mkdssp - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

mkdssp - Calculați structura secundară pentru proteine ​​într-un fișier PDB

REZUMAT

mkdssp [OPȚIUNE] pdbfile [dsspfile]

DESCRIERE

mkdssp programul a fost conceput inițial de Wolfgang Kabsch și Chris Sander pentru
standardizați atribuirea structurii secundare. DSSP este o bază de date cu structură secundară
sarcini (și multe altele) pentru toate intrările de proteine ​​din Banca de date de proteine ​​(PDB) și
mkdssp este aplicația care calculează intrările DSSP din intrările PDB. Vă rugăm să rețineți
acea mkdssp face nu prezice structura secundara.

OPŢIUNI

Dacă invoci mkdssp cu un singur parametru, acesta va fi interpretat ca fișier PDB către
procesul și ieșirea vor fi trimise la stdout. Dacă este specificat un al doilea parametru, acesta este
interpretat ca numele fișierului DSSP de creat. Atât fișierul de intrare, cât și fișierul de ieșire
numele pot avea ca extensie fie .gz, fie .bz2, rezultând o compresie adecvată.

-i, --intrare nume de fișier
Numele fișierului a PPB fișier formatat care conține datele structurii proteinei. Acest
fișierul poate fi un fișier comprimat de gzip sau bzip2.

-o, --ieșire nume de fișier
Numele fișierului a DSSP fișier de creat. Dacă numele fișierului se termină în .gz sau .bz2 a
este creat fișierul comprimat.

-v, --verbos
Scrieți informațiile de diagnostic.

--versiune
Tipăriți numărul versiunii și ieșiți.

-h, --Ajutor
Imprimați mesajul de ajutor și ieșiți. Directorul care conține scripturile de analiză pentru
doamna.

TEORIE

Programul DSSP funcționează prin calcularea celei mai probabile atribuiri de structură secundară dată
structura 3D a unei proteine. Face acest lucru citind poziția atomilor în a
proteină (înregistrările ATOM într-un fișier PDB) urmate de calculul energiei legăturii H
intre toti atomii. Cele mai bune două legături H pentru fiecare atom sunt apoi folosite pentru a determina cel mai mult
clasă probabilă de structură secundară pentru fiecare reziduu din proteină.

Aceasta înseamnă că trebuie să aveți o structură 3D completă și validă pentru ca o proteină să poată face acest lucru
calculați structura secundară. Nu există magie în DSSP, deci, de exemplu, nu poate ghici
structură secundară pentru o proteină mutantă pentru care nu aveți structura 3D.

DSSP FILE FORMAT

Partea antet a fiecărui fișier DSSP se explică de la sine, conține o parte din informații
copiat din fișierul PDB și există unele statistici adunate în timpul calculării
structura secundara.

A doua jumătate a fișierului conține informațiile calculate privind structura secundară per
reziduu. Ceea ce urmează este o scurtă explicație pentru fiecare coloană.

Coloană Nume si Prenume Descriere
────────────────────────────────────────────────── ────────────────────────────────────────────
# Numărul de reziduuri calculat de mkdssp
RESIDUE Numărul reziduului specificat de fișierul PDB
urmat de un identificator de lanț.

AA Codul cu o singură literă pentru aminoacid. Dacă aceasta
litera este minusculă, ceea ce înseamnă că aceasta este a
cisteină care formează o punte de sulf cu
alt aminoacid din această coloană cu același
litera mica.
STRUCTURA Aceasta este o coloană complexă care conține mai multe sub
coloane. Prima coloană conține o literă
indicând structura secundară atribuită
acest reziduu. Valorile valide sunt:
Cod Descriere
H Alpha Helix
Podul B Beta
E Strand
G Helix-3
I Helix-5
T Turn
S Bend
Ceea ce urmează sunt trei coloane indicând pentru
fiecare dintre cele trei tipuri de helix (3, 4 și 5)
dacă acest reziduu este candidat la formare
acest helix. A > caracterul indică că începe a
helix, un număr indică că se află în interiorul unui astfel de
helix și a < caracterul înseamnă că termină helixul.
Următoarea coloană conține un caracter S dacă aceasta
reziduul este o posibilă îndoire.
Apoi există o coloană care indică chiralitatea
iar acest lucru poate fi fie pozitiv, fie negativ
(adică torsiunea alfa este fie pozitivă, fie
negativ).
Ultimele două coloane conțin etichete bridge beta.
Literă mică înseamnă aici punte paralelă și astfel
literă mare înseamnă anti paralelă.
BP1 și BP2 Candidatul pentru prima și a doua pereche de punte, acesta
este urmată de o scrisoare care indică foaia.
ACC Accesibilitatea acestui reziduu, acesta este
suprafata exprimata in patrat Ångstrom care
poate fi accesat de o moleculă de apă.
NH-->O..O-->HN Patru coloane, ele dau pentru fiecare reziduu
Energia legăturii H cu un alt reziduu unde
reziduul curent este fie acceptor, fie donor.
Fiecare coloană conține două numere, primul este
un decalaj de la reziduul curent la
reziduu partener în această legătură H (în DSSP
numerotare), al doilea număr este cel calculat
energie pentru această legătură H.
TCO Cosinusul unghiului dintre C=O al
reziduul curent și C=O al reziduului anterior. Pentru
elice alfa, TCO este aproape de +1, pentru foile beta
TCO este aproape de -1. Nu este folosit pentru structura
definiție.
Kappa Unghiul virtual de legătură (unghiul de îndoire) definit de
cei trei atomi C-alfa ai curentului de reziduuri
- 2, curent și curent + 2. Folosit pentru a defini
îndoire (codul structurii „S”).
Unghiurile de torsiune ale coloanei vertebrale ale peptidei PHI și PSI IUPAC.
X-CA, Y-CA și Z-CA Coordonatele C-alfa

ISTORIE

Aplicația originală DSSP a fost scrisă de Wolfgang Kabsch și Chris Sander în Pascal.
Această versiune este o rescrie completă în C++ bazată pe codul sursă original. Câteva bug-uri
au fost remediate de atunci, iar algoritmii au fost modificați ici și colo.

TOATE

Codul are nevoie disperată de o actualizare. Primul lucru care trebuie implementat este
recunoaștere îmbunătățită a elicelor pi. O a doua îmbunătățire ar fi utilizarea dependentă de unghi
Calcul energiei legăturii H.

Utilizați mkdssp online folosind serviciile onworks.net