Aceasta este comanda sam-stats care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
sam-stats - ea-utils: produce statistici digerate
REZUMAT
sam-stats [Opțiuni] [file1] [file2...filen]
DESCRIERE
Versiune: 1.38.681
Produce o mulțime de statistici ușor de digerat pentru fișierele enumerate
Opțiuni (implicit în parante):
-D Urmăriți mai multe aliniamente -O PREFIX Activarea prefixului de ieșire
ieșire extinsă (vezi mai jos) -R Acoperire FIL/ieșire ARN (acoperire, polarizare 3' etc,
implică -A) -A Raportați toate semnele chr, chiar dacă sunt mai mult de 1000 -b INT
Numărul de citiri pentru eșantionare pentru statistici pe bază (1M) -S INT Mărimea semnăturii ascii
(30) -x FIL Extensie de fișier pentru gestionarea mai multor fișiere (statistici) -M Numai
suprascrieți dacă este mai nou (necesită -x, sau mai multe fișiere) -B Intrarea este bam, nu
deranjează să te uiți la magie -z Nu da greș când zero intrări în sam
IEȘIRE:
Dacă este specificat un fișier, atunci rezultatul este la ieșire standard. Dacă mai multe fișiere sunt
specificat, sau dacă -x opțiunea este furnizată, fișierul de ieșire este . . Mod implicit
extensia este „statistici”.
Statistici complete:
: medie, max, stdev, mediană, Q1 (25 percentila), Q3
citește: # de intrări în fișierul sam, poate să nu fie # de citiri
phred : scară phred utilizată
bsize : # citiri utilizate pentru statistici de calitate
citirile mapate
: numărul de citiri aliniate (secvențe unice de identificare a sondei)
bazele cartografiate
: totalul lungimilor citirilor aliniate
înainte
: numărul de citiri aliniate înainte
inversa
: numărul de citiri aliniate invers
rata snp
: baze nepotrivite / baze totale (rata snv)
rata ins
: baze de inserare / baze totale
del rate
: baze sterse / baze totale
nepotrivire pct
: procent de citiri care au nepotriviri
pct align
: procentul de citiri care s-au aliniat
len
: citiți statisticile de lungime, ignorate dacă sunt de lungime fixă
mapq
: statistici pentru calitățile de cartografiere
introduce
: statistici pentru dimensiunile insertului
% : procentul bazelor mapate per chr, urmat de o semnătură
Subeșantionat Statistici (1 M citește max):
baza cal : statistici pentru calitățile de bază %A,%T,%C,%G : procente de bază
Sens of il per-cromozom semnătură:
O histogramă ascii a citirilor mapate în funcție de poziția cromozomului. Este ieșit numai dacă
SAM/BAM original are un antet. Valorile sunt log2 din numărul de citiri mapate la
fiecare poziție + ascii '0'.
Extins producție mod produce a set of fișiere:
.stats : ieșire primară
.fastx : ieșire compatibilă cu fastx-toolkit
.rcov: numărători și acoperire pe referință
.xdist : distribuție nepotrivită
.ldist : distribuția lungimii (dacă este cazul)
.mqdist
: cartografierea distribuției calității
Utilizați sam-stats online folosind serviciile onworks.net
