Aceasta este aplicația Linux numită MethylExtract, care rulează online în Linux, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca MethylExtract.tgz. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită MethylExtract pentru a rula gratuit în Linux online cu OnWorks.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
MethylExtract pentru a rula în Linux online
Ad
DESCRIERE
MethylExtract este un instrument ușor de utilizat pentru a genera i) hărți de metilare întregi a genomului de înaltă calitate și ii) pentru a detecta variația secvenței în cadrul aceleiași preparate de probă. Programul este implementat într-un singur script și ia în considerare toate sursele majore de eroare: erori de secvențiere, eșec de bisulfit, citiri clonale și variante de un singur nucleotide. MethylExtract detectează variația (SNVs – Single Nucleotide Variation) într-un mod similar cu VarScan, o metodă foarte sensibilă utilizată pe scară largă în SNP și apelarea genotipului bazată pe citiri non-bisulfite tratate.Categorii
- Metilarea și apelarea SNV din experimentele NGS BS-Seq
- Detectează și elimină potențialele duplicate PCR
- Detectarea defecțiunilor presupuse de bisulfit
- Controlul erorilor de secvențiere
- Evaluarea statistică a eșecului bisulfitului
- Procesare fisiere bisulfit SAM / BAM
- Multithreading și controlul memoriei
Limbaj de programare
Perl
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/methylextract/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
