Aceasta este comanda pynast care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
PyNAST - alinierea secvențelor scurte de ADN
REZUMAT
pinast [Opțiuni] {-i input_fp -t template_fp}
DESCRIERE
[] indică introducerea opțională (comanda neimportantă) {} indică intrarea necesară (comanda
neimportant)
Exemplu utilizare:
pinast -i my_input.fasta -t șablonul_meu.fasta
OPŢIUNI
--versiune
afișați numărul versiunii programului și ieșiți
-h, --Ajutor
afișați acest mesaj de ajutor și ieșiți
-t TEMPLATE_FP, --template_fp=TEMPLATE_FP
calea către fișierul de aliniere șablon [NECESAR]
-i INPUT_FP, --input_fp=INPUT_FP
cale pentru introducerea fișierului fasta [NECESAR]
-v, --verbos
Starea tipăririi și alte informații în timpul execuției [implicit: fals]
-p MIN_PCT_ID, --min_pct_id=MIN_PCT_ID
identitate minimă a secvenței procentuale pentru a considera o secvență o potrivire [implicit: 75.0]
-l MIN_LEN, --min_len=MIN_LEN
lungimea minimă a secvenței de inclus în alinierea NAST [implicit: 1000]
-m PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD, --pairwise_alignment_method=PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD
metodă pentru efectuarea alinierii perechi [implicit: uclust]
-a FASTA_OUT_FP, --fasta_out_fp=FASTA_OUT_FP
cale pentru stocarea fișierului de aliniere rezultat [implicit: derivat din calea fișierului de intrare]
-g LOG_FP, --log_fp=LOG_FP
cale pentru stocarea fișierului jurnal [implicit: derivat din calea fișierului de intrare]
-f FAILURE_FP, --failure_fp=FAILURE_FP
cale pentru a stoca fișierul cu secvențe care nu se aliniază [implicit: derivat din intrare
calea fișierului]
-e MAX_E_VALUE, --max_e_value=MAX_E_VALUE
Amortizat. Va fi eliminat în PyNAST 1.2
-d BLAST_DB, --blast_db=BLAST_DB
Amortizat. Va fi eliminat în PyNAST 1.2
Utilizați pynast online folosind serviciile onworks.net
