Aceasta este aplicația Linux numită PASHA: Parallelized Short Read Assembly a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca Pasha-1.0.10.tar.bz2. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită PASHA: Parallelized Short Read Assembly cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
PASHA: Adunare de citire scurtă paralelă
Ad
DESCRIERE
PASHA este un asamblator paralel cu citire scurtă pentru genomi mari folosind grafice de Bruijn. Profitând atât de procesoarele multi-core cu memorie partajată, cât și de clusterele de calcul cu memorie distribuită, PASHA și-a demonstrat potențialul de a realiza asamblare de-novo de înaltă calitate a genomurilor mari într-un timp rezonabil, cu resurse de calcul modeste. Evaluarea noastră, folosind trei seturi de date mici reale, arată că PASHA este capabil să producă ansambluri mai bune, cu acoperire comparabilă a genomului și rate de asamblare greșită, în comparație cu trei asamblatori de top: Velvet, ABySS și SOAPdenovo. În plus, PASHA atinge cea mai rapidă viteză pentru toate cele trei seturi de date pe un singur CPU. Pentru genomul uman, PASHA atinge o calitate competitivă a asamblarii cu ABySS și este capabil să finalizeze asamblarea în aproximativ 21 de ore, ceea ce este de aproximativ 2.38 ori mai rapid decât ABySS pe aceleași configurații hardware.
Interfața cu utilizatorul
Consolă/Terminal
Limbaj de programare
C ++
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/pasha/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.