Aceasta este aplicația Linux numită BLAST Ring Image Generator a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca BRIG-0.95-dist.zip. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită BLAST Ring Image Generator cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
Generator de imagini BLAST Ring
DESCRIERE
BRIG este o aplicație multiplatformă (Windows/Mac/Unix) care poate afișa comparații circulare între un număr mare de genomi, cu accent pe manipularea datelor de asamblare a genomului.Vă rugăm să citați lucrarea BRIG dacă BRIG este folosit pentru a genera cifre pentru publicații: NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): comparații simple ale genomului procariotelor, BMC Genomics, 12:402. PMID: 21824423
Categorii
- Imaginile arată similitudini între o secvență de referință centrală și alte secvențe ca inele concentrice.
- BRIG va efectua automat toate comparațiile BLAST și analiza fișierelor printr-o simplă GUI.
- Granițele contig și acoperirea de citire pot fi afișate pentru genomuri nefinalizate; pot fi afișate grafice și adnotări personalizate.
- Folosind un set de gene definit de utilizator ca intrare, BRIG poate afișa prezența genei, absența, trunchierea sau variația secvenței într-un set de genomi completi, genomuri preliminare sau chiar date brute, neasamblate de secvență.
- BRIG acceptă, de asemenea, fișiere de citire și cartografiere formatate SAM, permițând compararea simultană a regiunilor genomice prezente în datele secvențelor neasamblate din mai multe probe.
Public
Știință/Cercetare
Limbaj de programare
Java
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/brig/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
