Aceasta este aplicația Linux numită iMSAT, care rulează online în Linux, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca SSRs.zip. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită iMSAT pentru a rula în Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
iMSAT să ruleze online în Linux
DESCRIERE
iMSAT reprezintă o actualizare completă a programului vcf2MSAT. Acest program Python din linia de comandă permite unui utilizator să utilizeze datele de polimorfism generate folosind instrumentele SAM și BAM și un fișier de aliniere .fasta pentru a căuta markeri de microsateliți polimorfi (MSAT sau STR). Prin identificarea factorilor polimorfi, mai degrabă decât a regiunilor simple repetate, așa cum au făcut programele anterioare, iMSAT crește foarte mult viteza cu care MSAT-urile polimorfe pot fi identificate - economisind cercetătorilor timp și bani prețios. Vizita http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/858/abstract pentru articolul pdf care descrie utilitatea iMSAT și dacă utilizați programul, vă rugăm să citați acest articol ca: Andersen și Mills: iMSAT: o abordare nouă a dezvoltării loci de microsateliți folosind biblioteci Illumina cu coduri de bare. BMC Genomics 2014 15:858.DESCRIERE
- Identificarea microsateliților polimorfi
- Secvențierea Illumina
- Analiza genomică
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Linie de comanda
Limbaj de programare
Piton
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/imsat/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
