Aceasta este aplicația Linux numită KMC-KaiC a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca KMC_KaiC_Original.zip. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită KMC-KaiC cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
KMC-KaiC
DESCRIERE
Acest cod este un algoritm dedicat Kinetic Monte Carlo (KMC) care simulează un model al ceasului circadian Kai post-translațional.
Codul vă permite să simulați sistemul Kai la nivel de hexameri și monomeri KaiC individuali și urmărește în mod explicit cifra de afaceri a fiecărei nucleotide ATP. În afară de hidroliza ATP, toate reacțiile respectă un echilibru detaliat.
Aplicarea codului este descrisă în articolul nostru intitulat „A Thermodynamically consistent model of the post-translational Kai circadian clock”, care este disponibil gratuit la jurnalul cu acces deschis PLOS Computational Biology:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*UPDATE* Am realizat o versiune complet reversibilă a modelului nostru, inclusiv reacțiile inverse pentru hidroliza ATP. Acest lucru face posibilă rularea modelului la echilibru termodinamic. Această versiune a modelului poate fi descărcată sub KMC_KaiC_Rev.zip.
Dacă doriți să utilizați modelul nostru pentru propria cercetare, vă rugăm să citați lucrarea noastră PLoS Computational Biology.
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Linie de comanda
Limbaj de programare
C ++
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
