Aceasta este aplicația Linux numită PyPedal a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca PyPedal-2.0.3.zip. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită PyPedal cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
PyPedal
DESCRIERE
PyPedal este un modul Python care oferă instrumente pentru manipularea pedigree-urilor, vizualizarea simplă a pedigree-urilor și calcularea măsurilor de diversitate genetică din pedigree.
Categorii
- Citirea fișierelor pedigree în formate definite de utilizator
- Verificarea integrității genealogiei (duble ID-uri, părinți mai tineri decât urmașii etc.)
- Generarea de informații rezumative, cum ar fi frecvența de apariție în fișierul pedigree
- Reordonarea și renumerotarea fișierelor pedigree
- Calculul matricei relației numărătorului (A) dintr-un fișier genealogic folosind metoda tabelară
- Calcule de consangvinizare pentru pedigree mari
- Calcularea coeficienților individuali medii totale și medii de consangvinizare și relație
- Calculul coeficienților de consangvinizare parțială folosind o metodă tabelară iterativă (Lacy, 1996; Gulisija, 2006)
- Calculul coeficienților de consangvinizare ancestrală folosind metodele lui Ballou (1997) sau Suwanlee și colab. (2007)
- Calculul dimensiunilor efective teoretice și efective ale populației
- Calcularea numărului efectiv de fondator folosind algoritmul exact al lui Lacy
- Calculul numărului efectiv de fondator utilizând algoritmul aproximativ al lui Boichard et al.
- Calcularea numărului strămoșului efectiv folosind algoritmii lui Boichard și colab.
- Selecția de subpedigree care conțin toți strămoșii unui animal
- Identificarea rudelor comune a două animale
- Calculul consangvinizării descendenților dintr-o perspectivă împerechere
- Ieșire în fișiere text ASCII, inclusiv matrice, coeficienți de consangvinizare și relație și informații rezumative
- Importul și exportul fișierelor GEDCOM 5.5
- Importul și exportul fișierelor GENES 1.20 (dBase III).
- Încărcarea pedigree-urilor din bazele de date MySQL, Postgres și SQLite și salvarea acestora în acestea
- Simularea pedigree-urilor folosind un algoritm derivat din cel din Matvec 1.1a
Public
Educație, Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Linie de comanda
Limbaj de programare
Piton
Mediul bazei de date
MySQL, PostgreSQL (pgsql), SQLite
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/pypedal/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
