Aceasta este aplicația Linux numită FusionCatcher, care rulează în Linux online, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca fusioncatcher_v1.20.zip. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită FusionCatcher pentru a rula în Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
FusionCatcher va rula online în Linux
Ad
DESCRIERE
FusionCatcher caută gene de fuziune somatică noi/cunoscute, translocații și himere în datele ARN-seq (citire la capătul pereche de pe platformele Illumina NGS precum Solexa și HiSeq) din probele bolnave.Obiectivele FusionCatcher sunt:
- rata de detectare foarte bună pentru găsirea genelor de fuziune candidate,
- foarte ușor de utilizat (adică nu sunt necesare cunoștințe a priori despre baze de date și bioinformatică pentru a rula FusionCatcher),
- detectarea foarte bună a genelor de fuziune provocatoare, cum ar fi, de exemplu, fuziuni IGH, fuziuni CIC, fuziuni DUX4, fuziuni CRLF2, fuziuni TCF3 etc.
- să fie cât mai automat posibil (adică FusionCatcher va alege automat cei mai buni parametri pentru a găsi gene de fuziune candidate, de exemplu, găsirea automată a adaptoarelor, construirea automată a joncțiunilor exon-exon pe baza lungimii citirilor de intrare etc.) oferind în același timp cea mai bună rată de detectare posibilă pentru găsirea genelor de fuziune.
Public
Știință/Cercetare
Limbaj de programare
Piton
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
