mincresample - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

mincresample - reeșantionează un fișier minc de-a lungul noilor dimensiuni spațiale

REZUMAT

mincreeșantion [ ]

DESCRIERE

Mincreeșantion va reeșantiona un fișier minc de-a lungul noilor dimensiuni spațiale cu un nou voxel
pozitii. Fiecare volum din fișierul de intrare (date de dimensiunile spațiale xspace, yspace
și zspace) este reeșantionat conform opțiunilor din linia de comandă. Dimensiunile non-spațiale sunt
păstrate în ordinea lor inițială, dar dimensiunile spațiale pot fi reordonate pentru a da
imagini transversale, sagitale sau coronale. Noile valori voxel sunt calculate folosind tri-
interpolare liniară, tri-cubică sau cel mai apropiat vecin.

WORLD COORDONATE

Coordonatele lumii se referă la coordonatele milimetrice relativ la o anumită origine fizică
(fie scanerul, fie o structură anatomică). Coordonatele Voxel sunt pur și simplu
indici în volumul imaginii unui voxel dat. Pentru a preciza adecvat
opțiunile de reeșantionare, este necesar să înțelegeți cum funcționează conversiile de coordonate MINC.

Fiecare dimensiune a unui volum de imagine MINC este specificată prin nume - dimensiunile spațiale sunt
xspace, yspace și zspace. Convenția este că coordonatele xspace pozitive rulează de la
din partea stângă a pacientului spre partea dreaptă, coordonatele pozitive ale spațiului sunt direcționate din partea posterioară a pacientului
la coordonatele zspace anterioare și pozitive merg de la inferior la superior. Pentru fiecare dintre
aceste dimensiuni spațiale, conversia coordonatelor mondiale este specificată de o pereche de
atribute: pas și începe. Coordonata mondială xspace, de exemplu, este calculată folosind x
= v*pas + start, unde x este coordonata mondială x și v este numărul de voxeli (începând de la
zero). Astfel, mărimea atributului step specifică distanța dintre voxeli și
semnul atributului pas specifică orientarea axei.

Există o altă răsturnare: fișierelor MINC li se permite să aibă axe non-ortogonale cu
dimensiuni nealiniate perfect cu axa numită. Poate exista o direcție_cosinus
atribut care dă adevărata orientare a axei. De exemplu, în mod normal, xspace
dimensiunea ar trebui să se alinieze cu axa mondială x, adică. direcția cosinus = (1,0,0); in orice caz,
este posibil să existe un cosinus de direcție de (0.9, 0.43589, 0).

Aceste atribute (step, start și direction_cosinus) oferă o conversie din voxel
coordonate la coordonatele mondiale. Combinat cu un număr de elemente sau mostre de-a lungul unui
axa, ele oferă o descriere completă a locului în care ar trebui să fie eșantionarea de ieșire.
Cu toate acestea, atunci când reeșantionăm datele, suntem adesea interesați de o schimbare a lumii
coordonate: de la sistemul de coordonate al unui scaner RMN la sistemul de coordonate al unui scaner PET,
de exemplu, sau de la un volum din spațiul său de achiziție până la coordonate într-un standard
spaţiu. Această modificare a coordonatelor lumii poate fi specificată prin utilizarea a
fișier de transformare (.xfm). Astfel, în general, reeșantionarea implică trei
transformări: de la coordonatele voxel ale fișierului de intrare la coordonatele mondiale ale acestuia
(specificat de fișierul de intrare), de la coordonatele lumii de intrare până la lumea de ieșire
coordonatele (specificate de fișierul de transformare) și din lumea fișierului de ieșire
coordonatele la coordonatele sale voxel (specificate de opțiunile din linia de comandă).

În general, cosinusurile de direcție sunt rareori utilizate - reorientarea axelor este specificată de a
schimbarea coordonatelor lumii (fișierul de transformare). De asemenea, reeșantionarea pozițiilor
(conversia lumii de ieșire în voxel) sunt adesea specificate în raport cu un fișier model (de ex.
reeșantionați acest fișier, astfel încât să arate ca acel fișier). Deși există multe opțiuni pentru a
specificarea completă a transformării, de obicei nu trebuie să specificați mai multe
decât câteva dintre ele.

OPŢIUNI

Rețineți că opțiunile pot fi specificate sub formă abreviată (atâta timp cât sunt unice) și
poate fi dat oriunde pe linia de comandă.

General Opțiuni

-2 Creați fișiere de ieșire în format MINC 2.0.

- clobber
Suprascrieți un fișier existent.

-noclobber
Nu suprascrieți un fișier existent (implicit).

-verbos
Imprimați informațiile despre progres pentru fiecare felie calculată (implicit).

-Liniște Nu tipăriți informații despre progres.

reeşantionare specificație

Opțiuni care oferă eșantionarea de ieșire (toate următoarele, cu excepția -transformare) sunteți
analizate în ordinea în care apar pe linia de comandă. Astfel o comandă cu -Ca
fişier.mnc -znelemente 34 -zstep 2 va oferi un eșantion ca acesta în fișier în fişier.mnc dar
cu 34 de probe la 2 mm de-a lungul zspace axă. Eșantionarea implicită este preluată din
fișier de intrare, transformat în funcție de orice transformare.

-transformare fișier.xfm
Specificați un fișier care oferă transformarea coordonatelor mondiale (implicit este identitatea
transformare).

-invert_transformation
Inversați transformarea înainte de a o folosi.

-noinvert_transformation
Nu inversați transformarea (implicit).

-tfm_input_sampling
Transformați eșantionarea de intrare (folosind transformarea specificată de -transformare)
împreună cu datele și utilizați aceasta ca eșantionare implicită (implicit).

-use_input_sampling
Utilizați eșantionarea de intrare ca eșantionare implicită, așa cum este, fără transformare, chiar
deși datele sunt în curs de transformare (comportament vechi).

-Ca fişier.mnc
Specificați un fișier model care oferă lumea de ieșire transformării voxelilor și numărului
de elemente (adică transformați acest fișier astfel încât să arate ca acela).

-eșantionare_standard
Setați eșantionarea la valori standard (start = 0, pas = 1, direcția cosinus punct
de-a lungul axelor adecvate).

-tipul spațial şir
Setați numele spațiului de ieșire (de obicei nativ____ or talairach_).

-talairach
Setați numele spațiului de ieșire la talairach_.

-unități şir
Setați unitățile spațiului de ieșire.

-origine ox oy oz
Specificați coordonatele primului voxel. Aceasta nu este aceeași cu valoarea de pornire
dacă cosinusurile direcției nu sunt standard. De asemenea, începutul nu este doar un
proiecție perpendiculară a originii pe axă, este o proiecție paralelă
(ca într-o proiecție paralelogramă multidimensională). Conversia este gestionată
corect prin această opțiune.

-nelemente nx ny nz
Numărul de elemente de-a lungul fiecărei dimensiuni ale lumii.

-xnelements nx
Numărul de elemente de-a lungul dimensiunii xspace.

-ynelements ny
Numărul de elemente de-a lungul dimensiunii yspace.

-znelemente nz
Numărul de elemente de-a lungul dimensiunii zspace.

-Etapa xstep ystep zstep
Treceți între voxeli de-a lungul fiecărei dimensiuni ale lumii.

-xstep xstep
Treceți între voxeli de-a lungul dimensiunii xspace.

-ystep ystep
Treceți între voxeli de-a lungul dimensiunii yspace.

-zstep zstep
Treceți între voxeli de-a lungul dimensiunii zspace.

-start xstart ystart zstart
Poziția centrului primului voxel de-a lungul fiecărei dimensiuni ale lumii.

-xstart xstart
Poziția centrului primului voxel de-a lungul dimensiunii xspace.

-începe ystart
Poziția centrului primului voxel de-a lungul dimensiunii spațiului y.

-zstart zstart
Poziția centrului primului voxel de-a lungul dimensiunii zspace.

-dircos x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Cosinusuri de direcție pentru fiecare dintre axele lumii.

-xdircos x1 x2 x3
Cosinusuri de direcție pentru dimensiunea xspace.

-ydircos y1 y2 y3
Cosinus de direcție pentru dimensiunea spațiului y.

-zdircos z1 z2 z3
Cosinus de direcție pentru dimensiunea zspace.

Dimensiune comanda

Valoarea implicită este păstrarea ordinii originale a dimensiunilor.

-transversal
Scrieți felii transversale.

-sagital
Scrieți feliile sagitale.

-coronal
Scrieți feliile coronale.

producție de date tip și gamă

Valoarea implicită pentru tip, semn și interval valid este de a folosi cele ale fișierului de intrare. Dacă tipul este
specificat, atunci atât semnul, cât și intervalul valid sunt setate la valoarea implicită pentru acel tip. Dacă semnul este
specificat, atunci intervalul valid este setat la valoarea implicită pentru tip și semn.

-octet Stocați voxelii de ieșire în format întreg de 8 biți.

-mic de statura Stocați voxelii de ieșire în format întreg de 16 biți.

-int Stocați voxelii de ieșire în format întreg de 32 biți.

-lung Inlocuit de -int.

-pluti Stocați voxelii de ieșire în format de virgulă mobilă pe 32 de biți.

-dubla
Stocați voxelii de ieșire în format de virgulă mobilă pe 64 de biți.

-semnat
Scrieți valorile ca numere întregi cu semn (implicit pentru scurt și lung). Ignorat pentru
tipuri de virgulă mobilă.

-nesemnat
Scrieți valorile ca numere întregi fără semn (implicit pentru octet). Ignorat pentru plutire
tipuri de puncte.

-gamă minute max
specifică intervalul valid de valori ale voxelului de ieșire. Implicit este intervalul complet pentru
tastează și semnează. Această opțiune este ignorată pentru valorile în virgulă mobilă.

-keep_real_range
Păstrați minimul și maximul real din volumul de intrare, astfel încât valorile să fie
scalat în același mod la ieșire. Acest lucru este util în special pentru reeșantionarea etichetei
volume în care interpolarea valorilor de intensitate nu are sens.

-nokeep_real_range
Recalculați minimul și maximul real pentru fiecare secțiune de ieșire. Aceasta este valoarea implicită.

Manipularea of nedefinit (invalid) voxel Valorile

-completati Voxelii de ieșire care se încadrează în afara volumului de intrare au valori nedefinite. Cand
-completati este utilizată opțiunea, acestor voxeli li se dă o valoare care este în afara valorii valide
raza de acțiune (mai mică decât minimul valabil, dacă tipul, semnul și raza valabilă permit) deci
că acestea pot fi detectate de alt software. Valorile acestor voxeli nu sunt
inclus în imagine-max și imagine-min variabile.

- fără umplere
Utilizați o valoare reală/fizică (nu valoarea voxelului) de zero pentru punctele din afara intrării
volum. Aceste puncte sunt incluse în calculul imagine-max și imagine-min
variabile. Aceasta este valoarea implicită.

-valoare de umplere valoare de umplere
Specifică o valoare reală/fizică (nu o valoare voxel) pentru punctele din afara intrării
volum. Punctele nu sunt incluse în calculul imagine-max și imagine-
minute variabile.

Interpolare Opțiuni

-triliniar
Faceți o interpolare tri-liniară între voxeli. Marginile volumului sunt la
centrul primului și ultimului voxel al unei dimensiuni. Aceasta este valoarea implicită.

-tricubic
Faceți o interpolare tri-cubică între voxeli. Marginile volumului sunt la
centrul primului și ultimului voxel al unei dimensiuni.

-cel mai apropiat_vecin
Efectuați interpolarea celui mai apropiat vecin între voxeli (adică găsiți voxelul cel mai apropiat de
punctul și folosiți-i valoarea). Marginile volumului sunt la marginea primului
și ultimii voxeli ai unei dimensiuni (centru +/- jumătate de separare a voxelilor).

-sinc Efectuați interpolare renormalizată cu fereastră-sinc între voxeli, așa cum este descris de Thacker
et al. JMRI 10:582-588 (1999).

-lăţime n
Specifică jumătate de lățime a nucleului de interpolare sinc, în intervalul de la 1 la
10. Lățimea completă a nucleului sinc este n * 2 + 1 și, prin urmare, variază de la 3 la 21.
Valoarea implicită este 5, dând o lățime completă de 11.

- Hanning
Utilizați o fereastră Hanning cu interpolantul sinc. Aceasta este valoarea implicită.

-hamming
Utilizați o fereastră Hamming cu interpolantul sinc.

General Opțiuni

-Ajutor Imprimați rezumatul opțiunilor din linia de comandă și ieșiți.

-versiune
Tipăriți numărul versiunii programului și ieșiți.

EXEMPLE

Reeșantionați creierul unui individ într-un spațiu standardizat pe o grilă de eșantionare standard:

mincresample individual.mnc in_std_space.mnc \
-transform transform_to_standard_space.xfm \
-ca standard_sampling.mnc

Reeșantionați un volum RMN pentru a fi asortat cu un volum PET, dar cu o rezoluție mai fină:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transform mri_to_pet.xfm -like pet.mnc \
-pasul 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-nelemente 256 256 64

Transformați un volum transversal într-un volum sagital:

mincresample transversal.mnc sagital.mnc \
-sagital -cel mai apropiat

Transformați un volum transversal de 256x256x64 (1x1x2mm) în volum sagital de 256x128x256 (1x1x1mm):

mincresample transversal.mnc sagital.mnc -sagittal \
-zpasul 1 -znelem 128

Obțineți o prelevare axială mai fină pe un volum PET:

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zpasul 2 -znelementele 46

Utilizați mincresample online folosind serviciile onworks.net