Aceasta este comanda risipitoare care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
program de găsire a genelor risipitoare - microbiene (bacteriene și arheale).
REZUMAT
risipitor [-a trans_file] [-c] [-d nuc_file] [-f tip_ieșire] [-g tr_table] [-h] [-i
fişier_intrare] [-m] [-n] [-o fişier_ieşire] [mod -p] [-q] [-s fişier_pornire] [-t fişier_întâmpinare]
[-v]
DESCRIERE
Prodigal (Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm) este un microbian (bacterian
și arheale) program de găsire a genelor dezvoltat la Laboratorul Național Oak Ridge și
Universitatea din Tennessee.
OPŢIUNI
-a: scrieți traduceri de proteine în fișierul selectat.
-c: capete închise. Nu permiteți genelor să curgă de pe margini.
-d: scrieți secvențele de nucleotide ale genelor în fișierul selectat.
-f: Selectați formatul de ieșire (gbk, gff sau sco). Implicit este gbk.
-g: Specificați un tabel de traducere de utilizat (implicit 11).
-h: Imprimați meniul de ajutor și ieșiți.
-i: Specificați fișierul de intrare (citește implicit din stdin).
-m: Tratați secțiunile de n ca secvențe mascate și nu construiți gene peste ele.
-n: Ocoliți antrenorul Shine-Dalgarno și forțați programul să scaneze pentru motive.
-o: Specificați fișierul de ieșire (scrie implicit în stdout).
-p: Selectați procedura (single sau meta). Implicit este single.
-q: rulează în liniște (suprimă ieșirea stderr normală).
-s: scrieți toate genele potențiale (cu scoruri) în fișierul selectat.
-t: Scrieți un fișier de antrenament (dacă nu există); în caz contrar, citiți și utilizați cele specificate
dosar de antrenament.
-v: Tipăriți numărul versiunii și ieșiți.
Utilizați Prodigal online folosind serviciile onworks.net
