Aceasta este comanda primer3_core care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
primer3_core - Proiectează primeri pentru PCR
REZUMAT
primer3_core [-format_output] [-strict_tags] [ fișier de intrare]
DESCRIERE
primer3_core alege primeri pentru reacțiile PCR, luând în considerare ca criteriu oligonucleotid
temperatura de topire, dimensiunea, conținutul GC și posibilitățile de primer-dimer, dimensiunea produsului PCR,
constrângeri de poziție în secvența sursă și alte constrângeri diverse.
În mod implicit, primer3_core acceptă intrare și produce rezultate în format Boulder-io, un pre-XML
format de intrare/ieșire bazat pe text pentru formatul de schimb de date de la program la program. The
Formatul Boulder-io și comenzile pe care primer3_core le înțelege sunt descrise în
README fișier, care pe sistemele Debian poate fi găsit în /usr/share/doc/primer3/.
OPŢIUNI
-format_output
Tipărește un raport mai orientat spre utilizator pentru fiecare secvență.
-strict_tags
primer3_core ecou și ignoră orice etichetă pe care nu le recunoaște, cu excepția cazului în care
-strict_tags flag este setat pe linia de comandă, caz în care primer3_core imprimă un
eroare în eticheta de ieșire PRIMER_ERROR și imprimă informații suplimentare pe stdout;
această opțiune poate fi utilă pentru sistemele de depanare care încorporează primer.
notițe
Vechiul steag -2x_compat nu mai este acceptat.
EXIT STAREA CODURI
· 0 la funcţionare normală.
· -1 în următoarele condiții: argumente ilegale de linie de comandă, imposibil de a fi descărcate
stdout, nu se poate deschide (pentru scriere și creare) un fișier .for, .rev sau .int (probabil
din cauza unei probleme de protecție).
· -2 la lipsa memoriei.
· -3 intrare goală.
· Eroare -4 într-o etichetă de intrare „Global” (mesaj în PRIMER_ERROR).
REFERINȚE
Vă rugăm să citați Rozen, S., Skaletsky, H. „Primer3 pe WWW pentru utilizatorii generali și pentru
programatori biologi." În S. Krawetz și S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
Protocoale din seria Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
pagini 365-386.
Utilizați primer3_core online folosind serviciile onworks.net
