miraconvert - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

miraconvert - convertiți tipurile de fișiere de asamblare și secvențiere

REZUMAT

miraconvert [-f ] [-t [-t ...]] [-aAChimMsuZ]
[-cflnNoPqrtvxXyYz {...}] {infile} {outfile} [ ...]

OPŢIUNI

-f
încărcați acest tip de fișiere de proiect, unde fromtype este:

CAF un ansamblu complet sau secvențe individuale de la CAF

MAF un ansamblu complet sau secvențe individuale de la CAF

fasta secvențe dintr-un fișier FASTA

rapidq secvențe dintr-un fișier FASTQ

gb[f|k|ff] secvențe dintr-un fișier GenBank

PhD secvențe dintr-un fișier PHD

fofnexp secvențe în fișierele EXP din fișierul cu nume de fișiere

-t
scrieți secvențele/ansamblul de acest tip (mențiuni multiple de -t sunt permise):

as secvențe sau asamblare completă la ACE

CAF secvențe sau asamblare completă la CAF

MAF secvențe sau asamblare completă la MAF

sam montaj complet la SAM

samnbb ca mai sus, dar lăsând deoparte referința (coloana vertebrală) în ansamblurile de cartografiere

gb[f|k|ff] secvențe sau consens la GenBank

gff3 consens cu GFF3

perucă informații despre acoperirea asamblarii pentru a schimba fișierul

gcwig informații despre conținutul gc de asamblare pentru a schimba fișierul

fasta secvențe sau consens la fișierul FASTA (calități la .qual)

rapidq secvențe sau consens la fișierul FASTQ

exp secvențe sau asamblare completă în fișierele EXP din directoare. Ansambluri complete
sunt potrivite pentru importul gap4 ca asamblare direcționată. Notă: utilizând caf2gap pentru a importa
se recomandă totuși în gap4

a) Sport and Nutrition Awareness Day in Manasia Around XNUMX people from the rural commune Manasia have participated in a sports and healthy nutrition oriented activity in one of the community’s sports ready yards. This activity was meant to gather, mainly, middle-aged people from a Romanian rural community and teach them about the benefits that sports have on both their mental and physical health and on how sporting activities can be used to bring people from a community closer together. Three trainers were made available for this event, so that the participants would get the best possible experience physically and so that they could have the best access possible to correct information and good sports/nutrition practices. b) Sports Awareness Day in Poiana Țapului A group of young participants have taken part in sporting activities meant to teach them about sporting conduct, fairplay, and safe physical activities. The day culminated with a football match. asamblarea completă la alinierea textului (doar când -f is CAF, MAF or gbf)

html asamblare completă în HTML (doar când -f is CAF, MAF or gbf)

tcs montaj complet la tcs

hsnp înconjurarea etichetelor SNP (SROc, SAOc, SIOc) în HTML (doar când -f is CAF, MAF
or gbf)

asnp analiza etichetelor SNP (doar când -f is CAF, MAF or gbf)

cstats fișier de statistici contig ca de la MIRA (doar când sursa conține contigs)

crlist contig citiți fișierul listă ca de la MIRA (numai când sursa conține contigs)

maskedfasta citește unde vectorul de secvențiere este mascat (cu X) în fișierul FASTA
(calități la .qual)

scaf secvențe sau asamblare completă la secvențe individuale CAF

-a Adăugați la fișierele țintă în loc să rescrieți

-A Nu ajustați cazul secvenței

Când citiți formate care definesc punctele de tăiere și salvați în formate care o fac
nu au informații de tăiere, miraconvert ajustează în mod normal cazul citirii
secvențe: minuscule pentru părțile tăiate, majuscule pentru părțile nedecupate ale citirilor.
Utilizare -A daca nu vrei asta. Vezi si -C.

Se aplică numai fișierelor/formatelor care nu conțin contigs.

-b Date oarbe

Înlocuiește toate bazele din reads/contigs cu un „c”

-C Efectuați un clip dur pentru citiri

Când citiți formatele care definesc punctele de tăiere, se vor salva numai cele decuplate
parte în fișierul rezultat.

Se aplică numai fișierelor/formatelor care nu conțin contigs.

-d Ștergeți numai coloanele cu goluri

Când rezultatul este contigs: ștergeți coloanele care sunt în întregime goluri (cum ar fi după ce au
citirile șterse în timpul editării în gap4 sau similar)

Când rezultatul este citit: ștergeți golurile în citiri

-F Filtrați grupurile de citire în fișiere diferite

Funcționează numai pentru fișierele de intrare cu grupuri de citire (CAF/MAF) 3 (sau 4) fișiere generate: unul
sau două pentru pereche, unul pentru nepereche și unul pentru rămășițe.

Citirile din fișierul împerecheat sunt întrețesute în mod implicit, utilizați -F de două ori pentru a crea separat
fișiere.

-m Faceți contigs (doar pentru -t = CAF or MAF)

Includeți citirile unice ca singlete contig în fișierul CAF/MAF.

-n
când este dat, selectează numai citirile sau contig-urile date după nume în acel fișier.

-N
ca -n, dar sortează ieșirea în funcție de ordinea dată în fișier.

-i cand -n este utilizat, inversează selecția

-o t
Offset de calitate FASTQ (numai pentru -f = 'rapidq')

Compensarea valorilor de calitate în fișierul FASTQ. Implicit de 33 de încărcări stilul Sanger/Phred
fișiere, folosind 0 încercări de a recunoaște automat.

-P
Șir cu parametri MIRA de analizat

Util atunci când setați parametrii care afectează apelurile de consens -CO:mrpg etc.

De exemplu: -P „454_SETĂRI -CO:mrpg=3"

-q
Setați calitatea implicită pentru bazele în tipuri de fișiere fără valori de calitate. În plus, fă
nu se oprește dacă lipsesc fișierele de calitate așteptată (de exemplu, „.fasta”)

-R
Redenumiți contigs/singlets/reads cu șirul de nume dat la care se află un contor
anexat.

Eroare cunoscută: va crea nume duplicate dacă intrarea conține și contigs/singlet-uri
ca citiri gratuite, adică citește nu în contigs sau singlets.

-S
(nume)Schemă pentru redenumirea citirilor, importantă pentru capete perechi. Doar „solexa” este
suportate în prezent.

-T Când convertiți citirile individuale, tăiați/decupați porțiunile N și X și capetele
citeste. Notă: nu uitați să utilizați -C pentru a efectua, de asemenea, un clip dur (de exemplu, cu FASTA ca
ieșire).

-v Tipăriți numărul versiunii și ieșiți

-Y
Randament. Baze maxime (decupate/căptușite) de convertit.

Când este utilizat pe citiri: ieșirea va conține primele citiri ale fișierului unde lungimea tăiată
bazele totalizează cel puțin -Y. Când este utilizat pe contigs: ieșirea va conține primele contigs
de fișier în care lungimea contig-urilor căptușite este de cel puțin -Y.

Următoarele comutatoare funcționează numai atunci când intrarea (CAF sau MAF) conține contigs. Atenție: CAF și
MAf poate conține, de asemenea, doar citiri.

-M Nu extrage contig-uri (sau consensul lor), ci secvența citirilor care sunt
compus din.

-r [cCqf]
Recalculați valorile calității consensului și/sau consensului și/sau etichetelor caracteristice SNP.

'cRecalcul calităților contra și contra (cu IUPAC)

'C' recalcul calităților contra și contra (forțarea non-IUPAC)

'q' recalculează numai calitățile consensului

'frecalculează caracteristicile SNP

Notă: doar ultimul dintre cCq este relevant, f funcționează ca un comutator și poate fi combinat
cu cQq (de exemplu "-r C -r f")

Notă: dacă CAF/MAF conține mai multe tulpini, recalcularea contra și contra
calitățile este forțată, poți doar să influențezi dacă IUPAC-urile sunt folosite sau nu.

-s împărțiți rezultatul în mai multe fișiere în loc să creați un singur fișier

-u „Umplerea genomilor tulpinii”

Umpleți găurile din genomul unei tulpini (N sau @) cu secvența dintr-un consens de
alte tulpini

Are efect numai cu -r și -t gbf sau fasta/q în FASTA/Q: bazele umplute sunt în
litere mici în GBF: bazele umplute sunt cu litere mari

-Q
Definește calitatea minimă pe care trebuie să o aibă o bază de consens a unei tulpini, baze de consens
sub aceasta va fi „N” Implicit: 0

Folosit doar cu -r, și -f este caf/maf și -t este (fasta sau gbf)

-V
Definește acoperirea minimă pe care trebuie să o aibă o bază de consens a unei tulpini, baze cu
acoperirea sub aceasta va fi „N” Implicit: 0

Folosit doar cu -r, și -t este (fasta sau gbf)

-x
Lungime minimă de citire contig sau nedecupată

La încărcare, aruncați toate contig-urile / citirile cu o lungime mai mică decât această valoare.
Implicit: 0 (= oprit)

Notă: nu se aplică citirilor în contigs!

-X
similar -x dar se aplică numai citirilor și apoi lungimii tăiate.

-y
Acoperire medie minimă contig La încărcare, aruncați toate contig-urile cu o medie
acoperire mai mică decât această valoare. Implicit: 1

-z
Numărul minim de citiri în contig La încărcare, eliminați toate contig-urile cu un număr
de citiri mai mici decât această valoare. Implicit: 0 (= oprit)

-l
la ieşire ca text sau HTML: numărul de baze afişat într-o linie de aliniere. Mod implicit:
60.

-c
când se iese ca text sau HTML: caracter folosit pentru a completa spațiile de capăt. Implicit: ' ' (gol)

EXEMPLE

miraconvert source.maf dest.sam

miraconvert source.caf dest.fasta wig ace

miraconvert -x 2000 -y 10 source.caf dest.caf

miraconvert -x 40 -C -F -F source.maf .fastq

miraconvert: Lipsesc infile și out-basename ca argumente!

Utilizați miraconvert online folosind serviciile onworks.net