prof - Online în Cloud

PROGRAM:

NUME

prof - structura secundară și predictor de accesibilitate la solvent

REZUMAT

prof [FIȘIER DE INTRARE+] [OPȚIUNI]

DESCRIERE

Structura secundară este prezisă de un sistem de evaluare a rețelelor neuronale la un nivel așteptat
precizie medie > 72% pentru cele trei stări helix, fir și buclă (Rost & Sander, PNAS,
1993, 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; și Rost & Sander,
Proteine, 1994, 19, 55-72; evaluarea preciziei). Evaluat pe același set de date,
PROFsec este evaluat cu zece puncte procentuale mai mare precizie în trei stări decât metodele utilizate
numai informații dintr-o singură secvență și cu mai mult de șase puncte procentuale mai mult decât,
de exemplu, o metodă care utilizează informații de aliniere bazate pe statistici (Levin, Pascarella, Argos și
Garnier, Prot. Engng., 6, 849-54, 1993). Predicțiile PHDsec au trei caracteristici principale:

1. acuratețe îmbunătățită prin informații evolutive din aliniamente secvențe multiple
2. Predicție îmbunătățită a componentei beta printr-o procedură de antrenament echilibrată
3. predicție mai precisă a segmentelor structurii secundare prin utilizarea unui sistem multi-nivel

Accesibilitatea la solvenți este prezisă de o evaluare a metodei rețelei neuronale la o corelație
coeficient (corelația dintre solventul relativ observat experimental și prezis
accesibilitate) de 0.54 validat încrucișat pe un set de 238 de proteine ​​globulare (Rost & Sander,
Proteine, 1994, 20, 216-226; evaluarea preciziei). Ieșirea rețelei neuronale
coduri pentru 10 stări de accesibilitate relativă. Exprimat în unități ale diferenței
între predicția prin modelare de omologie (cea mai bună metodă) și predicția la întâmplare (cel mai rău
metoda), PROFacc este cu aproximativ 26 de puncte procentuale superior unei rețele neuronale comparabile
folosind trei stări de ieșire (îngropat, intermediar, expus) și fără informații de la
aliniamente multiple.

Helicele transmembranare din proteinele membranare integrale sunt prezise de un sistem de neuroni
retelelor. Deficiența sistemului de rețea este că adesea elice sunt prea lungi
prezis. Acestea sunt tăiate de un filtru empiric. Predicția finală (Rost și colab.,
Protein Science, 1995, 4, 521-533; evaluarea acurateței) are un per-reziduu așteptat
precizie de aproximativ 95%. Numărul de fals pozitive, adică elice transmembranare
prezisă în proteinele globulare, este de aproximativ 2%. Predicția rețelei neuronale a
elice transmembranare (PHDhtm) este rafinată printr-un algoritm de programare dinamică. Acest
metoda a dus la predicții corecte ale tuturor elicelor transmembranare pentru 89% din cele 131
proteine ​​utilizate într-un test de validare încrucișată; mai mult de 98% din elicele transmembranare au fost
corect prezis. Ieșirea acestei metode este folosită pentru a prezice topologia, adică
orientarea termenului N față de membrană. Precizia așteptată a
predicția topologiei este > 86%. Precizia predicției este mai mare decât media pentru eucariote
proteine ​​și mai mici decât media pentru procariote. PHDtopologia este mai precisă decât toate
alte metode testate pe seturi de date identice.

Dacă nu există opțiune de fișier de ieșire (cum ar fi --fileRdb or --fileOut) primește formatul RDB
ieșirea este scrisă în ./INPUTFILENAME.prof unde „prof” înlocuiește extensia
fișier de intrare. În lipsa extensiei, „.prof” este atașat la numele fișierului de intrare.

producție format
Formatul RDB este auto-adnotat, vezi exemple de ieșiri în /share/profphd/prof/exa.

REFERINȚE

Rost, B. şi Sander, C. (1994a). Combinarea informațiilor evolutive și a rețelelor neuronale pentru a
prezice structura secundară a proteinei. proteine, 19(1), 55-72.
Rost, B. şi Sander, C. (1994b). Conservarea și predicția accesibilității solvenților în
familii de proteine. proteine, 20(3), 216-26.
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P. și Sander, C. (1995). Elice transmembranare
prezis cu o precizie de 95%. Proteine ​​Sci, 4(3), 521-33.

OPŢIUNI

Consultați fiecare cuvânt cheie pentru mai mult ajutor. Cele mai multe dintre acestea sunt probabil rupte.

un model de conectivitate alternativ (implicit=3)

3 prezice sec + acc + htm

acc prezice doar accesibilitatea solventului

ali adăuga aliniere la fișierele de ieșire PROF „lizibile de către om”

arc
arhitectura sistemului (de exemplu: SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

ascii
scrieți fișiere de ieșire PROF „lizibile de către om”

Cel mai bun
PROF cu cea mai bună acuratețe și cel mai lung timp de rulare

atât
prezice structura secundară și accesibilitatea la solvenți

de date
date= pentru HTML out: doar acele părți ale predicțiilor scrise

depana
păstrați majoritatea fișierelor intermediare, tipăriți mesajele de depanare

dirWork
director de lucru, implicit: un director temporar din File::Temp::tempdir. Trebuie să fie pe deplin
cale calificată.

Cunoscut de lucru.

doEval
Evaluare DO pentru listă (numai pentru structuri și liste cunoscute)

doFilterHssp
filtrați fișierul HSSP de intrare (excluzând unele perechi)

doHtmfil
Filtrați predicția membranei (implicit)

doHtmisit
Verificați puterea helixului membranei prezis (implicit)

doHtmref
Rafinați predicția membranei (implicit)

doHtmtop
Topologia helix membranei DO (implicit)

dssp
converti PROF în format DSSP

extinde
extindeți inserțiile la conversia ieșirii în format MSF

rapid
PROF cu cea mai mică precizie și cea mai mare viteză

fileCasp
numele ieșirii PROF în format CASP (fișier.caspProf)

fişierDssp
numele ieșirii PROF în format DSSP (fișier.dsspProf)

fileHtml
numele ieșirii PROF în format HTML (fișier.htmlProf)

fişierMsf
numele ieșirii PROF în format MSF (fișier.msfProf)

fileNotHtm
numele fișierului care indică faptul că nu a fost găsită nicio spirală de membrană

fileOut
numele ieșirii PROF în format RDB (fișier.rdbProf)

Cunoscut de lucru.

dosarProf
numele ieșirii PROF în format care poate fi citit de om (fișier.prof)

Spart.

fișierRdb
numele ieșirii PROF în format RDB (fișier.rdbProf)

Cunoscut de lucru.

fileSaf
numele ieșirii PROF în format SAF (fișier.safProf)

filtru
filtrați fișierul HSSP de intrare (excluzând unele perechi)

bine
PROF cu precizie bună și viteză moderată

grafic
adăugați un grafic ASCII la fișierele de ieșire PROF „lizibile de către om”

htm folosește: 'htm= ' oferă un helix transmembranar minim detectat implicit este 'htm=0'
(resp. htm=0.8) numere mai mici mai multe false pozitive și mai puține false negative!

argument html
„hmtl” sau „html= „ scrie formatul HTML al predicției „html” va avea ca rezultat
că rezultatul PROF este convertit în HTML „html=body” restricționează fișierul HTML la
Partea etichetei HTML_BODY „html=head” restricționează fișierul HTML la partea etichetei HTML_HEADER
„html=all” oferă atât HEADER, cât și BODY

keepConv
păstrați conversia fișierului de intrare în format HSSP

argument keepFilter
<*|doKeepFilter=1> păstrați fișierul HSSP filtrat

păstrează argumentul Hssp
<*|doKeepHssp=1> păstrați fișierul HSSP intermediar

argumentul keepNetDb
<*|doKeepNetDb=1> păstrați fișierele intermediare DbNet

argument de listă
<*|isList=1> fișierul de intrare este o listă de fișiere

msf convertește PROF în format MSF

frumos
dați „nice-D” pentru a seta valoarea (prioritatea) plăcută a jobului

noProfHead
NU copiați fișierul cu tabele în directorul local

noSearch
prescurtare pentru doSearchFile=0, adică nu se caută fișiere DB

noascii
surpress scrierea fișierelor rezultate ASCII (adică citibile de om).

nohtml
surpress scrierea fișierelor rezultate HTML

nonice
jobul nu va fi frumos, adică nu rulează cu prioritate mai mică

notEval
NU verificați acuratețea chiar și atunci când sunt cunoscute structuri

nuHtmfil
NU filtrați predicția membranei

nuHtmisit
NU verificați dacă elica membranei este suficient de puternică sau nu

notHtmref
NU rafinați predicția membranei

nuHtmtop
NU topologia helix membranară

nresPerLineAli
Numărul de caractere utilizate pentru fișierul MSF. Implicit: 50.

numereMin
Număr minim de reziduuri pentru a rula rețeaua, altfel prd=symbolPrdShort. Implicit: 9.

optJury
Adaugă doctoratul în juriu. Implicit: `normal,usePHD'.

Mulți alți parametri modifică implicit pentru acesta ca efect secundar, lista este
nu este cuprinzător:

phd, nophd, /^para(3|Both|Sec|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct

para3
Fișier de parametri pentru sec+acc+htm. Implicit: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraAcc
Fișier de parametri pentru acc. Implicit: ` /net/PROFacc_best.par'.

paraAmbele
Fișier de parametri pentru sec+acc. Implicit: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraSec
Fișier de parametri pentru sec. Implicit: ` /net/PROFsec_best.par'.

riSubAcc
Indicele minim de fiabilitate (RI) pentru subsetul PROFacc. Implicit: 4.

riSubSec
Indicele minim de fiabilitate (RI) pentru subsetul PROFsec. Implicit: 5.

riSubSym
Simbol pentru reziduuri prezise cu RI < riSubSec/Acc. Implicit: `.'.

ocolire
probleme, manual, indicii, notație, txt, cunoscut, DONE, Data, data, aa, Lhssp, numaa,
cod

saf convertește PROF în format SAF

scrAddHelp
scrGoal
comutarea rețelei neuronale

scrHelpTxt
Formate de fișiere de intrare acceptate:
hssp,dssp,msf,saf,fastamul,pirmul,fasta,pir,gcg,swiss

scIn
list_of_files (sau un singur fișier) parameter_file

scrName
Prof

scrNarg
2

sec prezice doar structura secundară

tăcut
nicio informație scrisă pe ecran - aceasta este valoarea implicită

skipMissing
nu anulați dacă fișierul de intrare lipsește!

fișier sursă
Prof

test
este doar un test (mai rapid)

traduce-jobid-in-valori-param
Șirul „jobid” este înlocuit cu $par{jobid}

tst rulare rapidă prin program, precizie scăzută

utilizator
nume de utilizator

--versiune
Versiune tipărită

Utilizați prof online folosind serviciile onworks.net