Aceasta este aplicația Linux numită MCPerm: permutarea Monte Carlo SNP a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca MCPerm_1.1.2.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită MCPerm: permutarea Monte Carlo SNP cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
MCPerm: permutarea Monte Carlo SNP
Ad
DESCRIERE
MCPerm: O metodă de permutare Monte Carlo pentru corelarea testelor multiple în studiul de asociere caz-control
Testul tradițional de permutare (TradPerm) este o metodă importantă de analiză neparametrică care poate fi tratată ca standardul de aur pentru corecțiile de testare multiple în studiul de asociere caz-control. Cu toate acestea, se bazează pe genotipurile și datele fenotipurilor originale ale polimorfismului unic de nucleotidă (SNP) pentru a efectua un număr mare de amestecări aleatorii și, prin urmare, este intensiv din punct de vedere computațional, în special pentru studiul de asociere la nivelul genomului (GWAS). Pentru a îmbunătăți viteza de calcul fără a modifica dimensiunea valorii p TradPerm, am dezvoltat o metodă de permutare Monte Carlo (MCPerm) ca alternativă eficientă la TradPerm.
Metode: MCPerm nu trebuie să amestece datele originale despre genotipuri și fenotipuri. Utilizează metoda Monte Carlo, utilizează distribuția hipergeometrică în doi pași pentru a genera un număr aleator de genotipuri (AA, Aa și aa) în cazuri și controale.
Limbaj de programare
S / R
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/mcperm/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
