Aceasta este aplicația Linux numită QUASR a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca QUASR_v6.08.tar. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită QUASR cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
QUASR
DESCRIERE
QUASR este o conductă ușoară scrisă pentru a procesa și analiza datele de secvențiere de generație următoare (NGS) de pe platformele Illumina, 454 și Ion Torrent. Deși scris inițial pentru date virale, este suficient de generic pentru a funcționa pe orice set de date NGS. Funcțiile includ:
eliminarea duplicatelor
demultiplexarea
îndepărtarea grundului
grafice de asigurare a calității (QA).
controlul calității (QC)
generarea consensului
determinarea variantei minoritare
grafică cu variante minoritare
Versiunea curentă principală este 6.X, care este scrisă în Python3. 7.X este rescrierea mea în Java, dar este încă în lucru. Ambele sunt scrise pentru a fi cât mai ușoare posibil, astfel încât să poată rula cu cerințe minime de memorie pe un desktop sau laptop, precum și pe un cluster de calcul.
Dacă aveți probleme cu QUASR, vă rugăm să mă contactați la adresa de e-mail furnizată în README.
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Linie de comanda
Limbaj de programare
Piton
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/quasr/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
