Aceasta este aplicația Linux numită VarScan a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca VarScan.v2.3.9.jar. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită VarScan cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
VarScan
DESCRIERE
Detectarea variantelor în secvențierea masivă paralelă. Pentru un eșantion, apelează SNP-uri, indel-uri și genotipuri de consens. Pentru perechile tumorale-normale, clasifică în continuare fiecare variantă ca Germline, Somatic sau LOH și detectează, de asemenea, modificările numărului de copii somatice. ULTIMA VERSIUNE ESTE DISPONIBILĂ PE GITHUB
DESCRIERE
- Apelează SNP-uri și Indel-uri din fișierele de acumulare SAMtools
- Filtrează variantele după acoperire, adâncimea de citire, frecvența variantei și calitatea de bază
- Determină starea somatică (Somatic, Germline, LOH) pentru perechile Tumor-Normal
- Compară, îmbină și intersectează două liste de variante
- Limitează apelurile variante la un set de poziții țintă sau regiuni țintă
- Gratuit pentru uz necomercial.
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Linie de comanda
Limbaj de programare
Java
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/varscan/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.