Aceasta este aplicația Linux numită piv_clustering pentru a rula în Linux online, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca piv_clustering_1.3.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită piv_clustering pentru a rula în Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
piv_clustering pentru a rula în Linux online
DESCRIERE
Acest program permite efectuarea unei analize structurale de cluster a traiectoriilor atomice obținute, de exemplu, din simulări de dinamică moleculară.Spre deosebire de alte abordări, este posibil să se analizeze și procese în soluție, de exemplu, reacții chimice în apă lichidă, deoarece metrica distanței se bazează pe un vector invariant de permutare (PIV) care este simetric în schimbul de atomi sau molecule identice, inclusiv pe aceeași poziție atât grade de libertate a dizolvatului cât și a solvenților. Abordarea este generală și definiția PIV necesită doar specificarea intervalului de distanțe interatomice care este relevant pentru procesul studiat. Alternativ, pot fi folosite și coordonatele topologice SPRINT, care sunt deosebit de potrivite pentru nanostructuri.
Rezultatul este o împărțire a traiectoriei în câteva grupuri structurale (adică seturi de cadre), permițând o analiză și vizualizare mai simplă.
Vă rugăm să citiți și să citați Gallet & Pietrucci, J. Chem. Fiz. 139, 074101 (2013)
DESCRIERE
- Gruparea structurală a traiectoriilor atomice
- Invarianța permutării: cristale, solide amorfe, lichide, nanostructuri
- Toate celulele de simulare sunt acceptate (de la ortorombic la triclininc)
- Implementarea MPI în paralel
Public
Știință/Cercetare
Limbaj de programare
Fortran
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/pivclustering/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
