xcrysden - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

xcrysden - vizualizator de structură cristalină și moleculară

REZUMAT

xcrysden [opțiuni speciale]
xcrysden [opțiuni speciale] opțiuni de format fişier|director

DESCRIERE

XCrySDen este un program de vizualizare a structurii cristaline și moleculare, care vizează
afișarea izosuprafețelor și a contururilor, care pot fi suprapuse structurilor cristaline
și interactiv rotit și manipulat.

SPECIAL OPŢIUNI

-h
--Ajutor
Afișează mesajul de ajutor.

-v
--versiune
Afișează informații despre versiunea programului.

-u id
--utilizare id
Încărcați XCrySDen încorporat în fereastra containerului cu window-ID=id.

-r vag
--reducedim vag
Reduceți dimensiunea periodică a fișierului XSF la vag. Trebuie specificat înainte --xsf opțiune,
de exemplu, xcrysden -r 2 --xsf fişier.

-c fişier
--personalizat fişier
Încărcați definiții personalizate dintr-un fișier specificat (sintaxa este cea a lui
~/.xcrysden/custom-definitions).

-a fişier
--atribute fişier
Încărcați atributele din fișier. Formatul fișierului cu atribute este următorul:

ELEMENTCOLOR
număr atomic 1 red1 blue1 green1
număr atomic 2 red2 blue2 green2
...
ELEMENTRADIUS
număr atomic 1 radius1
număr atomic 2 radius2
...

-l fişier
--lumini fişier
Încărcați parametrii de lumini din fișierul formatat de lumini de la XCrySDen.

FORMAT OPŢIUNI

--xsf fişier
Încărcați structura din fișierul formatat XCrySDen's-Structure-File (XSF).

--animxsf fişier
--axsf fişier
Încărcați structuri din fișierul formatat Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).

--bxsf fişier
Încărcați benzi din fișierul BXSF (Band-XSF) și vizualizați Fermi Surface.

--xmol fişier
--xyz fişier
Încărcați structura din fișierul formatat XYZ.

--pdb fişier
Încărcați structura din fișierul formatat PDB.

--gzmat fişier
Structura de încărcare din matricea Z Gaussiană (necesită programul Open-Babel).

--gaussian_out fişier
--gxx_out fişier
--g98_out fişier
Încărcați structura din fișierul de ieșire gaussian. Numai un singur punct de calcul și
runda de optimizare este acceptată până acum. Pentru rularea de optimizare este posibil să
reda toate structurile care au fost produse în timpul rulării.

--cub fişier
--gXX_cube fişier
--g98_cube fişier
Încărcați structura din fișierul cub gaussian. Fișierul cub ar trebui să fie produs cu
Opțiunea Cub=Cards. Numai fișierele cub scalare sunt acceptate, adică Cube=(Cards,Density)
sau Cube=(Carti,Orbitali) sau Cub=(Carti,Potential). Consultați manualul GAUSSIAN pentru
sensul acestor cuvinte cheie.

--crystal_inp fişier
Structura de încărcare de la CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) fișier de intrare.

--crystal_f9 fişier
Structura de încărcare de la CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) fortran unitatea 9.

--wien_struct cap de fișier|fişier|director
Structura de încărcare de la WIEN2k (http://www.wien2k.at/) struct-file, unde:

cap de fișier = numele fișierului struct fără .struct extensie,
fişier = nume de fișier,
director = numele directorului de cazuri.

--wien_kpath director|struct-fișier
Citiți structura fișier și redă prima zonă Brillouin cu puncte k speciale. K-path poate fi
selectat interactiv făcând clic cu mouse-ul pe k-punctele speciale. Utilizatorul trebuie să specifice EMIN
și Extensie EMAX energii și numărul total de k-puncte de-a lungul traseului. Acest număr este doar
o estimare a numărului total de k-puncte, deoarece XCrySDen încearcă să devină foarte uniform
eșantionarea k-puncte de-a lungul căii (nu specificați numărul maxim permis WIEN2k de k-
puncte, deoarece XCrySDen poate genera câteva puncte în plus).

--wien_renderdensity director
Citiți structura, producție și rho fișiere și redă structură cristalină și precalculată
densitatea de sarcină.

--wien_density director
Regiunea 2D sau 3D pentru calculul densității de încărcare este aleasă interactiv de
făcând clic cu mouse-ul. XCrySDen generează in5 fișier(e), calculează și redă densitatea de încărcare
fie ca izolinii/planuri de culoare (2D) sau izosuprafețe (3D).

--wien_fermisurface director
Afișează o fereastră de activitate pentru crearea suprafeței Fermi. După câțiva pași, Fermi
suprafața este (sperăm) desenată ca izosuprafață 3D.

--fhi_inpini fişier
Structura de încărcare de la FHI98MD inp.ini fișier formatat.

--fhi_coord fişier
Structura de încărcare de la FHI98MD coord.out fișier formatat.

--pwi
--pw_inp fişier
Structura de încărcare de la pw.x intrare fișier. pw.x este un program pseudopotenţial de unde plane de
distribuția Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

--pwo
--pw_out fişier
Structura de încărcare de la pw.x producție fișier. pw.x este un program pseudopotenţial de unde plane de
distribuția Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

-s scenariu
--script scenariu
Încărcați scriptul din fișierul care conține scriptul Tcl.

Utilizați xcrysden online folosind serviciile onworks.net