Aceasta este comanda NAST-iEr care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
nast-ier - instrument de aliniere a ADN-ului bazat pe NAST
DESCRIERE
Utilitarul de aliniere NAST-iEr aliniază o singură secvență de nucleotide brute față de una sau mai multe
Secvențe formatate NAST.
Algoritmul de aliniere implică alinierea profilului de programare dinamică globală la fix
(formatat NAST) multiplică secvențele de șabloane aliniate fără nicio penalizare de la capăt.
NAST-iEr face parte din suita microbiomeutil.
OPŢIUNI
Necesar:
--query_FASTA
bază de date de interogări în format FASTA (seqs to NAST-align)
Opțional: (dacă nu implicite sunt nu a stabilit!)
--db_NAST
baza de date de referință în format NAST (implicit:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)
--db_FASTA
baza de date de referință în format FASTA (implicit:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)
--num_top_hits
numărul de accesări de top de utilizat pentru alinierea profilului (implicit: 10)
--Evaluează
Limita de evaluare pentru hit-uri de top (implicit: 1e-50)
Utilizați NAST-iEr online folosind serviciile onworks.net
