biți, semnat pe 64 de biți, nesemnat pe 64 de biți, flotant
punct 32 de biți, virgulă mobilă 64 de biți

inria Imaginea INRIA

Extensii de fișiere recunoscute: .INR, .inr

Tipuri de elemente acceptate:
semnat 8 biți, nesemnat 8 biți, semnat 16 biți, nesemnat 16 biți, semnat 32
bit, 32 de biți fără semn, virgulă mobilă 32 de biți, virgulă mobilă 64 de biți

mhd MetaIO 3D imagine IO folosind implementarea VTK (experimental).

Extensii de fișiere recunoscute: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipuri de elemente acceptate:
semnat 8 biți, nesemnat 8 biți, semnat 16 biți, nesemnat 16 biți, semnat 32
bit, 32 de biți fără semn, virgulă mobilă 32 de biți, virgulă mobilă 64 de biți

nifti Imagine 1D NIFTI-3 IO

Extensii de fișiere recunoscute: .NII, .nii

Tipuri de elemente acceptate:
semnat 8 biți, nesemnat 8 biți, semnat 16 biți, nesemnat 16 biți, semnat 32
bit, nesemnat pe 32 de biți, semnat pe 64 de biți, fără semn pe 64 de biți, virgulă mobilă 32
bit, virgulă mobilă 64 de biți

vff Format raster VFF Sun

Extensii de fișiere recunoscute: .VFF, .vff

Tipuri de elemente acceptate:
nesemnat pe 8 biți, semnat pe 16 biți

vista Vizualizare 3D

Extensii de fișiere recunoscute: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipuri de elemente acceptate:
date binare, semnate pe 8 biți, nesemnate pe 8 biți, semnate pe 16 biți, nesemnate pe 16 biți,
semnat pe 32 de biți, nesemnat pe 32 de biți, virgulă mobilă 32 de biți, virgulă mobilă 64
pic

VTI Imagine 3D VTK-XML de intrare și de ieșire (experimental).

Extensii de fișiere recunoscute: .VTI, .vti

Tipuri de elemente acceptate:
semnat 8 biți, nesemnat 8 biți, semnat 16 biți, nesemnat 16 biți, semnat 32
bit, 32 de biți fără semn, virgulă mobilă 32 de biți, virgulă mobilă 64 de biți

vtk Moștenire de intrare și de ieșire a imaginii 3D VTK (experimental).

Extensii de fișiere recunoscute: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipuri de elemente acceptate:
date binare, semnate pe 8 biți, nesemnate pe 8 biți, semnate pe 16 biți, nesemnate pe 16 biți,
semnat pe 32 de biți, nesemnat pe 32 de biți, virgulă mobilă 32 de biți, virgulă mobilă 64
pic

EXEMPLU

Înregistrați seria de perfuzie dată în imagini imagesXXXX.v utilizând ICA de 4 clase
estimare. Sari peste doua imagini la inceput, foloseste cel mult 4 fire de inregistrare, un nlopt
optimizator bazat și, altfel, utilizați parametrii impliciti. Păstrați rezultatul în
înregistratăXXXX.v

mia-3dmotioncompica-nonrigid -i images0000.v -o registered%04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt:opt=ld-var1,xtola=0.001,ftolr=0.001,maxiter=300

AUTOR(i)

Gert Wollny

DREPTURI DE AUTOR

Acest software este Copyright (c) 1999‐2015 Leipzig, Germania și Madrid, Spania. Este vorba
FĂRĂ ABSOLUT NU GARANȚIE și o puteți redistribui conform termenilor GNU
LICENȚĂ PUBLICĂ GENERALĂ Versiunea 3 (sau ulterioară). Pentru mai multe informații rulați programul cu
opțiunea „--copyright”.

Utilizați online mia-3dmotioncompica-nonrigid folosind serviciile onworks.net