Aceasta este aplicația Linux numită ViralFusionSeq [VFS], care rulează online în Linux, a cărei cea mai recentă versiune poate fi descărcată ca vfs-2016-08-17.r2.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită ViralFusionSeq [VFS] pentru a rula în Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
ViralFusionSeq [VFS] să ruleze online în Linux
DESCRIERE
VFS a fost testat complet sub sistemul Ubuntu/Debian.** Anunțul 1**: VFS este superior Virus-Clip. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
Din 2016, VFS este singurul instrument de integrare virală disponibil la sistemul NIH HPC.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
ViralFusionSeq (VFS) este un instrument versatil de secvențiere cu randament ridicat (HTS) pentru descoperirea evenimentelor de integrare virală și pentru a reconstrui transcrierile de fuziune la rezoluție cu o singură bază.
VFS combină informațiile soft-clipping, analiza perechilor de citire și asamblarea de novo țintită pentru a descoperi și adnota evenimente de fuziune viral-uman.
Un model statistic empiric simplu, dar eficient este utilizat pentru a evalua calitatea punctelor de întrerupere a fuziunii.
Sunt necesari parametri minimi definiți de utilizator.
Codul sursă cu manualul de utilizare și ghidul de instalare al VFS este disponibil în secțiunea „Fișiere” a sourceforge.
Referirea: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
DESCRIERE
- Aplicabil și testat complet folosind date ARN-Seq și DNA-Seq
- Utilizați atât informații de secvență decupată (CS) cât și de sfârșit pereche (RP) pentru a descoperi integrarea virală
- Reconstrucția secvenței transcriptului de fuziune folosind informații CS și RP
Public
Știință/Cercetare
Limbaj de programare
Perl
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.