uchime - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

uchime - citește un fișier fasta și un fișier de referință și emite secvențe potențial himerice

DESCRIERE

Comanda chimera.uchime citește un fișier fasta și un fișier de referință și emite potențial
secvenţe himerice. Programul original uchime a fost scris de Robert C. Edgar.

REZUMAT

uchime --intrare query.fasta [--db db.fasta] [--uchimeout results.uchime]

[--uchimealns results.alns]

OPŢIUNI

--intrare nume de fișier

Secvențe de interogare în format FASTA. Dacă --db opțiunea nu este specificată, uchime folosește
detectarea de novo. În modul de novo, abundența relativă trebuie să fie dată de un șir
/ab=xxx/ undeva în etichetă, unde xxx este un număr în virgulă mobilă, de ex
>F00QGH67HG/ab=1.2/.

--db nume de fișier

Baza de date de referință în format FASTA. Opțional, dacă nu este specificat, uchime folosește de novo
Mod.

***ATENȚIE*** În baza de date se caută DOAR pe componenta plus. TREBUIE să includeți
secvențe invers-complementate în baza de date dacă doriți să fie ambele componente
căutat.

--inclinat x

Înclinarea abundenței minime. Implicit 1.9. Numai modul de novo. Deformarea abundenței este:

min [ abund(parent1), abund(parent2) ] / abund(interogare).

--uchimeout nume de fișier

Ieșire în format cu file cu o înregistrare per secvență de interogare. Primul câmp este scor
(h), al doilea câmp este eticheta de interogare. Pentru detalii, vezi manualul.

--uchimealns nume de fișier

Alinieri multiple ale secvențelor de interogări către părinți în format care poate fi citit de om.
Aliniamentele arată coloane cu diferențe care susțin sau contrazic un himeric
model.

--minh h

Scor minim pentru a raporta himera. Implicit 0.3. Valorile de la 0.1 la 5 ar putea fi
rezonabil. Valorile mai mici cresc sensibilitatea, dar pot raporta mai multe fals pozitive.
Dacă scazi --xn, poate fi necesar să creșteți --minh, si invers.

--mindiv div

Raportul minim de divergență, implicit 0.5. Raportul div este de 100% - %identitate între interogare
secvența și cel mai apropiat candidat pentru a fi părinte. Dacă nu îți pasă foarte
închide himere, atunci ai putea crește --mindiv la, să zicem, 1.0 sau 2.0 și, de asemenea
scădea --min h, să spunem la 0.1, pentru a crește sensibilitatea. Cât de bine funcționează asta
depinde de datele tale. Cel mai bine este să reglați parametrii pe un benchmark bun.

--xn beta

Greutatea unui vot negativ, numită și parametrul beta. Implicit 8.0. Scăderea asta
greutatea de aproximativ 3 sau 4 poate oferi o performanță mai bună pe datele dezgomotate.

--dn n

Pseudo-numaratoare inaintea numarului de voturi nu. Implicit 1.4. Probabil că nu există un motiv bun pentru asta
modificați acest lucru, cu excepția cazului în care puteți reveni la un punct de referință bun pentru datele dvs. Rezonabil
valorile sunt probabil în intervalul de la 0.2 la 2.

--xa w

Ponderea unui vot de abținere. Implicit 1. Până acum, rezultatele nu par a fi foarte
sensibil la acest parametru, dar dacă aveți un set de antrenament bun ar putea merita
încercând. Valorile rezonabile pot varia de la 0.1 la 2.

--bucăți n

Numărul de bucăți de extras din secvența de interogare la căutarea părinților.
Implicit 4.

--[no]ovchunks

[Nu] folosiți bucăți suprapuse. Implicit nu.

--minchunk n

Lungimea minimă a unei bucăți. Implicit 64.

--idsmoothwindow w

Lungimea ferestrei de netezire a ID-ului. Implicit 32.

--minsmoohid f

Identitate fracțională minimă peste fereastra netezită a părintelui candidat. Implicit 0.95.

--maxp n

Numărul maxim de părinți candidați de luat în considerare. Implicit 2. În testele de până acum,
crescând --maxp oferă doar o foarte mică îmbunătățire a sensibilității, dar tinde să
crește rata de eroare destul de mult.

--[no]skipgaps --[nu]skipgaps2

Aceste opțiuni controlează modul în care coloanele cu decalaj afectează numărarea diferențelor. Dacă --skipgaps
este specificat, coloanele care conțin goluri nu sunt găsite ca diferențe. Dacă --skipgaps2 is
specificat, dacă coloana este imediat adiacentă unei coloane care conține un gol, este
nu este socotit ca diferenţial. Implicit este --skipgaps --skipgaps2.

--minlen L --maxlen L

Lungimea minimă și maximă a secvenței. Valori implicite 10, 10000. Se aplică atât interogării, cât și
secvențe de referință.

--ucl

Utilizați aliniamente X local. Implicit este global-X. În testele de până acum, global-X este întotdeauna
mai bine; această opțiune este păstrată pentru că ar putea funcționa bine pe un tip viitor
de date.

--queryfract f

Fracțiunea minimă a secvenței de interogare care trebuie acoperită de o aliniere locală-X.
Implicit 0.5. Se aplică numai când --ucl este specificat.

--Liniște

Nu afișați mesaje de progres pe stderr.

--Buturuga nume de fișier

Scrieți informații diverse în fișierul jurnal. În mare parte mă interesează (
dezvoltator de algoritmi). Utilizare --verbos pentru a obține mai multe informații.

--de sine

În modul bază de date de referință, excludeți o secvență de referință dacă are aceeași etichetă
ca interogare. Acest lucru este util pentru benchmarking prin utilizarea ref db ca o interogare pentru
test pentru fals pozitive.

--inclinat
ajutor

--absorbit
ajutor

--abx
ajutor

--toate perechi
ajutor

--alfa
ajutor

--grup
ajutor

--blast6out
ajutor

--[no]blast_termgaps
ajutor

--explodat
ajutor

--cucui
ajutor

--[no]cartoon_orfs
ajutor

--cc
ajutor

--chain_evalue
ajutor

--chain_targetfract
ajutor

--lovituri în lanț
ajutor

--înlănțuire
ajutor

--bucăți
ajutor

--clstr2uc
ajutor

--clump
ajutor

--clump2fasta
ajutor

--clumpfasta
ajutor

--clumpout
ajutor

--cluster
ajutor

--compilerinfo
Scrieți informații despre tipurile de compilator și #defines în stdout.

--computekl
ajutor

--db
ajutor

--dbstep
ajutor

--[no]denovo
ajutor

--derep
ajutor

--difchar
ajutor

--dn
ajutor

- Doug
ajutor

--droppct
ajutor

--evaluare
ajutor

--evalue_g
ajutor

--corect
ajutor

--[no]fastalign
ajutor

--fastaperechi
ajutor

--fastq2fasta
ajutor

--findorfs
ajutor

--[no]flushuc
ajutor

--cadru
ajutor

--fpenalty
ajutor

--gapext
ajutor

--gapopen
ajutor

--getseqs
ajutor

--global
ajutor

--haș ajutor

--hashsize
ajutor

--Ajutor Afișează opțiunile din linia de comandă.

--închiriere
ajutor

--hspalpha
ajutor

--id
ajutor

--idchar
ajutor

--iddef
ajutor

--idprefix
ajutor

--ids
ajutor

--idsmoothwindow
ajutor

--idsufix
ajutor

--indexstats
ajutor

--intrare
ajutor

--[no]isort
ajutor

--k
ajutor

--ka_dbsize
ajutor

--ka_gapped_k
ajutor

--ka_gapped_lambda
ajutor

--ka_ungapped_k
ajutor

--ka_ungapped_lambda
ajutor

--[no]label_ab
ajutor

--etichete
ajutor

--[nu]leftjust
ajutor

--lext
ajutor

--local
ajutor

--Buturuga
Nume fișier jurnal.

--[nu]log_hothits
ajutor

--[nu]log_query
ajutor

--[no]logmemgrows
ajutor

--logopts
Opțiuni de jurnal.

--[no]logwordstats
ajutor

--deschis
ajutor

--makeindex
ajutor

--Meci
ajutor

--matrice
ajutor

--max2
ajutor

--maxacceptă
ajutor

--maxclump
ajutor

--maxlen
ajutor

--maxovd
ajutor

--maxp
ajutor

--maxpoli
ajutor

--maxqgap
ajutor

--maxrejects
ajutor

--maxspan1
ajutor

--maxspan2
ajutor

--maxtargets
ajutor

--maxtgap
ajutor

--mcc
ajutor

--merge clumps
ajutor

--mergesort
ajutor

--minchunk
ajutor

--mincodoni
ajutor

--mindiffs
ajutor

--mindiv
ajutor

--minh
ajutor

--minhsp
ajutor

--minlen
ajutor

--minorfcov
ajutor

--minspanratio1
ajutor

--minspanratio2
ajutor

--[nu]cadre_minus
ajutor

--nepotrivire
ajutor

--mkctest
ajutor

--[nu]nb
ajutor

--optim
ajutor

--orfstyle
ajutor

--otusort
ajutor

--ieșire
ajutor

--[no]ieșire_rejecte
ajutor

--probmx
ajutor

--interogare
ajutor

--queryfract
ajutor

--querylen
ajutor

--Liniște
Dezactivați mesajele de progres.

--randseed
ajutor

--realinierea
ajutor

--[nu]rev
ajutor

--[nu]corect
ajutor

--rowlen
ajutor

--sec
ajutor

--seminte
ajutor

--seedsout
ajutor

--seedt1
ajutor

--seedt2
ajutor

--de sine ajutor

--[no]selfid
ajutor

--simcl
ajutor

--[no]skipgaps
ajutor

--[nu]skipgaps2
ajutor

--fel
ajutor

--sortuc
ajutor

--sparsedist
ajutor

--sparsedistparams
ajutor

--Despică
ajutor

--[no]sort
ajutor

--spenalty
ajutor

--[nu]stable_sort
ajutor

--staralign
ajutor

--cuvinte cu pas
ajutor

--suvita
ajutor

--targetfract
ajutor

--targetlen
ajutor

--tmpdir
ajutor

--[fara urma
ajutor

--trastat
ajutor

--[fără]trunclabels
ajutor

--[no]twohit
ajutor

--uc
ajutor

--uc2clstr
ajutor

--uc2fasta
ajutor

--uc2fastax
ajutor

--uchime
ajutor

--uchimealns
ajutor

--uchimeout
ajutor

--[no]ucl
ajutor

--uhire
ajutor

--negapat
ajutor

--câmpuri de utilizator
ajutor

--userout
ajutor

--usersort
ajutor

--uslink
ajutor

--[no]usort
ajutor

--utax
ajutor

--[nu]verbos
ajutor

--versiune
Afișați versiunea și ieșiți.

--w
ajutor

--weak_evalue
ajutor

--weak_id
ajutor

--[no]wordcountreject
ajutor

--[no]wordweight
ajutor

--xa
ajutor

--xdrop_g
ajutor

--xdrop_nw
ajutor

--xdrop_u
ajutor

--xdrop_ug
ajutor

--xframe
ajutor

--xlat ajutor

--xn
ajutor

Utilizați uchime online folosind serviciile onworks.net