wiggle2gff3p - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

wiggle2gff3.pl - Convertește fișierele în format UCSC WIG în fișiere gff3

REZUMAT

wiggle2gff3.pl [opțiuni] WIG_FILE > load_data.gff3

Convertește fișierele în format UCSC WIG în fișiere gff3 potrivite pentru încărcare în GBrowse
baze de date. Acesta este utilizat pentru date cantitative de mare densitate, cum ar fi CNV, SNP și expresie
matrici.

DESCRIERE

Utilizați acest convertor atunci când aveți date cantitative dense de afișat folosind xyplot,
densitate sau glife hărți de căldură și prea multe elemente de date (mii) pentru a fi încărcate în GBrowse. Aceasta
creează unul sau mai multe fișiere binare eficiente din punct de vedere al spațiului care conțin datele cantitative, cum ar fi
precum și un mic fișier GFF3 care poate fi încărcat în Chado sau în alte baze de date GBrowse.

Utilizarea tipică este după cum urmează:

% wiggle2gff3.pl --method=microarray_oligo my_data.wig > my_data.gff3

Opţiuni
Sunt acceptate următoarele opțiuni:

--metoda= Setați metoda pentru liniile GFF3 reprezentând
fiecare punct de date cantitative din pistă.
Valoarea implicită este „microarray_oligo”.

--sursa= Setați câmpul sursă pentru fișierul GFF3. Valoarea implicită este
nici unul.

--gff3 Creați un fișier în format GFF3 (implicit)

--featurefile Creați un fișier în format „featurefile” -- acesta este
format simplificat utilizat pentru încărcările GBrowse. Acest
opțiunea este incompatibilă cu opțiunea --gff3.

--sample Dacă este adevărat, atunci fișierele foarte mari (>5 MB) vor fi eșantionate
pentru a obține abaterea minimă, maximă și standard; in caz contrar
întregul fișier va fi scanat pentru a obține aceste statistici.
Acest lucru va procesa fișierele mai rapid, dar poate pierde valori anormale
valori.

--cale= Specificați directorul în care să plasați mișcarea binară
fișiere. Implicit este directorul temporar curent
(/ tmp sau orice este potrivit pentru sistemul dvs. de operare).

--bază= La fel ca „--path”.

--trackname specifică baza numelui pistei pentru crearea fișierului wig

--help Această documentație.

Acest script va accepta o varietate de stiluri de opțiuni, inclusiv opțiuni abreviate
("--meth=foo"), opțiuni cu un singur caracter ("-m foo") și alte variante comune.

Binar Wiggle fișiere
Fișierele binare „wiggle” create de acest utilitar pot fi citite folosind
Bio::Grafica::Modul Wiggle. Datele cantitative sunt scalate la intervalul 1-255
(pierdând multă precizie, dar încă mai mult decât suficient pentru vizualizarea datelor) și stocate
într-un format împachetat în care fiecare fișier corespunde lungimii unui singur cromozom sau
contig.

Odată create, fișierele binare nu trebuie mutate sau redenumite, decât dacă aveți grijă
faceți modificări corespunzătoare la numele de căi date de atributul „wigfile” din GFF3
linii caracteristice ale fișierului. De asemenea, ar trebui să fiți atenți la utilizarea comenzii cp pentru a copia fișierul
fișiere binare; sunt formatate cu „găuri” în așa fel încât datele lipsă nu
ocupă orice spațiu pe disc. Dacă le cp, găurile se vor umple cu zerouri și
economiile de spațiu se vor pierde. Mai bine să folosiți comanda „tar” cu opțiunea sa --sparse pentru
mutați fișierele dintr-un loc în altul.

Exemplu PERUCĂ Fișier
Acest exemplu este de lahttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# nume de fișier: exemplu.perucă
#
Grafic cu bare late de bază # 300, autoScale este activat în mod implicit == grafic
# limite se vor schimba dinamic pentru a afișa întotdeauna gama completă de date
# în fereastra de vizualizare, prioritatea = 20 poziționează acesta ca al doilea grafic
# Notă, zero-relativ, sistem de coordonate semideschis utilizat pentru formatul de pat
track type=wiggle_0 name="Format pat" description="format pat" \
vizibilitate=plină culoare=200,100,0 altColor=0,100,200 prioritate=20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
Grafic cu bare late de bază # 150 în poziții distanțate arbitrar,
# linie de prag trasată la y=11.76
# autoScale off interval de vizualizare setat la [0:25]
# prioritate = 10 poziționează aceasta ca primul grafic
# Notă, un sistem de coordonate relativ în uz pentru acest format
track type=wiggle_0 name="variableStep" description="variableStep format" \
vizibilitate=autoScale completă=off viewLimits=0.0:25.0 culoare=255,200,0 \
yLineMark=11.76 yLineOnOff=on priority=10
variableStep chrom=chr19 span=150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# Grafic cu 200 de puncte late de bază la fiecare 300 de baze, grafic cu o înălțime de 50 de pixeli
# AutoScale dezactivat și interval de vizualizare setat la [0:1000]
# prioritate = 30 poziționează aceasta ca al treilea grafic
# Notă, un sistem de coordonate relativ în uz pentru acest format
track type=wiggle_0 name="fixedStep" description="fixed step" vizibilitate=full\
autoScale=off viewLimits=0:1000 culoare=0,200,100 maxHeightPixels=100:50:20 \
graphType=prioritate puncte=30
fixedStep chrom=chr19 start=59307401 step=300 span=200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

Puteți converti acest lucru într-un fișier GFF3 încărcat cu următoarea comandă:

wiggle2gff3.pl --meth=exemplu --so=exemplu --path=/var/gbrowse/db example.wig \
> exemplu.gff3

Ieșirea va arăta astfel:

##gff-versiunea 3

Exemplu chr19 exemplu 59302001 59304700 . . . Nume=Format pat;wigfile=/var/gbrowse/db/track001.chr19.1199828298.wig
exemplu chr19 exemplu 59304701 59308020 . . . Name=variableStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track002.chr19.1199828298.wig
Exemplu chr19 exemplu 59307401 59310400 . . . Nume=fixedStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track003.chr19.1199828298.wig

Utilizați wiggle2gff3p online folosind serviciile onworks.net