Aceasta este comanda proalign care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
proalign - un program probabilist de aliniere multiplă
REZUMAT
proalign [OPȚIUNI]
DESCRIERE
Numai utilizarea limitată a programului este posibilă din linia de comandă. Utilizați mai bine versiunea cu
GUI (porniți fără OPȚIUNI).
OPŢIUNI
-nogui forță linia de comandă
-seqfile= dosar>
-treefile= dosar>
- arbore nou
calculați un nou arbore de ghidare
-probă
cale de urmărire a probei; daca nu se da, se alege Viterbi
-delta= delta> or -delta=estimare
dacă nu este dat, implicit este utilizat
-epsilon= epsilon> or -epsilon=estimare
dacă nu este dat, implicit este utilizat
-gapfreq= frecventa>
dacă nu este dat, implicit este utilizat
-gapprob= substituție probabilitate>
dacă nu este dat, implicit este utilizat
-bwidth= trupa latime>
dacă nu este dat, implicit este utilizat
-distscale= scară factor>
pentru lungimi de ramuri
- nicio corecție
nicio corecție pentru distanțele pe perechi la calculul arborelui ghid
-netrailing
nici o corecție a secvenței de sfârșit
-trailing= secvenţă corecţie lungime>
pentru capete lipsă
-penalize=adevarat, or =fals
penalizați golurile de capăt pe aliniamentele perechi pentru arborele de ghidare
-writemean
scrie probabilitatea posterioară medie a site-urilor
- scrie tot
scrie probabilitatea posterioară a fiecărui nod
-writeroot
scrieți probabilitățile caracterelor nodului rădăcină
- bataie utilizați tabelul de probabilitate WAG
-dayhoff
utilizați tabelul de probabilitate Dayhoff
-jtt utilizați tabelul de probabilitate JTT
-outfile= dosar>
-outformat=pir, -outformat=msf, -outformat=phylip, or -outformat=nexus
format de iesire
-Liniște nici un jurnal
Utilizați proalign online folosind serviciile onworks.net
