Aceasta este comanda srf2fastq care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
srf2fastq - Convertește fișierele SRF în format Sanger fastq
REZUMAT
srf2fastq [Opțiuni] srf_archive ...
DESCRIERE
srf2fastq extrage secvențe și calități din una sau mai multe arhive SRF și le scrie
în format Sanger fastq la stdout.
Rețineți că Illumina are și un format fastq (utilizat în directoarele GERALD) care diferă
ușor în utilizarea scorurilor log-cote pentru valorile calității. Formatul descris aici
folosește tradiționalul Phred stil de codificare de calitate.
OPŢIUNI
-c Emite valori de încredere calibrate folosind ZTR CNF1 tip de bucată pentru un singur
calitate pe bază. Fără aceasta, utilizați Illumina originală _prb.txt dosare constând
de patru valori de calitate pe bază, stocate în ZTR CNF4 bucăți.
-C Maschează secvențele etichetate ca de proastă calitate.
-s rădăcină
Generează fișiere pe disc cu nume de fișiere care încep rădăcină, un fișier pentru fiecare non-explicit
element din porțiunea regiunii SRF/ZTR (REGN). De obicei, acest lucru are ca rezultat două fișiere pentru
runde finale pereche. Sufixele numelor de fișier provin din numele enumerate în regiunea SRF
bucăți. Această opțiune intră în conflict cu -S parametru.
-S Împarte secvențele în regiuni, dar listează secvențial fiecare regiune de secvență
stdout în loc să fie împărțit în fișiere separate de pe disc. Această opțiune este în conflict cu
il -s parametru.
-n Când utilizați -s, sufixele numelor de fișier sunt pur și simplu numerotate (începând cu 1).
de folosire a numelor enumerate în bucățile regiunii SRF.
-a Adaugă indexul regiunilor la numele secvenței. Adică generați „nume/1” și „nume/2” pentru a
citire pereche.
-e Includeți orice secvență explicită (partea regiunii ZTR de tip „E”) în secvență
ieșire. Secvența explicită este, de asemenea, inclusă în linia de calitate. În prezent
aceasta este utilizată de ABI SOLiD pentru a stoca ultima bază a grundului.
-r regiune listă
Reverse completează secvența și inversează valorile de calitate pentru toate regiunile din
il regiune listă. Aceasta este o listă de valori întregi, separate prin virgulă, care enumerează
regiuni, începând de la 1. Rețineți că această opțiune funcționează numai atunci când oricare dintre ele -s or -S sunt
specificat.
EXEMPLE
Pentru a extrage numai secvențele de bună calitate din toate fișierele srf din directorul curent
folosind valori de încredere calibrate (dacă sunt disponibile).
srf2fastq -c -C *.srf > runX.fastq
Pentru a extrage un capăt asociat, rulați în două fișiere separate cu secvențe numite nume/ 1 și
nume/ 2.
srf2fastq -s runX -a -n runX.srf
Pentru a extrage o rulare finală pereche ca un singur fișier, alternând secvențe înainte și inversă,
cu a doua citire fiind completată invers.
srf2fastq -S -r 2 runX.srf > runX.fastq
Utilizați srf2fastq online folosind serviciile onworks.net
