Aceasta este aplicația Linux numită ParDRe a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca ParDRe-rel2.2.5.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită ParDRe cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
ParDRe
Ad
DESCRIERE
ParDRe este un instrument paralel pentru a elimina citirile duplicate. Citirile duplicate pot fi considerate identice
sau secvențe aproape identice cu unele nepotriviri. Acest instrument va permite utilizatorilor să evite analiza citirilor care nu sunt necesare, reducând timpul procedurilor ulterioare cu setul de date (de exemplu, ansambluri, mapări etc.).
Instrumentul este implementat cu MPI pentru a exploata capabilitățile paralele ale multicore
clustere. Este mai rapid decât omologii multithreaded (sfârșitul anului 2015) pentru același număr de nuclee și, datorită tehnologiei de transmitere a mesajelor, poate fi executat pe clustere.
Există, de asemenea, un omolog MapReduce al lui ParDRe, numit MarDRe (vezi linkul de mai sus).
ACTUALIZARE: Din versiunea 2.0.5 ParDRe oferă, de asemenea, suport pentru a elimina doar duplicatele optice (și a lăsa duplicate interesante din punct de vedere biologic), precum și pentru a lucra cu intrare/ieșire comprimată cu format .gz.
Public
Tehnologia informației, industria sănătății, știință/cercetare
Interfața cu utilizatorul
Consolă/Terminal, linie de comandă
Limbaj de programare
C ++
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/pardre/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
